Metagenomic Sequencing-Nanopore
Service Foardielen
● Heechweardich gearstalling-ferbetterjen fan de krektens fan soarten identifikaasje en funksjonele genfoarsizzing
● Gesloten baktearjele genome isolaasje
● Krêftiger en betroubere tapassing yn ferskate gebieten, bgl
● Fergelykjende metagenoomanalyse
Service Spesifikaasjes
| Perron | Sequencing | Oanrikkemandearre gegevens | Omrintiid |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 wurkdagen |
Bioinformatika analyzes
● Raw gegevens kwaliteit kontrôle
● Metagenome gearkomste
● Net-oerstallige gene set en annotaasje
● Soartferskaat analyze
● Genetyske funksje ferskaat analyse
● Inter-groep analyze
● Assosiaasje analyze tsjin eksperimintele faktoaren
Sample easken en levering
Sample easken en levering
Sample easken:
FoarDNA-ekstrakten:
| Sample Type | Tal | Konsintraasje | Purity |
| DNA-ekstrakten | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Foar miljeumonsters:
| Sample type | Oanrikkemandearre sampling proseduere |
| Ierde | Sampling bedrach: ca.5 g;Oerbleaune ferdwûne stof moat fan it oerflak fuortsmiten wurde;Grind grutte stikken en passe troch 2 mm filter;Aliquot samples yn sterile EP-buis of cyrotube foar reservearring. |
| Feces | Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot samples yn sterile EP-buis of cryotube foar reservearring. |
| Intestinale ynhâld | Samples moatte wurde ferwurke ûnder aseptyske tastân.Waskje sammele weefsel mei PBS;Centrifuge de PBS en sammelje de precipitant yn EP-tubes. |
| Slyk | Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot slibmonster yn sterile EP-buis of kryotube foar reservearring |
| Waterbody | Foar monster mei beheinde hoemannichte mikrobiaal, lykas kraanwetter, putwetter, ensfh., Sammelje op syn minst 1 L wetter en passe troch 0,22 μm filter om mikrobiaal op it membraan te ferrykjen.Bewarje de membraan yn sterile buis. |
| Fel | Skrape hûdflak foarsichtich mei sterile katoenen swab of sjirurgysk blêd en pleats it yn sterile buis. |
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Freeze de samples yn floeibere stikstof foar 3-4 oeren en bewarje yn floeibere stikstof of -80 graden oant reservearring op lange termyn.Sample ferstjoering mei droech iis is fereaske.
Service Work Flow
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
1.Heatmap: Soartrykdom klustering
2.Funksjonele genen annotearre oan KEGG metabolike paden
3.Species korrelaasje netwurk
4.Circos fan CARD antibiotika ferset genen
BMK gefal
Nanopore metagenomics makket rappe klinyske diagnoaze fan baktearjele ynfeksje fan 'e legere luchtwegen mooglik
Publisearre:Natuerbiotechnology, 2019
Technyske hichtepunten
Sequencing: Nanopore MinION
Clinical metagenomics bioinformatics: Host DNA útputting, WIMP en ARMA analyze
Rapid detection: 6 oeren
Hege gefoelichheid: 96,6%
Key resultaten
Yn 2006 feroarsake legere respiratoire ynfeksje (LR) wrâldwiid 3 miljoen minsklike dea.De typyske metoade foar detectie fan LR1-pathogen is kultivaasje, dy't minne gefoelichheid hat, lange turn-around-tiid en gebrek oan begelieding yn iere antibiotika-terapy.In rappe en krekte mikrobiële diagnoaze hat al lang in driuwend ferlet west.Dr Justin fan 'e Universiteit fan East Anglia en syn partners ûntwikkele mei súkses in Nanopore-basearre metagenomyske metoade foar patogeendeteksje.Neffens har workflow kin 99,99% fan host-DNA opslein wurde.Deteksje yn patogenen en antibiotika-resistinte genen kin yn 6 oeren foltôge wurde.
Referinsje
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomics makket rappe klinyske diagnoaze fan baktearjele ynfeksje fan 'e legere luchtwegen mooglik.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
