Bulk Segregant analyze
Service Foardielen
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Accurate lokalisaasje: Mixing bulks mei 30+30 oant 200+200 persoanen om eftergrûnlûd te minimalisearjen;net-synonyme mutatanten-basearre foarsizzing fan kandidaatregio's.
● Wiidweidige analyze: Djipte annotaasje fan kandidaatgenfunksje, ynklusyf NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, ensfh.
● Snellere turnaround tiid: Rapid gene lokalisaasje binnen 45 wurkdagen.
● Wiidweidige ûnderfining: BMK hat bydroegen yn tûzenen eigenskippen lokalisaasje, covering ferskate soarten lykas gewaaks, aquatic produkten, bosk, blommen, fruit, etc.
Service Spesifikaasjes
Befolking:
Segregearjen fan neiteam fan âlders mei tsjinoerstelde fenotypen.
bgl
Mixing pool
Foar kwalitative eigenskippen: 30 oant 50 persoanen (minimum 20) / bulk
Foar kwantitative tratis: top 5% oant 10% yndividuen mei beide ekstreme fenotypen yn 'e hiele befolking (minimum 30+30).
Oanrikkemandearre sequencing djipte
Op syn minst 20X / âlder en 1X / neiteam yndividu (bgl.
Bioinformatika analyzes
● Folsleine genome resequencing
● Data ferwurking
● SNP / Indel calling
● Screening fan kandidaatregio's
● Annotaasje fan kandidaatgenfunksje
Sample easken en levering
Sample easken:
Nukleotiden:
| gDNA sample | Tissue sample |
| Konsintraasje: ≥30 ng/μl | Planten: 1-2 g |
| Bedrach: ≥2 μg (Volume ≥15 μl) | Dieren: 0,5-1 g |
| Purity: OD260/280= 1,6-2,5 | Folslein bloed: 1,5 ml |
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
RNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
1.Association analyse basis op Euklidyske ôfstân (ED) foar in identifisearje kandidaat regio.Yn de folgjende figuer
X-as: Chromosome nûmer;Elke punt stiet foar in ED-wearde fan in SNP.De Swarte line komt oerien mei ynrjochte ED-wearde.In hegere ED-wearde jout in wichtiger assosjaasje oan tusken de side en it fenotype.Red dash line stiet foar drompel fan wichtige assosjaasje.
2.Association analyze basearre gjin SNP-index
X-as: Chromosome nûmer;Elke punt stiet foar SNP-yndekswearde.De swarte line stiet foar fitted SNP-index wearde.Hoe grutter de wearde is, hoe wichtiger de feriening is.
BMK gefal
De grutte-effekt kwantitative trait locus Fnl7.1 kodearret in lette embryogenese oerfloedich proteïne assosjearre mei fruit hals lingte yn komkommer
Publisearre: Plant Biotechnology Journal, 2020
Sequencing strategy:
Âlden (Jin5-508, YN): Folsleine genome resequencing foar 34× en 20×.
DNA-pools (50 langhals en 50 koarte nekke): Re-sequencing foar 61× en 52×
Key resultaten
Yn dizze stúdzje waard segregearjende populaasje (F2 en F2: 3) generearre troch krusing fan komkommerline mei lange nekke Jin5-508 en koarte hals YN.Twa DNA-pools waarden oanlein troch 50 ekstreme lange-hals-persoanen en 50 ekstreme koarte-hals-persoanen.Major-effekt QTL waard identifisearre op Chr07 troch BSA-analyze en tradisjonele QTL-mapping.De kandidaatregio waard fierder beheind troch fyn-mapping, geneekspresje-kwantifikaasje en transgene eksperiminten, dy't kaaigen iepenbiere yn it kontrolearjen fan nekke-lingte, CsFnl7.1.Dêrnjonken waard polymorfisme yn CsFnl7.1-promotorregio fûn dat se assosjearre binne mei oerienkommende ekspresje.Fierdere fylogenetyske analyze suggerearre dat Fnl7.1-lokus tige wierskynlik út Yndia komt.
 QTL-mapping yn BSA-analyze om kandidaatregio te identifisearjen ferbûn mei komkommerhalslingte |  LOD-profilen fan komkommer-halslange QTL identifisearre op Chr07 |
Xu, X, et al."De grutte-effekt kwantitative trait locus Fnl7.1 kodearret in lette embryogenese oerfloedich proteïne ferbûn mei fruit hals lingte yn komkommer."Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
