16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Service Foardielen
● Langlêzen dy't de folchoarder fan 16S / 18S / ITS sjen litte
● Heech krekte basisoprop mei PacBio CCS-modus sequencing
● Resolúsje op soartnivo yn OTU / ASV-annotaasje
● Latest QIIME2 analysearjen stream mei ferskate analyzes yn termen fan databank, annotaasje, OTU / ASV.
● Tapaslik foar ferskate mikrobiale mienskipstúdzjes
● BMK hat wiidweidige ûnderfining mei mear as 100.000 samples / jier, covering boaiem, wetter, gas, slib, feces, darm, hûd, fermentation bouillon, ynsekten, planten, ensfh.
● BMKCloud fasilitearre data-ynterpretaasje mei 45 personaliseare analysearjende ark
Service Spesifikaasjes
| SequencingPerron | Biblioteek | Oanrikkemandearre gegevens | Omrintiid |
| PacBio Sequel II | SMRT-bel | 5K/10K/20K Tags | 44 wurkdagen |
Bioinformatika analyzes
● Raw gegevens kwaliteit kontrôle
● OTU-klusterjen / De-noise (ASV)
● OTU annotaasje
● Alpha ferskaat
● Beta ferskaat
● Inter-groep analyze
● Assosiaasje analyze tsjin eksperimintele faktoaren
● Funksje gene foarsizzing
Sample easken en levering
Sample easken:
FoarDNA-ekstrakten:
| Sample Type | Tal | Konsintraasje | Purity |
| DNA-ekstrakten | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Foar miljeumonsters:
| Sample type | Oanrikkemandearre sampling proseduere |
| Ierde | Sampling bedrach: ca.5 g;Oerbleaune ferdwûne stof moat fan it oerflak fuortsmiten wurde;Grind grutte stikken en passe troch 2 mm filter;Aliquot samples yn sterile EP-buis of cyrotube foar reservearring. |
| Feces | Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot samples yn sterile EP-buis of cryotube foar reservearring. |
| Intestinale ynhâld | Samples moatte wurde ferwurke ûnder aseptyske tastân.Waskje sammele weefsel mei PBS;Centrifuge de PBS en sammelje de precipitant yn EP-tubes. |
| Slyk | Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot slibmonster yn sterile EP-buis of kryotube foar reservearring |
| Waterbody | Foar monster mei beheinde hoemannichte mikrobiaal, lykas kraanwetter, putwetter, ensfh., Sammelje op syn minst 1 L wetter en passe troch 0,22 μm filter om mikrobiaal op it membraan te ferrykjen.Bewarje de membraan yn sterile buis. |
| Fel | Skrape hûdflak foarsichtich mei sterile katoenen swab of sjirurgysk blêd en pleats it yn sterile buis. |
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Freeze de samples yn floeibere stikstof foar 3-4 oeren en bewarje yn floeibere stikstof of -80 graden oant reservearring op lange termyn.Sample ferstjoering mei droech iis is fereaske.
Service Work Flow
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
1.Annotaasje taryf fan V3 + V4 (Illumina)-basearre microbial mienskip profilearring vs Full-lingte (PacBio)-basearre profilearring.
(Gegevens fan 30 willekeurich selekteare projekten waarden tapast foar statistyk)
2.Annotaasjefrekwinsje fan amplikonsekwinsje fan folsleine lingte op soartnivo yn ferskate stekproeftypen
3.Species ferdieling
4.Phylogenetic beam
BMK gefal
Arseen-eksposysje bringt skea oan darmbarriêre en konsekwint aktivearring fan darm-lever-as dy't liedt ta ûntstekking en pyroptose fan 'e lever by einen
Publisearre:Wittenskip fan it totale miljeu,2021
Sequencing strategy:
Samples: Kontrôle tsjin 8 mg / kg ATO bleatsteld groep
Opbringst fan sekwinsjegegevens: 102.583 rau CCS-sekwinsjes yn totaal
kontrôle: 54.518 ± 747 effektive CCS
ATO-exposed: 45.050 ± 1675 effektive CCS
Key resultaten
Alfa ferskaat:ATO-eksposysje feroare de intestinale mikrobiale rykdom en ferskaat yn 'e einen signifikant.
Metastatyske analyze:
Yn phylum nivo: 2 baktearjele phyla allinnich ûntdutsen yn kontrôle groepen
Op genusnivo: 6 genera waarden signifikant ferskillend fûn yn relative oerfloed
Yn soarte nivo: 36 soarten waarden identifisearre yn totaal, mei 6 fan harren signifikant oars yn relavive oerfloed
Referinsje
Thingholm, LB, et al."Obesese yndividuen mei en sûnder type 2-diabetes toane ferskate darmmikrobiele funksjonele kapasiteit en komposysje."Cell Host & Microbe26.2 (2019).
