16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Service Foardielen
● Isolaasjefrije en rappe identifikaasje fan mikrobiale gearstalling yn miljeuproblemen
● Hege resolúsje yn leech-oerfloedige komponinten yn miljeu-samples
● Latest QIIME2 analysearjen stream mei ferskate analyzes yn termen fan databank, annotaasje, OTU / ASV.
● High-throughput, hegere krektens
● Tapaslik foar ferskate mikrobiale mienskipstúdzjes
● BMK hat wiidweidige ûnderfining mei mear as 100.000 samples / jier, covering boaiem, wetter, gas, slib, feces, darm, hûd, fermentation bouillon, ynsekten, planten, ensfh.
● BMKCloud fasilitearre data-ynterpretaasje mei 45 personaliseare analysearjende ark
Service Spesifikaasjes
| SequencingPerron | Biblioteek | Oanrikkemandearre gegevensopbringst | Geschatte turn-around tiid |
| Illumina NovaSeq Platfoarm | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 dagen |
Bioinformatika analyzes
● Raw gegevens kwaliteit kontrôle
● OTU-klusterjen / De-noise (ASV)
● OTU annotaasje
● Alpha ferskaat
● Beta ferskaat
● Inter-groep analyze
● Assosiaasje analyze tsjin eksperimintele faktoaren
● Funksje gene foarsizzing
Sample easken en levering
Sample easken:
FoarDNA-ekstrakten:
| Sample Type | Tal | Konsintraasje | Purity |
| DNA-ekstrakten | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Foar miljeumonsters:
| Sample type | Oanrikkemandearre sampling proseduere |
| Ierde | Sampling bedrach: ca.5 g;Oerbleaune ferdwûne stof moat fan it oerflak fuortsmiten wurde;Grind grutte stikken en passe troch 2 mm filter;Aliquot samples yn sterile EP-buis of cyrotube foar reservearring. |
| Feces | Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot samples yn sterile EP-buis of cryotube foar reservearring. |
| Intestinale ynhâld | Samples moatte wurde ferwurke ûnder aseptyske tastân.Waskje sammele weefsel mei PBS;Centrifuge de PBS en sammelje de precipitant yn EP-tubes. |
| Slyk | Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot slibmonster yn sterile EP-buis of kryotube foar reservearring |
| Waterbody | Foar monster mei beheinde hoemannichte mikrobiaal, lykas kraanwetter, putwetter, ensfh., Sammelje op syn minst 1 L wetter en passe troch 0,22 μm filter om mikrobiaal op it membraan te ferrykjen.Bewarje de membraan yn sterile buis. |
| Fel | Skrape hûdflak foarsichtich mei sterile katoenen swab of sjirurgysk blêd en pleats it yn sterile buis. |
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Freeze de samples yn floeibere stikstof foar 3-4 oeren en bewarje yn floeibere stikstof of -80 graden oant reservearring op lange termyn.Sample ferstjoering mei droech iis is fereaske.
Service Work Flow
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
1.Species ferdieling
2.Heat map: Soartenrykdom klustering
3.Rare fraksjekurve
4.NMDS analyze
5.Lefse analyze
BMK gefal
Obese Persoanen mei en sûnder Type 2-diabetes litte ferskate darmmikrobiële funksjonele kapasiteit en komposysje sjen
Publisearre:Cell Host & Microbe, 2019
Sequencing strategy:
Lean non-diabetes (n=633);Obese net-diabetes (n=494);Obese-Type 2-diabetes (n=153);
Doelgebiet: 16S rDNA V1-V2
Platfoarm: Illumina Miseq (NGS-basearre amplicon sequencing)
Subset fan DNA-ekstrakten waarden ûnderwurpen oan metagenomyske sequencing op Illumina Hiseq
Key resultaten
Mikrobiele profilearrings fan dizze metabolike sykten waarden mei súkses differinsjearre.
Troch it fergelykjen fan mikrobiele funksjes generearre troch 16S-sequencing, waard obesitas fûn om te assosjearjen mei feroaringen yn mikrobiale gearstalling, yndividuele skaaimerken, benammen signifikante fermindering fan Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, ensfh. Dêrnjonken waard T2D fûn ferbûn mei ferheging fan Escherichia / shigella .
Referinsje
Thingholm, LB, et al."Obesese yndividuen mei en sûnder type 2-diabetes toane ferskate darmmikrobiele funksjonele kapasiteit en komposysje."Cell Host & Microbe26.2 (2019).
