Séquençage du transcriptome entier – Illumina
Caractéristiques
● Double bibliothèque pour séquencer le transcriptome complet : déplétion de l'ARNr suivie de la préparation de la bibliothèque PE150 et sélection de la taille suivie de la préparation de la bibliothèque SE50
● Analyse bioinformatique complète de l'ARNm, de l'ARNnc, de l'ARNcirc et du miARN dans des rapports bioinformatiques distincts
● Analyse conjointe de toutes les expressions d'ARN dans un rapport combiné, y compris l'analyse des réseaux ceRNA.
Avantages des services
●Analyse approfondie des réseaux de régulation: L'analyse du réseau ceRNA est rendue possible par le séquençage conjoint de l'ARNm, de l'ARNnc, du circARN et du miARN et par un flux de travail bioinformatique exhaustif.
●Annotation complète: nous utilisons plusieurs bases de données pour annoter fonctionnellement les gènes exprimés différentiellement (DEG) et effectuer l'analyse d'enrichissement correspondante, fournissant ainsi un aperçu des processus cellulaires et moléculaires sous-jacents à la réponse du transcriptome.
●Une expertise étendue: avec une expérience dans la clôture réussie de plus de 2000 projets complets de transcriptome dans divers domaines de recherche, notre équipe apporte une richesse d'expérience à chaque projet.
●Contrôle qualité rigoureux: nous mettons en œuvre des points de contrôle de base à toutes les étapes, de la préparation des échantillons et des bibliothèques au séquençage et à la bioinformatique.Ce suivi méticuleux garantit la fourniture de résultats constants de haute qualité.
● Annotation complète: nous utilisons plusieurs bases de données pour annoter fonctionnellement les gènes exprimés différentiellement (DEG) et effectuer l'analyse d'enrichissement correspondante, fournissant ainsi un aperçu des processus cellulaires et moléculaires sous-jacents à la réponse du transcriptome.
●Assistance après-vente: Notre engagement s'étend au-delà de la réalisation du projet avec une période de service après-vente de 3 mois.Pendant cette période, nous proposons un suivi de projet, une assistance au dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toute question liée aux résultats.
Exigences et livraison des échantillons
| Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Données recommandées | Contrôle de qualité |
| ARNr épuisé | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85 % |
| Taille sélectionnée | Illumina SE50 | 10 à 20 millions de lectures |
Exigences de l'échantillon :
Nucléotides :
| Conc. (ng/μl) | Quantité (μg) | Pureté | Intégrité |
| ≥ 100 | ≥ 1 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contamination limitée ou inexistante en protéines ou en ADN indiquée sur le gel. | Plantes : RIN≥6,5 Animal : RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0 ; élévation de la ligne de base limitée ou inexistante |
Livraison d’échantillon recommandée
Récipient:
Tube à centrifuger de 2 ml (le papier d’aluminium n’est pas recommandé)
Étiquetage des échantillons : Groupe + répétition, par exemple A1, A2, A3 ;B1, B2, B3... ...
Expédition:
1. Glace sèche : Les échantillons doivent être emballés dans des sacs et enterrés dans de la glace carbonique.
2.Tubes RNAstable : les échantillons d'ARN peuvent être séchés dans un tube de stabilisation d'ARN (par exemple RNAstable®) et expédiés à température ambiante.
Flux de travail des services
Conception d'expériences
Livraison d'échantillon
Extraction d'ARN
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Services après-vente
Bioinformatique
Aperçu de l'expression de l'ARN
Gènes exprimés différentiellement
analyse d'ARNc
MiARN différentiellement exprimés et ARN associés
Explorez les progrès de la recherche facilités par les services de séquençage complet du transcriptome de BMKGene à travers une collection organisée de publications.
Dai, Y. et al.(2022) « Profils d'expression complets des ARNm, des ARNnc et des miARN dans la maladie de Kashin-Beck identifiés par séquençage d'ARN », Molecular Omics, 18(2), pp.est ce que je: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. Nan et al.(2022) « Analyse des transcriptomes complets de la résistance au froid d'Apis cerana dans la montagne Changbai pendant la période d'hivernage. », Gene, 830, pp.est ce que je: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et coll.(2022) « Priorisation basée sur l'intégration multi-omique des réseaux de régulation d'ARN endogènes concurrents dans le cancer du poumon à petites cellules : caractéristiques moléculaires et candidats médicaments », Frontiers in Oncology, 12, p.904865. est ce que je : 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) « L'analyse intégrée des profils d'expression lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA révèle de nouvelles informations sur les mécanismes potentiels en réponse aux nématodes à galles chez l'arachide », BMC Genomics, 23(1), pp.est ce que je: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et coll.(2022) « Le séquençage de l'ARN du transcriptome entier met en évidence les mécanismes moléculaires associés au maintien de la qualité post-récolte du brocoli par irradiation par LED rouge », Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. est ce que je : 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
