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Séquençage d'ARNm pleine longueur-Nanopore
Le séquençage de l'ARN a été un outil inestimable pour l'analyse complète du transcriptome.Sans aucun doute, le séquençage traditionnel à lecture courte a réalisé de nombreux développements importants ici.Néanmoins, il rencontre souvent des limitations dans les identifications d'isoformes pleine longueur, la quantification, le biais de PCR.
Le séquençage Nanopore se distingue des autres plateformes de séquençage, en ce que les nucléotides sont lus directement sans synthèse d'ADN et génère une lecture longue à des dizaines de kilobases.Cela permet une lecture directe des transcriptions complètes et de relever les défis des études au niveau des isoformes.
Plateforme：Nanopore PromethION
Bibliothèque:ADNc-PCR
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Séquençage de novo du transcriptome complet -PacBio
De novoséquençage complet du transcriptome, également appeléDe novoIso-Seq profite des avantages du séquenceur PacBio en longueur de lecture, qui permet le séquençage de molécules d'ADNc pleine longueur sans aucune rupture.Cela évite complètement les erreurs générées dans les étapes d'assemblage de la transcription et construit des ensembles unigènes avec une résolution au niveau de l'isoforme.Cet ensemble unigène fournit des informations génétiques puissantes en tant que « génome de référence » au niveau du transcriptome.De plus, en s'associant aux données de séquençage de nouvelle génération, ce service permet une quantification précise de l'expression au niveau des isoformes.
Plate-forme： PacBio Sequel IIBibliothèque : bibliothèque de cloches SMRT -
Séquençage d'ARNm eucaryote-Illumina
Le séquençage d'ARNm permet le profilage de tous les ARNm transcrits à partir de cellules dans des conditions spécifiques.Il s'agit d'une technologie puissante pour révéler le profil d'expression des gènes, les structures des gènes et les mécanismes moléculaires de certains processus biologiques.À ce jour, le séquençage de l'ARNm a été largement utilisé dans la recherche fondamentale, les diagnostics cliniques, le développement de médicaments, etc.
Plate-forme : Illumina NovaSeq 6000
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Séquençage d'ARNm non basé sur des références - Illumina
Le séquençage de l'ARNm adopte une technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour capturer l'ARN messager (ARNm) de la forme eucaryote à une période spécifique à laquelle certaines fonctions spéciales sont activées.Le plus long transcrit épissé a été appelé «Unigene» et utilisé comme séquence de référence pour une analyse ultérieure, ce qui est un moyen efficace d'étudier le mécanisme moléculaire et le réseau de régulation de l'espèce sans référence.
Après assemblage des données du transcriptome et annotation fonctionnelle unigène
(1) L'analyse SNP, l'analyse SSR, la prédiction CDS et la structure des gènes seront préformées.
(2) La quantification de l'expression unigène dans chaque échantillon sera effectuée.
(3) Les unigènes exprimés de manière différentielle entre les échantillons (ou groupes) seront découverts sur la base de l'expression unigène
(4) Le regroupement, l'annotation fonctionnelle et l'analyse d'enrichissement des unigènes exprimés de manière différentielle seront effectués
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Séquençage long non codant-Illumina
Les ARN longs non codants (ARNlnc) sont un type de molécules d'ARN d'une longueur supérieure à 200 nt, qui se caractérisent par un potentiel de codage extrêmement faible.LncRNA, en tant que membre clé des ARN non codants, se trouve principalement dans le noyau et le plasma.Le développement de la technologie de séquençage et de la bioinformatique permet d'identifier de nombreux nouveaux lncARN et de les associer à des fonctions biologiques.Des preuves cumulatives suggèrent que l'ARNnc est largement impliqué dans la régulation épigénétique, la régulation de la transcription et la régulation post-transcription.
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Séquençage de petits ARN-Illumina
Le petit ARN fait référence à une classe de molécules d'ARN non codantes d'une longueur généralement inférieure à 200 nt, notamment le micro-ARN (miARN), le petit ARN interférentiel (siARN) et l'ARN interagissant avec piwi (piARN).
Le microARN (miARN) est une classe de petits ARN endogènes d'une longueur d'environ 20 à 24 nt, qui jouent divers rôles régulateurs importants dans les cellules.miARN impliqué dans de nombreux processus vitaux qui révèlent une expression spécifique de tissu - spécifique et de stade - et hautement conservée dans différentes espèces.
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séquençage de circARN-Illumina
Le séquençage du transcriptome entier est conçu pour profiler tous les types de molécules d'ARN, y compris les ARN codants (ARNm) et non codants (y compris les ARNlnc, les circARN et les miARN) qui sont transcrits par des cellules spécifiques à un certain moment.Le séquençage du transcriptome entier, également appelé «séquençage de l'ARN total», vise à révéler des réseaux de régulation complets au niveau du transcriptome.Profitant de la technologie NGS, des séquences de produits de transcriptome entiers sont disponibles pour l'analyse de l'ARNc et l'analyse conjointe de l'ARN, ce qui constitue la première étape vers la caractérisation fonctionnelle.Révéler le réseau de régulation des ARNce à base de circRNA-miRNA-mRNA.
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Séquençage du transcriptome entier – Illumina
Le séquençage du transcriptome entier est conçu pour profiler tous les types de molécules d'ARN, y compris les ARN codants (ARNm) et non codants (y compris les ARNlnc, les circARN et les miARN) qui sont transcrits par des cellules spécifiques à un certain moment.Le séquençage du transcriptome entier, également appelé «séquençage de l'ARN total», vise à révéler des réseaux de régulation complets au niveau du transcriptome.Profitant de la technologie NGS, des séquences de produits de transcriptome entiers sont disponibles pour l'analyse de l'ARNc et l'analyse conjointe de l'ARN, ce qui constitue la première étape vers la caractérisation fonctionnelle.Révéler le réseau de régulation des ARNce à base de circRNA-miRNA-mRNA.
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Séquençage d'ARN procaryote
Le séquençage d'ARN procaryote utilise le séquençage de nouvelle génération (NGS) pour révéler la présence et la quantité d'ARN à un instant donné, en analysant l'évolution du transcriptome cellulaire.Le séquençage d'ARN procaryote de notre société vise spécifiquement les procaryotes avec des génomes de référence, vous fournissant le profilage du transcriptome, l'analyse de la structure des gènes, etc. Il a été largement appliqué à la recherche scientifique fondamentale, à la recherche et au développement de médicaments, etc.
Plate-forme : Illumina NovaSeq 6000
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Séquençage du métatranscriptome
Le séquençage du métatranscriptome identifie l'expression génique des microbes (à la fois eucaryotes et procaryotes) dans les environnements naturels (c'est-à-dire le sol, l'eau, la mer, les matières fécales et les intestins). d'espèces, analyse d'enrichissement fonctionnel de gènes exprimés différemment, etc.
Plate-forme : Illumina NovaSeq 6000
