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BSA
La plate-forme d'analyse de ségrégation groupée comprend une analyse standard en une étape et une analyse avancée avec réglage de paramètres personnalisés.La BSA est une technique utilisée pour identifier rapidement les marqueurs génétiques associés au phénotype.Le flux de travail principal de BSA comprend : 1. la sélection de deux groupes d'individus présentant des phénotypes extrêmement opposés ;2. regrouper l'ADN, l'ARN ou le SLAF-seq (développé par Biomarker) de tous les individus pour former deux blocs d'ADN ;3. identifier des séquences différentielles par rapport au génome de référence ou entre les deux, 4. prédire les régions liées candidates par l'algorithme ED et SNP-index ;5. Analyse fonctionnelle et enrichissement des gènes dans les régions candidates, etc. Une extraction plus avancée des données, notamment le criblage de marqueurs génétiques et la conception d'amorces, est également disponible.
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Amplicon (16S/18S/ITS)
La plateforme Amplicon (16S/18S/ITS) est développée avec des années d'expérience dans l'analyse de projets de diversité microbienne, qui contient une analyse de base standardisée et une analyse personnalisée : l'analyse de base couvre le contenu d'analyse principal de la recherche microbienne actuelle, le contenu de l'analyse est riche et complet, et les résultats de l'analyse sont présentés sous forme de rapports de projet ;Le contenu de l’analyse personnalisée est diversifié.Les échantillons peuvent être sélectionnés et les paramètres peuvent être définis de manière flexible en fonction du rapport d'analyse de base et de l'objectif de recherche, pour répondre à des exigences personnalisées.Système d'exploitation Windows, simple et rapide.
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Génétique évolutive
La génétique évolutive est un service de séquençage complet conçu pour fournir une interprétation complète des informations évolutives de matériaux donnés, basée sur des variations génétiques, notamment les SNP, InDels, SV et CNV.Il fournit toutes les analyses fondamentales nécessaires à la description des changements évolutifs et des caractéristiques génétiques des populations, telles que la structure de la population, la diversité génétique, les relations phylogéniques, etc. Il contient également des études sur le flux génétique, qui permettent d'estimer la taille effective de la population et le temps de divergence.
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Génomique comparée
La génomique comparative signifie littéralement comparer les séquences et structures complètes du génome de différentes espèces.Cette discipline vise à révéler l'évolution des espèces, la fonction des gènes et le mécanisme de régulation des gènes au niveau du génome en identifiant les structures de séquence et les éléments conservés ou différenciés entre différentes espèces.Une étude génomique comparative typique comprend des analyses de la famille des gènes, du développement évolutif, de la duplication du génome entier, de la pression sélective, etc.
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Génétique évolutive
La plateforme d’analyse génétique des populations et de l’évolution est établie sur la base de l’expérience massive accumulée au sein de l’équipe R&D de BMK depuis des années.Il s'agit d'un outil convivial, spécialement destiné aux chercheurs qui ne se spécialisent pas en bioinformatique.Cette plate-forme permet une analyse de base liée à la génétique évolutive, notamment la construction d'arbres phylogénétiques, l'analyse du déséquilibre de liaison, l'évaluation de la diversité génétique, l'analyse par balayage sélectif, l'analyse de parenté, l'ACP, l'analyse de la structure de la population, etc.
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Assemblage du génome basé sur Hi-C
Hi-C est une méthode conçue pour capturer la configuration des chromosomes en combinant le sondage des interactions basées sur la proximité et le séquençage à haut débit.On pense que l’intensité de ces interactions est négativement corrélée à la distance physique sur les chromosomes.Par conséquent, les données Hi-C pourraient guider le regroupement, l’ordonnancement et l’orientation des séquences assemblées dans un projet de génome et leur ancrage sur un certain nombre de chromosomes.Cette technologie permet un assemblage du génome au niveau des chromosomes en l’absence de carte génétique basée sur la population.Chaque génome a besoin d’un Hi-C.
Plateforme：Plateforme Illumina NovaSeq / DNBSEQ
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Séquençage du génome végétal/animal de novo
De Novole séquençage fait référence à la construction du génome entier d'une espèce à l'aide de technologies de séquençage, par exemple PacBio, Nanopore, NGS, etc., en l'absence d'un génome de référence.L'amélioration remarquable de la longueur de lecture des technologies de séquençage de troisième génération a ouvert de nouvelles opportunités dans l'assemblage de génomes complexes, tels que ceux présentant une hétérozygotie élevée, un taux élevé de régions répétitives, des polyploïdes, etc. Avec une longueur de lecture de plusieurs dizaines de kilobases, ces lectures de séquençage permettent résolution d'éléments répétitifs, de régions avec des contenus GC anormaux et d'autres régions très complexes.
Plateforme : Plateforme PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/Illumina NovaSeq
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Séquençage de l’exome humain entier
Le séquençage de l’exome entier (WES) est considéré comme une stratégie de séquençage rentable pour identifier les mutations pathogènes.Bien que les exons n’occupent qu’environ 1,7 % du génome total, ils représentent directement le profil des fonctions totales des protéines.Dans le génome humain, il a été rapporté que plus de 85 % des mutations liées à une maladie se produisent dans la région codante pour une protéine.
BMKGENE propose des services complets et flexibles de séquençage d’exomes humains entiers avec différentes stratégies de capture d’exons disponibles pour répondre à divers objectifs de recherche.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
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Séquençage de fragments amplifiés à locus spécifique (SLAF-Seq)
Le génotypage à haut débit, en particulier sur une population à grande échelle, est une étape fondamentale dans les études d'association génétique, qui fournit une base génétique pour la découverte de gènes fonctionnels, l'analyse évolutive, etc. Au lieu d'un re-séquençage en profondeur du génome entier, le séquençage à représentation réduite du génome (RRGS ) est introduit pour minimiser le coût de séquençage par échantillon, tout en maintenant une efficacité raisonnable dans la découverte de marqueurs génétiques.Ceci est généralement réalisé en extrayant un fragment de restriction dans une plage de tailles donnée, appelée bibliothèque de représentation réduite (RRL).Le séquençage de fragments amplifiés à locus spécifiques (SLAF-Seq) est une stratégie auto-développée pour le génotypage des SNP avec ou sans génome de référence.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq -
Illumina et BGI
La technologie de séquençage d'Illumina, basée sur le séquençage par synthèse (SBS), est une innovation NGS adoptée à l'échelle mondiale, responsable de la génération de plus de 90 % des données de séquençage mondiales.Le principe du SBS consiste à imager des terminateurs réversibles marqués par fluorescence au fur et à mesure que chaque dNTP est ajouté, puis clivés pour permettre l'incorporation de la base suivante.Avec les quatre dNTP réversibles liés au terminateur présents dans chaque cycle de séquençage, la compétition naturelle minimise le biais d’incorporation.Cette technologie polyvalente prend en charge les bibliothèques à lecture unique et appariée, répondant ainsi à une gamme d’applications génomiques.Les capacités et la précision à haut débit du séquençage Illumina le positionnent comme une pierre angulaire de la recherche en génomique, permettant aux scientifiques de percer les subtilités des génomes avec des détails et une efficacité inégalés.
DNBSEQ, développé par BGI, est une autre technologie NGS innovante qui a réussi à réduire encore les coûts de séquençage et à augmenter le débit.La préparation des bibliothèques DNBSEQ implique la fragmentation de l’ADN, la préparation de l’ADNsb et l’amplification en cercle roulant pour obtenir les nanobilles d’ADN (DNB).Ceux-ci sont ensuite chargés sur une surface solide puis séquencés par synthèse combinatoire sonde-ancre (cPAS).
Notre service de séquençage de bibliothèques prédéfinies aide les clients à préparer leurs bibliothèques de séquençage à partir de diverses sources (ARNm, génome entier, amplicon, entre autres).Par la suite, ces bibliothèques peuvent être expédiées vers nos centres de séquençage pour un contrôle qualité et un séquençage sur les plateformes Illumina ou BGI.
