-
Séquençage d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-seq)
ChIP-Seq fournit un profilage à l'échelle du génome des cibles d'ADN pour la modification des histones, des facteurs de transcription et d'autres protéines associées à l'ADN.Il combine la sélectivité de l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) pour récupérer des complexes protéine-ADN spécifiques, avec la puissance du séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le séquençage à haut débit de l’ADN récupéré.De plus, étant donné que les complexes protéine-ADN sont récupérés à partir de cellules vivantes, les sites de liaison peuvent être comparés dans différents types de cellules et tissus, ou dans différentes conditions.Les applications vont de la régulation transcriptionnelle aux voies de développement en passant par les mécanismes de la maladie et au-delà.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
-
Séquençage métagénomique -NGS
Le métagénome fait référence à une collection de matériel génétique total d'une communauté mixte d'organismes, tels que le métagénome environnemental, le métagénome humain, etc. Il contient les génomes de micro-organismes cultivables et incultivables.Le séquençage métagénomique est un outil moléculaire utilisé pour analyser les matériaux génomiques mixtes extraits d'échantillons environnementaux, qui fournit des informations détaillées sur la diversité et l'abondance des espèces, la structure de la population, les relations phylogénétiques, les gènes fonctionnels et le réseau de corrélation avec les facteurs environnementaux.
Plate-forme:Plateforme Illumina NovaSeq
-
Séquençage métagénomique-Nanopore
La métagénomique est un outil moléculaire utilisé pour analyser les matériaux génomiques mixtes extraits d'échantillons environnementaux, qui fournit des informations détaillées sur la diversité et l'abondance des espèces, la structure de la population, les relations phylogénétiques, les gènes fonctionnels et le réseau de corrélation avec les facteurs environnementaux, etc. Les plateformes de séquençage de nanopores ont récemment introduit aux études métagénomiques.Ses performances exceptionnelles en termes de longueur de lecture ont largement amélioré l’analyse métagénomique en aval, en particulier l’assemblage du métagénome.Tirant parti de la longueur de lecture, l'étude métagénomique basée sur les nanopores permet d'obtenir un assemblage plus continu par rapport à la métagénomique par tir.Il a été publié que la métagénomique basée sur les nanopores a généré avec succès des génomes bactériens complets et fermés à partir de microbiomes (Moss, EL, et. al,Biotechnologie naturelle, 2020)
Plate-forme:Nanopore ProméthION P48
-
Séquençage bisulfite du génome entier
La méthylation de l'ADN en cinquième position dans la cytosine (5-mC) a une influence fondamentale sur l'expression des gènes et l'activité cellulaire.Des modèles de méthylation anormaux ont été associés à plusieurs affections et maladies, telles que le cancer.WGBS est devenu la référence en matière d’étude de la méthylation à l’échelle du génome avec une résolution à base unique.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
-
Test de chromatine accessible à la transposase avec séquençage à haut débit (ATAC-seq)
ATAC-seq est une méthode de séquençage à haut débit pour l'analyse de l'accessibilité de la chromatine à l'échelle du génome, ce qui est important pour le contrôle épigénétique global de l'expression des gènes.Les adaptateurs de séquençage sont insérés dans les régions ouvertes de la chromatine par la transposase Tn5 hyperactive.Après amplification PCR, une bibliothèque de séquençage est construite.Toutes les régions ouvertes de la chromatine peuvent être obtenues dans des conditions spatio-temporelles spécifiques, non seulement limitées aux sites de liaison d'un facteur de transcription ou à une certaine région modifiée par une histone.
-
Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS-PacBio
La sous-unité des ARNr 16S et 18S contenant à la fois des régions hautement conservées et hypervariables constitue une empreinte moléculaire parfaite pour l'identification des organismes procaryotes et eucaryotes.Tirant parti du séquençage, ces amplicons peuvent être ciblés en fonction des parties conservées et les régions hyper-variables peuvent être entièrement caractérisées pour l'identification microbienne contribuant aux études couvrant l'analyse de la diversité microbienne, la taxonomie, la phylogénie, etc. ) le séquençage de la plateforme PacBio permet d'obtenir des lectures longues très précises, pouvant couvrir des amplicons complets (environ 1,5 Ko).La vision élargie du champ génétique a considérablement amélioré la résolution de l’annotation des espèces dans la communauté des bactéries ou des champignons.
Plate-forme:PacBio Suite II
-
Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS-NGS
Le séquençage des amplicons 16S/18S/ITS vise à révéler la phylogénie, la taxonomie et l’abondance des espèces dans une communauté microbienne en étudiant les produits PCR de marqueurs génétiques domestiques qui contiennent à la fois des parties hautement converties et hypervariables.L'introduction de ces empreintes moléculaires parfaites par Woeses et al (1977) permet un profilage du microbiome sans isolement.Le séquençage du 16S (bactéries), du 18S (champignons) et de l'espaceur transcrit interne (ITS, champignons) permet l'identification à la fois d'espèces abondantes ainsi que d'espèces rares et non identifiées.Cette technologie est devenue un outil majeur et largement appliqué pour identifier la composition microbienne différentielle dans divers environnements, tels que la bouche humaine, les intestins, les selles, etc.
Plate-forme:Plateforme Illumina NovaSeq
-
Re-séquençage du génome entier bactérien et fongique
Le re-séquençage complet du génome bactérien et fongique est un outil essentiel pour compléter les génomes de bactéries et de champignons connus, ainsi que pour comparer plusieurs génomes ou pour cartographier les génomes de nouveaux organismes.Il est d’une grande importance de séquencer des génomes entiers de bactéries et de champignons afin de générer des génomes de référence précis, de réaliser une identification microbienne et d’autres études comparatives du génome.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
-
Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS pleine longueur PacBio
La plateforme Amplicon (16S/18S/ITS) est développée avec des années d'expérience dans l'analyse de projets de diversité microbienne, qui contient une analyse de base standardisée et une analyse personnalisée : l'analyse de base couvre le contenu d'analyse principal de la recherche microbienne actuelle, le contenu de l'analyse est riche et complet, et les résultats de l'analyse sont présentés sous forme de rapports de projet ;Le contenu de l’analyse personnalisée est diversifié.Les échantillons peuvent être sélectionnés et les paramètres peuvent être définis de manière flexible en fonction du rapport d'analyse de base et de l'objectif de recherche, pour répondre à des exigences personnalisées.Système d'exploitation Windows, simple et rapide.
-
PacBio-Transcriptome complet (non-référence)
En prenant comme entrée les données de séquençage des isoformes de Pacific Biosciences (PacBio), cette application est capable d'identifier des séquences de transcription complètes (sans assemblage).En cartographiant des séquences complètes par rapport au génome de référence, les transcrits peuvent être optimisés par des gènes, des transcrits, des régions codantes connus, etc. Dans ce cas, une identification plus précise des structures d'ARNm, telles qu'un épissage alternatif, etc., peut être obtenue.L'analyse conjointe avec les données de séquençage du transcriptome NGS permet une annotation plus complète et une quantification plus précise de l'expression au niveau de la transcription, ce qui profite largement à l'expression différentielle et à l'analyse fonctionnelle en aval.
-
Séquençage du bisulfite à représentation réduite (RRBS)
La recherche sur la méthylation de l’ADN a toujours été un sujet brûlant dans la recherche sur les maladies et est étroitement liée à l’expression des gènes et aux traits phénotypiques.RRBS est une méthode précise, efficace et économique pour la recherche sur la méthylation de l’ADN.L’enrichissement des régions du promoteur et des îlots CpG par clivage enzymatique (Msp I), combiné au séquençage au bisulfite, permet une détection de méthylation de l’ADN à haute résolution.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
-
Séquençage de l'ARNm procaryote
Le séquençage de l’ARNm permet le profilage complet de tous les transcrits d’ARNm dans les cellules dans des conditions spécifiques.Cette technologie de pointe constitue un outil puissant, dévoilant des profils complexes d’expression génique, des structures génétiques et des mécanismes moléculaires associés à divers processus biologiques.Largement adopté dans la recherche fondamentale, les diagnostics cliniques et le développement de médicaments, le séquençage de l’ARNm offre un aperçu des subtilités de la dynamique cellulaire et de la régulation génétique.Notre traitement d’échantillons d’ARNm procaryotes est adapté aux transcriptomes procaryotes, impliquant une déplétion d’ARNr et une préparation directionnelle de bibliothèques.
Plateforme : Illumina NovaSeq X
