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Séquençage métagénomique -NGS
Le métagénome fait référence à une collection de matériel génétique total d'une communauté mixte d'organismes, tels que le métagénome environnemental, le métagénome humain, etc. Il contient les génomes de micro-organismes cultivables et incultivables.Le séquençage métagénomique est un outil moléculaire utilisé pour analyser les matériaux génomiques mixtes extraits d'échantillons environnementaux, qui fournit des informations détaillées sur la diversité et l'abondance des espèces, la structure de la population, les relations phylogénétiques, les gènes fonctionnels et le réseau de corrélation avec les facteurs environnementaux.
Plate-forme:Plateforme Illumina NovaSeq
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Séquençage métagénomique-Nanopore
La métagénomique est un outil moléculaire utilisé pour analyser les matériaux génomiques mixtes extraits d'échantillons environnementaux, qui fournit des informations détaillées sur la diversité et l'abondance des espèces, la structure de la population, les relations phylogénétiques, les gènes fonctionnels et le réseau de corrélation avec les facteurs environnementaux, etc. Les plateformes de séquençage de nanopores ont récemment introduit aux études métagénomiques.Ses performances exceptionnelles en termes de longueur de lecture ont largement amélioré l’analyse métagénomique en aval, en particulier l’assemblage du métagénome.Tirant parti de la longueur de lecture, l'étude métagénomique basée sur les nanopores permet d'obtenir un assemblage plus continu par rapport à la métagénomique par tir.Il a été publié que la métagénomique basée sur les nanopores a généré avec succès des génomes bactériens complets et fermés à partir de microbiomes (Moss, EL, et. al,Biotechnologie naturelle, 2020)
Plate-forme:Nanopore ProméthION P48
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Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS-PacBio
La sous-unité des ARNr 16S et 18S contenant à la fois des régions hautement conservées et hypervariables constitue une empreinte moléculaire parfaite pour l'identification des organismes procaryotes et eucaryotes.Tirant parti du séquençage, ces amplicons peuvent être ciblés en fonction des parties conservées et les régions hyper-variables peuvent être entièrement caractérisées pour l'identification microbienne contribuant aux études couvrant l'analyse de la diversité microbienne, la taxonomie, la phylogénie, etc. ) le séquençage de la plateforme PacBio permet d'obtenir des lectures longues très précises, pouvant couvrir des amplicons complets (environ 1,5 Ko).La vision élargie du champ génétique a considérablement amélioré la résolution de l’annotation des espèces dans la communauté des bactéries ou des champignons.
Plate-forme:PacBio Suite II
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Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS-NGS
Le séquençage des amplicons 16S/18S/ITS vise à révéler la phylogénie, la taxonomie et l’abondance des espèces dans une communauté microbienne en étudiant les produits PCR de marqueurs génétiques domestiques qui contiennent à la fois des parties hautement converties et hypervariables.L'introduction de ces empreintes moléculaires parfaites par Woeses et al (1977) permet un profilage du microbiome sans isolement.Le séquençage du 16S (bactéries), du 18S (champignons) et de l'espaceur transcrit interne (ITS, champignons) permet l'identification à la fois d'espèces abondantes ainsi que d'espèces rares et non identifiées.Cette technologie est devenue un outil majeur et largement appliqué pour identifier la composition microbienne différentielle dans divers environnements, tels que la bouche humaine, les intestins, les selles, etc.
Plate-forme:Plateforme Illumina NovaSeq
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Re-séquençage du génome entier bactérien et fongique
Le re-séquençage complet du génome bactérien et fongique est un outil essentiel pour compléter les génomes de bactéries et de champignons connus, ainsi que pour comparer plusieurs génomes ou pour cartographier les génomes de nouveaux organismes.Il est d’une grande importance de séquencer des génomes entiers de bactéries et de champignons afin de générer des génomes de référence précis, de réaliser une identification microbienne et d’autres études comparatives du génome.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
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Séquençage du métatranscriptome
Le séquençage du métatranscriptome identifie l'expression génique des microbes (eucaryotes et procaryotes) dans les environnements naturels (sol, eau, mer, matières fécales et intestins). Plus précisément, ce service vous permet d'obtenir un profilage complet de l'expression génique de communautés microbiennes complexes, une analyse taxonomique. d'espèces, analyse d'enrichissement fonctionnel de gènes exprimés différemment, et bien plus encore.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
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Génome fongique
Les technologies de biomarqueurs fournissent une étude du génome, du génome fin et du génome péné-complet des champignons en fonction de l'objectif de recherche spécifique.Le séquençage, l'assemblage et l'annotation fonctionnelle du génome peuvent être réalisés en combinant le séquençage de nouvelle génération + le séquençage de troisième génération pour obtenir un assemblage du génome de haut niveau.La technologie Hi-C peut également être utilisée pour faciliter l’assemblage du génome au niveau des chromosomes.
Plate-forme:PacBio Suite II
Nanopore ProméthION P48
Plateforme Illumina NovaSeq
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Génome complet des bactéries
Biomarker Technologies fournit un service de séquençage pour la construction d'un génome complet de bactéries sans lacune.Le flux de travail principal de la construction complète du génome bactérien comprend le séquençage de troisième génération, l’assemblage, l’annotation fonctionnelle et l’analyse bioinformatique avancée répondant à des objectifs de recherche spécifiques.Un profilage plus complet du génome des bactéries permet de révéler les mécanismes fondamentaux qui sous-tendent leurs processus biologiques, ce qui pourrait également fournir une référence précieuse pour les recherches génomiques sur les espèces eucaryotes supérieures.
Plate-forme:Plateforme Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq
PacBio Suite II
