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Séquençage d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-seq)
ChIP-Seq fournit un profilage à l'échelle du génome des cibles d'ADN pour la modification des histones, des facteurs de transcription et d'autres protéines associées à l'ADN.Il combine la sélectivité de l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) pour récupérer des complexes protéine-ADN spécifiques, avec la puissance du séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le séquençage à haut débit de l’ADN récupéré.De plus, étant donné que les complexes protéine-ADN sont récupérés à partir de cellules vivantes, les sites de liaison peuvent être comparés dans différents types de cellules et tissus, ou dans différentes conditions.Les applications vont de la régulation transcriptionnelle aux voies de développement en passant par les mécanismes de la maladie et au-delà.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
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Séquençage bisulfite du génome entier
La méthylation de l'ADN en cinquième position dans la cytosine (5-mC) a une influence fondamentale sur l'expression des gènes et l'activité cellulaire.Des modèles de méthylation anormaux ont été associés à plusieurs affections et maladies, telles que le cancer.WGBS est devenu la référence en matière d’étude de la méthylation à l’échelle du génome avec une résolution à base unique.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
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Test de chromatine accessible à la transposase avec séquençage à haut débit (ATAC-seq)
ATAC-seq est une méthode de séquençage à haut débit pour l'analyse de l'accessibilité de la chromatine à l'échelle du génome, ce qui est important pour le contrôle épigénétique global de l'expression des gènes.Les adaptateurs de séquençage sont insérés dans les régions ouvertes de la chromatine par la transposase Tn5 hyperactive.Après amplification PCR, une bibliothèque de séquençage est construite.Toutes les régions ouvertes de la chromatine peuvent être obtenues dans des conditions spatio-temporelles spécifiques, non seulement limitées aux sites de liaison d'un facteur de transcription ou à une certaine région modifiée par une histone.
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Séquençage du bisulfite à représentation réduite (RRBS)
La recherche sur la méthylation de l’ADN a toujours été un sujet brûlant dans la recherche sur les maladies et est étroitement liée à l’expression des gènes et aux traits phénotypiques.RRBS est une méthode précise, efficace et économique pour la recherche sur la méthylation de l’ADN.L’enrichissement des régions du promoteur et des îlots CpG par clivage enzymatique (Msp I), combiné au séquençage au bisulfite, permet une détection de méthylation de l’ADN à haute résolution.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
