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Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS pleine longueur PacBio
La plateforme Amplicon (16S/18S/ITS) est développée avec des années d'expérience dans l'analyse de projets de diversité microbienne, qui contient une analyse de base standardisée et une analyse personnalisée : l'analyse de base couvre le contenu d'analyse principal de la recherche microbienne actuelle, le contenu de l'analyse est riche et complet, et les résultats de l'analyse sont présentés sous forme de rapports de projet ;Le contenu de l’analyse personnalisée est diversifié.Les échantillons peuvent être sélectionnés et les paramètres peuvent être définis de manière flexible en fonction du rapport d'analyse de base et de l'objectif de recherche, pour répondre à des exigences personnalisées.Système d'exploitation Windows, simple et rapide.
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PacBio-Transcriptome complet (non-référence)
En prenant comme entrée les données de séquençage des isoformes de Pacific Biosciences (PacBio), cette application est capable d'identifier des séquences de transcription complètes (sans assemblage).En cartographiant des séquences complètes par rapport au génome de référence, les transcrits peuvent être optimisés par des gènes, des transcrits, des régions codantes connus, etc. Dans ce cas, une identification plus précise des structures d'ARNm, telles qu'un épissage alternatif, etc., peut être obtenue.L'analyse conjointe avec les données de séquençage du transcriptome NGS permet une annotation plus complète et une quantification plus précise de l'expression au niveau de la transcription, ce qui profite largement à l'expression différentielle et à l'analyse fonctionnelle en aval.
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Boîtes à outils
BMKCloud est une plateforme bioinformatique de premier plan fournissant une solution unique pour les programmes génomiques, à laquelle font largement confiance les chercheurs dans divers domaines, notamment médical, agricole, environnemental, etc. BMKCloud s'engage à fournir des services intégrés, fiables et efficaces, notamment des plateformes et des outils d'analyse bioinformatique. , ressources informatiques, base de données publique, cours en ligne de bioinformatique, etc. BMKCloud dispose de divers outils bioinformatiques fréquemment utilisés, notamment l'annotation de gènes, les outils génétiques évolutifs, le ncRNA, le contrôle de la qualité des données, l'assemblage, l'alignement, l'extraction de données, les mutations, les statistiques, le générateur de figures, la séquence. analyse, etc.
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petit ARN
Les petits ARN sont des types d'ARN courts non codants d'une longueur moyenne de 18 à 30 nt, notamment les miARN, les siARN et les piARN.Il a été largement rapporté que ces petits ARN sont impliqués dans divers processus biologiques tels que la dégradation de l'ARNm, l'inhibition de la traduction, la formation d'hétérochromatine, etc. L'analyse du séquençage des petits ARN a été largement appliquée dans les études sur le développement animal/végétal, les maladies, les virus, etc. La plate-forme d'analyse de séquençage comprend une analyse standard et une exploration de données avancée.Sur la base des données de séquençage d'ARN, l'analyse standard peut permettre l'identification et la prédiction des miARN, la prédiction des gènes cibles des miARN, l'annotation et l'analyse de l'expression.L'analyse avancée permet une recherche et une extraction personnalisées de miARN, la génération de diagrammes de Venn et la création de réseaux de miARN et de gènes cibles.
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NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS est une plateforme d'analyse de re-séquençage du génome entier, développée sur la base d'une riche expérience dans les technologies de biomarqueurs.Cette plate-forme facile à utiliser permet la soumission rapide d'un flux de travail d'analyse intégré en définissant simplement quelques paramètres de base, adaptés aux données de séquençage d'ADN générées à la fois par la plate-forme Illumina et la plate-forme de séquençage BGI.Cette plateforme est déployée sur un serveur de calcul haute performance, ce qui permet une analyse de données très efficace dans un temps très limité.L'exploration de données personnalisée est disponible sur la base d'une analyse standard, y compris une requête de gènes mutés, la conception d'amorces PCR, etc.
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ARNm (référence)
Le transcriptome est le lien entre l'information génétique génomique et le protéome de la fonction biologique.La régulation au niveau transcriptionnel est le mode de régulation des organismes le plus important et le plus largement étudié.Le séquençage du transcriptome peut séquencer le transcriptome à tout moment ou dans n'importe quelle condition, avec une résolution précise à un seul nucléotide. Il peut refléter dynamiquement le niveau de transcription des gènes, identifier et quantifier simultanément les transcrits rares et normaux et fournir les informations structurelles de des exemples de transcriptions spécifiques.
À l'heure actuelle, la technologie de séquençage du transcriptome est largement utilisée en agronomie, en médecine et dans d'autres domaines de recherche, notamment la régulation du développement animal et végétal, l'adaptation environnementale, l'interaction immunitaire, la localisation des gènes, l'évolution génétique des espèces et la détection des tumeurs et des maladies génétiques.
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Métagénomique (NGS)
Cette plate-forme d'analyse est conçue pour l'analyse de données métagénomiques sur la base d'années d'expérience.Il consiste en un flux de travail intégré contenant diverses analyses métagénomiques couramment nécessaires, notamment le traitement des données, les études au niveau des espèces, les études au niveau des fonctions des gènes, le regroupement des métagénomes, etc. De plus, des outils d'exploration de données personnalisés sont disponibles sur le flux de travail d'analyse standard, y compris les requêtes sur les gènes et les espèces. , paramétrage, génération de figures personnalisées, etc.
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ARNlnc
Les ARN longs non codants (lncRNA) sont un type de transcrits d’une longueur supérieure à 200 nt, qui sont incapables de coder les protéines.Les preuves accumulées suggèrent que la plupart des ARNnc sont très probablement fonctionnels.Les technologies de séquençage à haut débit et les outils d’analyse bioinformatique nous permettent de révéler plus efficacement les séquences d’ARNlnc et les informations de positionnement et nous amènent à découvrir des ARNlnc dotés de fonctions de régulation cruciales.BMKCloud est fier de fournir à ses clients une plateforme d'analyse de séquençage d'ARNlnc pour réaliser une analyse d'ARNlnc rapide, fiable et flexible.
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GWAS
L'étude d'association pangénomique (GWAS) vise à identifier les variantes génétiques (génotype) associées à des traits spécifiques (phénotype).Les études GWA étudient les marqueurs génétiques du génome entier d'un grand nombre d'individus et prédisent les associations génotype-phénotype par analyse statistique au niveau de la population.Le reséquençage du génome entier peut potentiellement découvrir toutes les variantes génétiques.Couplé avec des données phénotypiques, GWAS peut être traité pour identifier les SNP, QTL et gènes candidats liés au phénotype, ce qui soutient fortement la sélection animale/végétale moderne.SLAF est une stratégie de séquençage simplifiée du génome auto-développée, qui découvre des marqueurs distribués à l'échelle du génome, SNP.Ces SNP, en tant que marqueurs génétiques moléculaires, peuvent être traités pour des études d'association avec des caractères ciblés.Il s’agit d’une stratégie rentable pour identifier les traits complexes associés aux variations génétiques.
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Transcriptomique complète Nanopore
Les isoformes alternatives complexes et variables dans les organismes sont des mécanismes génétiques importants pour réguler l'expression des gènes et la diversité des protéines.L'identification précise des structures de transcription constitue la base d'une étude approfondie des modèles de régulation de l'expression génique.La plateforme de séquençage des nanopores a réussi à amener l’étude transcriptomique au niveau des isoformes.Cette plateforme d'analyse est conçue pour analyser les données RNA-Seq générées sur la plateforme Nanopore sur la base du génome de référence, ce qui permet de réaliser des analyses qualitatives et quantitatives à la fois au niveau des gènes et au niveau des transcriptions.
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circ-ARN
L'ARN circulaire (circRNA) est un type d'ARN non codant, qui joue récemment un rôle essentiel dans les réseaux de régulation impliqués dans le développement, la résistance environnementale, etc. Distinct des molécules d'ARN linéaires, par exemple l'ARNm, l'ARNnc, 3 'et 5' les extrémités des circARN sont réunies pour former une structure circulaire, ce qui les évite de la digestion de l'exonucléase et est plus stable que la plupart des ARN linéaires.Il a été constaté que les CircRNA ont diverses fonctions dans la régulation de l’expression des gènes.CircRNA peut fonctionner comme ceRNA, qui se lie de manière compétitive aux miARN, connu sous le nom d’éponge à miARN.La plateforme d'analyse de séquençage CircRNA permet l'analyse de la structure et de l'expression des circRNA, la prédiction de cibles et l'analyse conjointe avec d'autres types de molécules d'ARN.
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BSA
La plate-forme d'analyse de ségrégation groupée comprend une analyse standard en une étape et une analyse avancée avec réglage de paramètres personnalisés.La BSA est une technique utilisée pour identifier rapidement les marqueurs génétiques associés au phénotype.Le flux de travail principal de BSA comprend : 1. la sélection de deux groupes d'individus présentant des phénotypes extrêmement opposés ;2. regrouper l'ADN, l'ARN ou le SLAF-seq (développé par Biomarker) de tous les individus pour former deux blocs d'ADN ;3. identifier des séquences différentielles par rapport au génome de référence ou entre les deux, 4. prédire les régions liées candidates par l'algorithme ED et SNP-index ;5. Analyse fonctionnelle et enrichissement des gènes dans les régions candidates, etc. Une extraction plus avancée des données, notamment le criblage de marqueurs génétiques et la conception d'amorces, est également disponible.
