Carte de chaleur
Le fichier de données matricielles est utilisé pour le dessin de cartes thermiques, qui peut filtrer, normaliser et regrouper les données matricielles.Il est principalement utilisé pour l’analyse groupée du niveau d’expression génique entre différents échantillons.
Annotation des gènes
L'annotation des fonctions génétiques est effectuée en mappant les séquences du fichier FASTA avec diverses bases de données.
Annotation des gènes
Outil de recherche d'alignement local de base
CDS_UTR_Prédiction
Cet outil est conçu pour prédire les régions codantes (CDS) et non codantes (UTR) dans des séquences de transcription données sur la base d'une analyse par rapport à une base de données de protéines connue et d'une prédiction ORF.
Intrigue de Manhattan
Le tracé Manhattan permet d'afficher des données avec un grand nombre de points de données.Il est couramment utilisé dans les études d’association pangénomique (GWAS).
Cirques
Le diagramme CIRCOS permet une présentation directe des distributions SNP, InDeL, SV, CNV sur le génome.
GO_Enrichissement
TopGO est un outil conçu pour l'enrichissement fonctionnel.Le package TopGO-Bioconductor comprend une analyse d’expression différentielle, une analyse d’enrichissement GO et une visualisation des résultats.Il générera un dossier avec une sortie nommée "Graph", qui contient les résultats pour topGO_BP, topGO_CC et topGO_MF.
WGCNA
WGCNA est une méthode d'exploration de données largement utilisée pour découvrir des modules de co-expression génique.Il s'applique à divers ensembles de données d'expression, notamment les données de puces à ADN et les données d'expression génique provenant du séquençage de nouvelle génération.
InterProScan
Analyse et classification des séquences protéiques InterPro
GO_KEGG_Enrichissement
Cet outil est conçu pour générer un histogramme d'enrichissement GO, un histogramme d'enrichissement KEGG et une voie d'enrichissement KEGG basés sur l'ensemble de gènes fourni et l'annotation correspondante.