Séquençage du génome entier de plantes/animaux
1.Avantages du service
Vaste expérience dans le séquençage du génome de plus de 1000 espèces.
Plus de 800 cas publiés avec un facteur d’impact cumulé de plus de 4 000.
Analyse bioinformatique complète sur l’appel des variations et l’analyse des fonctions.
2. Spécifications des services
| Plate-forme | Bibliothèque | Profondeur de séquence recommandée | |
| Illumine | PE150 | Pour SNP, InDel appelant ≥ 10x Pour SV, CNY appelant ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 Ko | Pour SV, CNY appelant ≥ 20x | |
| Pacbio | CSC | 15 Ko | Pour les appels SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Exemples d'exigences
| Plate-forme | Conc.(ng/μL)
| Montant (ng)
| Pureté
| Gel d'agarose
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Bande principale claire sans ou limitéedégradation observée sur gel. 2. Contamination nulle ou limitée par l’ARN ou les protéines
| ||||
| Illumine | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Dépend du rendement des données 10μg/cellule | 1.7-2.2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CSC | ≥50 | 1.7-2.2 | 1,8-2,5 | ||
4. Analyse des bioinformations
5. Flux de travail des services
Livraison d'échantillon
Extraction d'ADN
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Livraison des données
1) Statistiques de cartographie du génome
Tableau 1 Statistiques du résultat du mappage
Figure 1 Répartition de la taille de l'insert et de la couverture des lectures.
2) Détection variable
Figure 2 Statistiques et annotation de SNP/INDEL/SV parmi les échantillons
Figure 3 Répartition des vatiations à l’échelle du génome
3) Annotation fonctionnelle des variations
| 2019 | Communication nature | Le reséquençage du génome entier révèle l'origine de Brassica napus et les locus génétiques impliqués dans son amélioration |
| 2020 | PNAS | L'origine évolutive et l'histoire de la domestication du poisson rouge (Carassius auratus) |
| 2021 | Journal de biotechnologie végétale | Génomes de référence des deux espèces de jute cultivées |
| 2021 | Journal de biotechnologie végétale | Signatures génomiques de Brassicajuncea allopolyploïde végétale et oléagineuse et locus génétiques contrôlant l'accumulation de glucosinolates |
| 2019 | Plante moléculaire | Le reséquençage du génome entier d'une collection mondiale d'accessions de colza révèle les bases génétiques de leur divergence d'écotype |
| 2022 | Recherche horticole | L'analyse d'association à l'échelle du génome fournit des informations moléculaires sur la variation naturelle de la taille des graines de pastèque |
| 2021 | Journal de botanique expérimentale | Une étude d'association à l'échelle du génome identifie des variantes de GhSAD1 conférant une tolérance au froid au coton |
| 2021 | Journal de botanique expérimentale | Une étude d'association à l'échelle du génome et une comparaison du transcriptome révèlent de nouveaux gènes QTL et candidats qui contrôlent la taille des pétales du colza |
