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Nautilus est le seul céphalopode à coque externe survivant du Paléozoïque.Il est unique dans la généalogie des céphalopodes et essentiel à la compréhension des nouveautés évolutives des céphalopodes.Nous présentons ici une version complèteNautilus pompiliusgénome comme référence génomique fondamentale sur les innovations céphalopodes, telles que l'œil sténopé et la biominéralisation.Nautilus présente un génome compact et minimaliste avec peu de gènes codants et des taux d'évolution lents dans les régions non codantes et codantes parmi les céphalopodes connus.Il est important de noter que de multiples innovations génomiques, notamment la perte de gènes, la contraction indépendante et l’expansion de familles de gènes spécifiques et de leurs réseaux de régulation associés, ont probablement façonné l’évolution de l’œil sténopé du nautile.La boîte à outils conservée de biominéralisation des mollusques et les domaines répétitifs de faible complexité spécifiques à la lignée sont essentiels à la construction de la coquille du nautile.Le génome du nautile constitue une ressource précieuse pour reconstruire les scénarios évolutifs et les innovations génomiques qui façonnent les céphalopodes existants.