BMKCloud Log in
bannière-03

Nouvelles

ASSEMBLAGE DU GÉNOME T2T, GÉNOME SANS ÉCART

1stDeux génomes de riz1

Titre : L'assemblage et la validation de deux génomes de référence sans lacunes pour le riz Xian/indica révèlent des informations sur l'architecture des centromères végétaux

Est ce que je:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Heure de publication : 01 janvier 2021.

Institut : Université agricole de Huazhong, Chine

Matériaux

O. sativa xian/indicavariétés de riz 'Zhenshan 97 (ZS97)' et 'Minghui 63 (MH63)

Stratégie de séquençage

Lectures NGS + lectures HiFi + lectures CLR + BioNano + Hi-C

Données:

ZS97 : 8,34 Go (~ 23x) lectures HiFi + 48,39 Go (~ 131x) lectures CLR + 25 Go (~ 69x) NGS + 2 cellules BioNano Irys

MH63 : 37,88 Go (~103x) lectures HiFi + 48,97 Go (~132x) lectures CLR + 28 Go (~76x) NGS + 2 cellules BioNano Irys

Figure 1

Figure 1 Deux génomes de riz sans lacunes (MH63 et ZS97)

2ndGénome de la banane2

Titre : Chromosomes sans interruption télomère à télomère de banane par séquençage de nanopores

Est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Heure de publication : 17 avril 2021.

Institut : Université Paris-Saclay, France

Matériaux

Double haploïdeMusa acuminéesppmalaccensis(DH-Pahang)

Stratégie de séquençage et données :

Mode HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93 Go, ~ 200X )+ Carte optique (DLE-1+BspQ1)

Tableau 1 Comparaison des assemblages génomiques de Musa acuminata (DH-Pahang)

Tableau 1-Comparaison-des-assemblages-de-génome-humain-GRCh38-et-T2T-CHM13
Figure-Musa-génomes-architecture-comparaison

Figure 2 Comparaison de l'architecture des génomes de Musa

3rdGénome de Phaeodactylum tricornutum3

Titre : Assemblage du génome télomère à télomère deP
haeodactylum tricornutum

Est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Heure de publication : 04 mai 2021

Institut : Université Western, Canada

Matériaux

Phaeodactylum tricornutum(Collection de cultures d'algues et de protozoaires CCAP 1055/1)

Stratégie de séquençage et données :

1 Flow Cell Oxford Nanopore minION + une analyse NextSeq 550 à sortie moyenne à extrémités appariées 2 × 75

Figure-Workflow-pour-telomere-to-telomere-genome-assembly-1-1024x740

Figure 3 Flux de travail pour l’assemblage du génome télomère à télomère

4thGénome CHM13 humain4

Titre : La séquence complète d'un génome humain

Est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Heure de publication : 27 mai 2021

Institut : National Institutes of Health (NIH), États-Unis

Matériels : lignée cellulaire CHM13

Stratégie de séquençage et données :

30 × séquençage consensus circulaire PacBio (HiFi), 120 × séquençage à lecture ultra longue Oxford Nanopore, 100 × séquençage Illumina PCR-Free (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), cartes optiques BioNano, et Strand-seq

Tableau 2 Comparaison des assemblages de génome humain GRCh38 et T2T-CHM13

Tableau de comparaison des assemblages du génome de Musa-acuminata-DH-Pahang

Référence

1.Sergey Nurk et al.La séquence complète d'un génome humain.bioRxiv 2021.05.26.445798 ;est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser et al.Chromosomes sans interruption télomère à télomère de banane utilisant le séquençage de nanopores.bioRxiv 2021.04.16.440017 ;est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguère et coll.Assemblage du génome télomère à télomère de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596 ;est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.Jia-Ming Song et coll.L'assemblage et la validation de deux génomes de référence sans lacunes pour le riz Xian/indica révèlent un aperçu de l'architecture des centromères végétaux.bioRxiv 2020.12.24.424073 ;est ce que je:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Heure de publication : 06 janvier 2022

Envoyez-nous votre message :