ASSEMBLAGE DU GÉNOME T2T, GÉNOME SANS ÉCART
1stDeux génomes de riz1
Titre : L'assemblage et la validation de deux génomes de référence sans lacunes pour le riz Xian/indica révèlent des informations sur l'architecture des centromères végétaux
Est ce que je:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Heure de publication : 01 janvier 2021.
Institut : Université agricole de Huazhong, Chine
Matériaux
O. sativa xian/indicavariétés de riz 'Zhenshan 97 (ZS97)' et 'Minghui 63 (MH63)
Stratégie de séquençage
Lectures NGS + lectures HiFi + lectures CLR + BioNano + Hi-C
Données:
ZS97 : 8,34 Go (~ 23x) lectures HiFi + 48,39 Go (~ 131x) lectures CLR + 25 Go (~ 69x) NGS + 2 cellules BioNano Irys
MH63 : 37,88 Go (~103x) lectures HiFi + 48,97 Go (~132x) lectures CLR + 28 Go (~76x) NGS + 2 cellules BioNano Irys
Figure 1 Deux génomes de riz sans lacunes (MH63 et ZS97)
2ndGénome de la banane2
Titre : Chromosomes sans interruption télomère à télomère de banane par séquençage de nanopores
Est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Heure de publication : 17 avril 2021.
Institut : Université Paris-Saclay, France
Matériaux
Double haploïdeMusa acuminéesppmalaccensis(DH-Pahang)
Stratégie de séquençage et données :
Mode HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93 Go, ~ 200X )+ Carte optique (DLE-1+BspQ1)
Tableau 1 Comparaison des assemblages génomiques de Musa acuminata (DH-Pahang)
Figure 2 Comparaison de l'architecture des génomes de Musa
3rdGénome de Phaeodactylum tricornutum3
Titre : Assemblage du génome télomère à télomère deP
haeodactylum tricornutum
Est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Heure de publication : 04 mai 2021
Institut : Université Western, Canada
Matériaux
Phaeodactylum tricornutum(Collection de cultures d'algues et de protozoaires CCAP 1055/1)
Stratégie de séquençage et données :
1 Flow Cell Oxford Nanopore minION + une analyse NextSeq 550 à sortie moyenne à extrémités appariées 2 × 75
Figure 3 Flux de travail pour l’assemblage du génome télomère à télomère
4thGénome CHM13 humain4
Titre : La séquence complète d'un génome humain
Est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Heure de publication : 27 mai 2021
Institut : National Institutes of Health (NIH), États-Unis
Matériels : lignée cellulaire CHM13
Stratégie de séquençage et données :
30 × séquençage consensus circulaire PacBio (HiFi), 120 × séquençage à lecture ultra longue Oxford Nanopore, 100 × séquençage Illumina PCR-Free (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), cartes optiques BioNano, et Strand-seq
Tableau 2 Comparaison des assemblages de génome humain GRCh38 et T2T-CHM13
Référence
1.Sergey Nurk et al.La séquence complète d'un génome humain.bioRxiv 2021.05.26.445798 ;est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Chromosomes sans interruption télomère à télomère de banane utilisant le séquençage de nanopores.bioRxiv 2021.04.16.440017 ;est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguère et coll.Assemblage du génome télomère à télomère de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596 ;est ce que je:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et coll.L'assemblage et la validation de deux génomes de référence sans lacunes pour le riz Xian/indica révèlent un aperçu de l'architecture des centromères végétaux.bioRxiv 2020.12.24.424073 ;est ce que je:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Heure de publication : 06 janvier 2022