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L’amplification des éléments transposables (TE) a été reconnue comme une force motrice dans l’expansion et l’évolution de la taille du génome, mais les conséquences sur la formation de l’architecture génomique 3D restent largement inconnues chez les plantes.Nous rapportons ici des assemblages génomiques de qualité de référence pour trois espèces de coton dont la taille du génome est trois fois supérieure, à savoirGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), etG. raimondii(D5), en utilisant les technologies Oxford Nanopore.Les analyses comparatives du génome documentent les détails de l'amplification TE spécifique à la lignée contribuant aux grandes différences de taille du génome (K2, 2, 44 Go; A2, 1, 62 Go; D5, 750, 19 Mo) et indiquent un contenu génétique relativement conservé et des relations de synthèse entre les génomes.Nous avons constaté qu'environ 17 % des gènes synténiques présentent un changement de statut de la chromatine entre les compartiments actifs (« A ») et inactifs (« B »), et que l'amplification de TE était associée à l'augmentation de la proportion de compartiment A dans les régions génétiques (~ 7 000 gènes). ) en K2 et A2 par rapport à D5.Seules 42 % des limites des domaines d’association topologique (TAD) ont été conservées entre les trois génomes.Nos données impliquent une amplification récente des TE suite à la formation de limites TAD spécifiques à la lignée.Cette étude met en lumière le rôle de l’expansion du génome médiée par les transposons dans l’évolution de la structure de la chromatine d’ordre supérieur chez les plantes.