Le génotypage à haut débit, en particulier sur une population à grande échelle, est une étape fondamentale dans les études d'association génétique, qui fournit une base génétique pour la découverte de gènes fonctionnels, l'analyse évolutive, etc. Au lieu d'un re-séquençage en profondeur du génome entier, un séquençage à représentation réduite du génome (RRGS ) est introduit pour minimiser le coût de séquençage par échantillon, tout en maintenant une efficacité raisonnable dans la découverte de marqueurs génétiques.Ceci est généralement réalisé en extrayant un fragment de restriction dans une plage de tailles donnée, appelée bibliothèque de représentation réduite (RRL).Le séquençage de fragments amplifiés à locus spécifiques (SLAF-Seq) est une stratégie auto-développée pour la découverte de novo de SNP et le génotypage de SNP de grandes populations.
Flux de travail technique
SLAF vs méthodes RRL existantes
Avantages de SLAF
Efficacité accrue de la découverte de marqueurs génétiques– Combiné à la technologie de séquençage à haut débit, SLAF-Seq pourrait permettre de découvrir des centaines de milliers de tags dans le génome entier afin de répondre à la demande de divers projets de recherche, avec ou sans génome de référence.
Conception expérimentale personnalisée et flexible– Pour différents objectifs de recherche ou espèces, différentes stratégies de digestion enzymatique sont disponibles, notamment la digestion mono-enzymatique, double enzymatique et multi-enzyme.La stratégie de digestion sera pré-évaluée in silico pour assurer une conception enzymatique optimale.
Haute efficacité dans la digestion enzymatique– La digestion enzymatique préconçue fournit des SLAF plus uniformément répartis sur les chromosomes.L'efficacité de la collecte des fragments peut atteindre plus de 95 %.
Évitez les séquences répétitives– Le pourcentage de séquences répétitives dans les données SLAF-Seq est réduit à moins de 5 %, en particulier chez les espèces à haut niveau d'éléments répétitifs, telles que le blé, le maïs, etc.
Flux de travail bioinformatique auto-développé– BMK a développé un flux de travail bioinformatique intégré applicable à la technologie SLAF-Seq pour garantir la fiabilité et la précision du résultat final.
Application de SLAF
Carte de liaison génétique
Construction de cartes génétiques à haute densité et identification de loci contrôlant les traits de type floral du chrysanthème (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Journal : Recherche en horticulture Publié : 2020.7
GWAS
Identification d'un gène candidat associé à la teneur en isofavone dans les graines de soja à l'aide d'une association et d'une cartographie de liaison à l'échelle du génome
Journal : The Plant Journal Publié : 2020.08
Génétique évolutive
L'analyse génomique de la population et l'assemblage de novo révèlent l'origine du riz adventice en tant que jeu évolutif
Journal : Plante moléculaire Publié : 2019.5
Analyse ségrégante globale (BSA)
GmST1, qui code pour une sulfotransférase, confère une résistance aux souches G2 et G3 du virus de la mosaïque du soja
Journal : Plante, Cellule et Environnement Publié : 2021.04
Référence
Sun X, Liu D, Zhang X et al.SLAF-Seq : une méthode efficace de découverte et de génotypage de SNP de novo à grande échelle utilisant le séquençage à haut débit[J].Plos un, 2013, 8(3):e58700
Chanson X, Xu Y, Gao K et al.Construction de cartes génétiques à haute densité et identification de locus contrôlant les traits de type floral du chrysanthème (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortique Rés.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X et al.Identification d'un gène candidat associé à la teneur en isoflavones dans les graines de soja à l'aide d'une association et d'une cartographie de liaison à l'échelle du génome.Usine J. 2020 ;104(4) : 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L et al.L'analyse génomique des populations et l'assemblage De Novo révèlent l'origine du riz weedy en tant que jeu évolutif.Plante Mol.2019;12(5):632-647.Plante Mol.2018 ;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z et al.GmST1, qui code pour une sulfotransférase, confère une résistance aux souches G2 et G3 du virus de la mosaïque du soja.Environnement des cellules végétales.2021;10.1111/pce.14066
Heure de publication : 04 janvier 2022