Séquençage métagénomique-Nanopore
Avantages des services
● Assemblage de haute qualité améliorant la précision de l'identification des espèces et de la prédiction des gènes fonctionnels
● Isolement fermé du génome bactérien
● Application plus puissante et plus fiable dans divers domaines, par exemple la détection de micro-organismes pathogènes ou de gènes liés à la résistance aux antibiotiques
● Analyse comparative du métagénome
Spécifications des services
| Plate-forme | Séquençage | Données recommandées | Délai d'exécution |
| Nanopore | ONTARIO | 6G/10G | 65 jours ouvrables |
Analyses bioinformatiques
● Contrôle qualité des données brutes
● Assemblage du métagénome
● Ensemble de gènes non redondants et annotation
● Analyse de la diversité des espèces
● Analyse de la diversité des fonctions génétiques
● Analyse inter-groupes
● Analyse d'association avec des facteurs expérimentaux
Exigences et livraison des échantillons
Exigences en matière d'échantillons et livraison
Exigences de l'échantillon :
PourExtraits d'ADN:
| Échantillon type | Montant | Concentration | Pureté |
| Extraits d'ADN | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | DO260/280 = 1,6-2,5 |
Pour les échantillons environnementaux :
| Échantillon type | Procédure d'échantillonnage recommandée |
| Sol | Quantité d'échantillonnage : env.5g;La substance flétrie restante doit être retirée de la surface ;Broyer les gros morceaux et passer au filtre de 2 mm ;Échantillons aliquotes dans un tube EP ou un cyrotube stérile pour réservation. |
| Excréments | Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter les échantillons dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation. |
| Contenu intestinal | Les échantillons doivent être traités dans des conditions aseptiques.Laver les tissus collectés avec du PBS ;Centrifuger le PBS et recueillir le précipitant dans des tubes EP. |
| Boue | Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter l'échantillon de boue dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation |
| Plan d'eau | Pour les échantillons contenant une quantité limitée de microbes, tels que l'eau du robinet, l'eau de puits, etc., collecter au moins 1 L d'eau et passer à travers un filtre de 0,22 μm pour enrichir les microbes sur la membrane.Conservez la membrane dans un tube stérile. |
| Peau | Grattez soigneusement la surface de la peau avec un coton-tige stérile ou une lame chirurgicale et placez-la dans un tube stérile. |
Livraison d’échantillon recommandée
Congelez les échantillons dans de l'azote liquide pendant 3 à 4 heures et conservez-les dans de l'azote liquide ou à -80 degrés pour une réservation à long terme.L’envoi d’un échantillon avec de la glace carbonique est requis.
Flux de travail des services
Livraison d'échantillon
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Services après-vente
1.Heatmap : regroupement de la richesse des espèces
2. Gènes fonctionnels annotés aux voies métaboliques KEGG
3.Réseau de corrélation d’espèces
4.Circos des gènes de résistance aux antibiotiques CARD
Affaire BMK
La métagénomique des nanopores permet un diagnostic clinique rapide des infections bactériennes des voies respiratoires inférieures
Publié :Biotechnologie naturelle, 2019
Points forts techniques
Séquençage : Nanopore MinION
Bioinformatique métagénomique clinique : déplétion de l'ADN de l'hôte, analyse WIMP et ARMA
Détection rapide : 6 heures
Haute sensibilité : 96,6 %
Résultats clés
En 2006, les infections des voies respiratoires inférieures (LR) ont causé la mort de 3 millions de personnes dans le monde.La méthode typique de détection des agents pathogènes LR1 est la culture, qui présente une faible sensibilité, un long délai d'exécution et un manque de conseils en matière d'antibiothérapie précoce.Un diagnostic microbien rapide et précis constitue depuis longtemps un besoin urgent.Le Dr Justin de l’Université d’East Anglia et ses partenaires ont développé avec succès une méthode métagénomique basée sur les nanopores pour la détection des agents pathogènes.Selon leur flux de travail, 99,99 % de l’ADN de l’hôte peut être épuisé.La détection des agents pathogènes et des gènes résistants aux antibiotiques peut être terminée en 6 heures.
Référence
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. et O'Grady, J. .(2019).La métagénomique des nanopores permet un diagnostic clinique rapide des infections bactériennes des voies respiratoires inférieures.Biotechnologie naturelle, 37(7), 1.
