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Séquençage métagénomique (NGS)
Le métagénome fait référence à une collection de matériel génétique total d'une communauté mixte d'organismes, tels que le métagénome environnemental, le métagénome humain, etc. Il contient des génomes de micro-organismes cultivables et non cultivables.Le séquençage métagénomique est un outil moléculaire utilisé pour analyser les matériaux génomiques mixtes extraits d'échantillons environnementaux, qui fournit des informations détaillées sur la diversité et l'abondance des espèces, la structure de la population, la relation phylogénétique, les gènes fonctionnels et le réseau de corrélation avec les facteurs environnementaux.
Plateforme:Illumina NovaSeq6000
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Séquençage métagénomique-Nanopore
La métagénomique est un outil moléculaire utilisé pour analyser les matériaux génomiques mixtes extraits d'échantillons environnementaux, qui fournit des informations détaillées sur la diversité et l'abondance des espèces, la structure de la population, la relation phylogénétique, les gènes fonctionnels et le réseau de corrélation avec les facteurs environnementaux, etc. Les plateformes de séquençage Nanopore ont récemment introduit aux études métagénomiques.Ses performances exceptionnelles en longueur de lecture ont largement amélioré l'analyse métagénomique en aval, en particulier l'assemblage du métagénome.Tirant parti de la longueur de lecture, l'étude métagénomique basée sur Nanopore est capable d'obtenir un assemblage plus continu par rapport à la métagénomique du fusil de chasse.Il a été publié que la métagénomique basée sur les nanopores a généré avec succès des génomes bactériens complets et fermés à partir de microbiomes (Moss, EL, et. al,Biotechnologie naturelle, 2020)
Plateforme:Nanopore PromethION P48
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Séquençage d'Amplicons 16S/18S/ITS - PacBio
La sous-unité sur les ARNr 16S et 18S contenant à la fois des régions hautement conservées et hyper-variables est une empreinte moléculaire parfaite pour l'identification des organismes procaryotes et eucaryotes.Tirant parti du séquençage, ces amplicons peuvent être ciblés en fonction des parties conservées et les régions hyper-variables peuvent être entièrement caractérisées pour l'identification microbienne contribuant aux études couvrant l'analyse de la diversité microbienne, la taxonomie, la phylogénie, etc. ) Le séquençage de la plate-forme PacBio permet d'obtenir des lectures longues très précises, pouvant couvrir des amplicons de pleine longueur (environ 1,5 Ko).La vue élargie du domaine génétique a grandement amélioré la résolution de l'annotation des espèces dans la communauté des bactéries ou des champignons.
Plateforme:PacBio Suite II
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Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS-NGS
Le séquençage des amplicons 16S/18S/ITS vise à révéler la phylogénie, la taxonomie et l'abondance des espèces dans une communauté microbienne en étudiant les produits PCR de marqueurs génétiques domestiques qui contiennent à la fois des parties hautement conversées et hypervariables.L'introduction de ces empreintes moléculaires parfaites par Woeses et al, (1977) permet un profilage du microbiome sans isolement.Le séquençage du 16S (bactéries), du 18S (champignons) et de l'espaceur transcrit interne (ITS, champignons) permet d'identifier aussi bien les espèces abondantes que les espèces rares et non identifiées.Cette technologie est devenue un outil largement appliqué et majeur pour identifier la composition microbienne différentielle dans divers environnements, tels que la bouche humaine, les intestins, les matières fécales, etc.
Plateforme:Illumina NovaSeq6000
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Re-séquençage du génome entier bactérien et fongique
Le reséquençage du génome entier bactérien et fongique est un outil essentiel pour compléter les génomes de bactéries et de champignons connus, ainsi que pour comparer plusieurs génomes ou pour cartographier les génomes de nouveaux organismes.Il est très important de séquencer des génomes entiers de bactéries et de champignons afin de générer des génomes de référence précis, de procéder à une identification microbienne et à d'autres études comparatives du génome.
Plate-forme : Illumina NovaSeq 6000
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Génome fongique
Les technologies de biomarqueurs fournissent une étude du génome, un génome fin et un génome péné-complet de champignons en fonction de l'objectif de recherche spécifique.Le séquençage, l'assemblage et l'annotation fonctionnelle du génome peuvent être réalisés en combinant le séquençage de nouvelle génération + le séquençage de troisième génération pour obtenir un assemblage de haut niveau du génome.La technologie Hi-C peut également être utilisée pour faciliter l'assemblage du génome au niveau des chromosomes.
Plateforme:PacBio Suite II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
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Génome complet des bactéries
Biomarker Technologies fournit un service de séquençage sur la construction d'un génome complet de bactéries sans écart.Le flux de travail principal de la construction du génome complet des bactéries comprend le séquençage de troisième génération, l'assemblage, l'annotation fonctionnelle et l'analyse bioinformatique avancée répondant à des objectifs de recherche spécifiques.Un profilage plus complet du génome des bactéries permet de révéler les mécanismes fondamentaux sous-jacents à leurs processus biologiques, ce qui pourrait également fournir une référence précieuse pour les recherches génomiques sur les espèces eucaryotes supérieures
Plateforme:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Suite II
