Une caractéristique horticole importante qui distingue les oranges navel des autres variétés communes d’oranges douces est la présence d’un nombril sur le fruit.Cette caractéristique constitue également un critère important pour la classification des variétés horticoles d’orange douce.
Les clients de BMKGENE ont utilisé la technologie de séquençage SLAF développée par BMKGENE pour mener une étude intitulée «Gènes miniers liés à la qualité des fruits dans les oranges douces sur la base du séquençage de fragments amplifiés par un locus spécifique."
L’étude impliquait le séquençage de 240 ressources génétiques d’orange douce présentant une grande diversité génétique et des origines géographiques différentes, ce qui a donné lieu à 497,82 Mo de données à lecture courte.L'analyse des données a donné 1 467 968 génotypes SNP sur l'ensemble du génome.En utilisant l'analyse Fst, l'étude a identifié 6 gènes candidats liés à la présence d'un nombril, au poids du fruit et à l'acidité titrable, fournissant une base pour une amélioration ciblée des variétés d'oranges douces.
Pour le séquençage de population à grande échelle, le séquençage de fragments amplifiés à locus spécifiques (SLAF) est plus rentable et plus efficace que le séquençage du génome entier (WGS).
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Heure de publication : 05 décembre 2023