Plongez dans le potentiel de l'étude d'une variété sauvage d'espèces de recherche, illustré par un cas crucial des clients de BMKGENE.Récemment publié dans l'édition de cette année du Plant Biotechnology Journal, l'article intitulé « Chromosome-level Wild Hevea brasiliensis Genome: Empowering Genomic-Assisted Breeding and Unearthing Vital Loci for Elevated Rubber Yield » constitue une référence précieuse.
L’hévéa brésilien (Hevea brasiliensis) constitue une source essentielle de caoutchouc naturel.Tout au long du siècle dernier, les méthodes traditionnelles de sélection ont permis de multiplier par six la production de caoutchouc.Pourtant, le fondement génétique sous-jacent responsable de l’amélioration potentielle du rendement du caoutchouc reste énigmatique.
Cette étude a entrepris la construction d'un génome au niveau des chromosomes pour l'hévéa sauvage, en utilisant une synergie de séquençage à lecture longue Nanopore, de séquençage Illumina NGS et de technologie Hi-C.
En parallèle, un trésor de 147 ressources de matériel génétique, englobant des variations à haut rendement, des souches sauvages et des espèces apparentées, a été rassemblé pour un reséquençage complet du génome entier (WGS) à l'aide de la plateforme Illumina.Les données de séquençage qui ont suivi ont fait l’objet d’une analyse génétique rigoureuse des populations, permettant la dissection de la structure, de la diversité et du déséquilibre des liaisons de la population.Cette analyse a mis en lumière les variations de domestication selon les populations.
D'autres investigations ont porté sur l'analyse de Fst, π, D de Tajima et LD, visant à dévoiler des signaux de sélection résultant d'un rendement amélioré en latex, en se concentrant notamment sur les clones de Wickham.
Finalement, une analyse d'association pangénomique (GWAS) a permis d'identifier des marqueurs liés aux caractères de rendement et, par la suite, aux gènes liés au rendement.La validation initiale a dévoilé des activités transcriptionnelles distinctes chez différents mutants pour deux gènes ERF, fournissant ainsi un aperçu préliminaire de leur signification fonctionnelle.Une corroboration plus approfondie est prévue dans le cadre de recherches à venir.
BMKGENE est fier de contribuer au reséquençage complet du génome entier de cette population importante, ainsi que de jouer un rôle substantiel dans l'analyse bioinformatique.Notre vaste expérience englobe le séquençage NGS/TGS et l’analyse bioinformatique multiomique d’un éventail de plus de 1 000 espèces.Nous attendons avec impatience la perspective de collaborer avec vous sur vos projets à venir.
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Heure de publication : 29 août 2023