Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS-PacBio
Avantages des services
● Lectures longues révélant une séquence complète de 16S/18S/ITS
● Appel de base très précis avec séquençage en mode PacBio CCS
● Résolution au niveau de l'espèce dans l'annotation OTU/ASV
● Dernier flux d'analyse QIIME2 avec diverses analyses en termes de base de données, annotation, OTU/ASV.
● Applicable à diverses études de communautés microbiennes
● BMK possède une vaste expérience avec plus de 100 000 échantillons/an couvrant le sol, l'eau, le gaz, les boues, les matières fécales, les intestins, la peau, le bouillon de fermentation, les insectes, les plantes, etc.
● BMKCloud a facilité l'interprétation des données contenant 45 outils d'analyse personnalisés
Spécifications des services
| SéquençagePlate-forme | Bibliothèque | Données recommandées | Délai d'exécution |
| PacBio Suite II | Cloche SMRT | Mots-clés 5K/10K/20K | 44 jours ouvrables |
Analyses bioinformatiques
● Contrôle qualité des données brutes
● Clustering OTU/Débruitage (ASV)
● Annotation OTU
● Diversité alpha
● Diversité bêta
● Analyse inter-groupes
● Analyse d'association avec des facteurs expérimentaux
● Prédiction des gènes de fonction
Exigences et livraison des échantillons
Exigences de l'échantillon :
PourExtraits d'ADN:
| Échantillon type | Montant | Concentration | Pureté |
| Extraits d'ADN | ＞ 1 μg | > 20 ng/μl | DO260/280 = 1,6-2,5 |
Pour les échantillons environnementaux :
| Échantillon type | Procédure d'échantillonnage recommandée |
| Sol | Quantité d'échantillonnage : env.5g;La substance flétrie restante doit être retirée de la surface ;Broyer les gros morceaux et passer au filtre de 2 mm ;Échantillons aliquotes dans un tube EP ou un cyrotube stérile pour réservation. |
| Excréments | Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter les échantillons dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation. |
| Contenu intestinal | Les échantillons doivent être traités dans des conditions aseptiques.Laver les tissus collectés avec du PBS ;Centrifuger le PBS et recueillir le précipitant dans des tubes EP. |
| Boue | Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter l'échantillon de boue dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation |
| Plan d'eau | Pour les échantillons contenant une quantité limitée de microbes, tels que l'eau du robinet, l'eau de puits, etc., collecter au moins 1 L d'eau et passer à travers un filtre de 0,22 μm pour enrichir les microbes sur la membrane.Conservez la membrane dans un tube stérile. |
| Peau | Grattez soigneusement la surface de la peau avec un coton-tige stérile ou une lame chirurgicale et placez-la dans un tube stérile. |
Livraison d’échantillon recommandée
Congelez les échantillons dans de l'azote liquide pendant 3 à 4 heures et conservez-les dans de l'azote liquide ou à -80 degrés pour une réservation à long terme.L’envoi d’un échantillon avec de la glace carbonique est requis.
Flux de travail des services
Livraison d'échantillon
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Services après-vente
1.Taux d'annotation du profilage de la communauté microbienne basé sur V3+V4 (Illumina) par rapport au profilage complet (PacBio).
(Les données de 30 projets choisis au hasard ont été appliquées à des fins statistiques)
2.Taux d'annotation du séquençage d'amplicons complets au niveau de l'espèce dans différents types d'échantillons
3. Répartition des espèces
4.Arbre phylogénétique
Affaire BMK
L'exposition à l'arsenic induit des lésions de la barrière intestinale et, par conséquent, une activation de l'axe intestin-foie conduisant à une inflammation et une pyroptose du foie chez le canard.
Publié :Science de l'Environnement Total,2021
Stratégie de séquençage :
Échantillons : témoin par rapport au groupe exposé à 8 mg/kg d'ATO
Rendement des données de séquençage : 102 583 séquences CCS brutes au total
Contrôle : 54 518 ± 747 CCS effectifs
Exposé à l'ATO : 45 050 ± 1 675 CCS effectifs
Résultats clés
Diversité alpha :L'exposition à l'ATO a considérablement modifié la richesse et la diversité microbiennes intestinales chez les canards.
Analyse des métastats :
Au niveau du phylum : 2 phylums bactériens détectés uniquement dans les groupes témoins
Au niveau du genre : 6 genres ont été trouvés significativement différents en abondance relative
Au niveau des espèces : 36 espèces ont été identifiées au total, dont 6 d'entre elles sont significativement différentes en termes d'abondance revivive.
Référence
Thingholm, LB et al.«Les personnes obèses avec et sans diabète de type 2 présentent des capacités fonctionnelles et une composition microbiennes intestinales différentes.»Hôte cellulaire et microbe26.2 (2019).
