Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS-NGS
Avantages des services
● Identification rapide et sans isolement de la composition microbienne dans les échantillons environnementaux
● Haute résolution dans les composants peu abondants dans les échantillons environnementaux
● Dernier flux d'analyse QIIME2 avec diverses analyses en termes de base de données, annotation, OTU/ASV.
● Haut débit et précision supérieure
● Applicable à diverses études de communautés microbiennes
● BMK possède une vaste expérience avec plus de 100 000 échantillons/an couvrant le sol, l'eau, le gaz, les boues, les matières fécales, les intestins, la peau, le bouillon de fermentation, les insectes, les plantes, etc.
● BMKCloud a facilité l'interprétation des données contenant 45 outils d'analyse personnalisés
Spécifications des services
| SéquençagePlate-forme | Bibliothèque | Rendement de données recommandé | Délai d'exécution estimé |
| Plateforme Illumina NovaSeq | PE250 | 50 000/100 000/300 000 Mots-clés | 30 jours |
Analyses bioinformatiques
● Contrôle qualité des données brutes
● Clustering OTU/Débruitage (ASV)
● Annotation OTU
● Diversité alpha
● Diversité bêta
● Analyse inter-groupes
● Analyse d'association avec des facteurs expérimentaux
● Prédiction des gènes de fonction
Exigences et livraison des échantillons
Exigences de l'échantillon :
PourExtraits d'ADN:
| Échantillon type | Montant | Concentration | Pureté |
| Extraits d'ADN | > 30ng | ＞ 1 ng/μl | DO260/280 = 1,6-2,5 |
Pour les échantillons environnementaux :
| Échantillon type | Procédure d'échantillonnage recommandée |
| Sol | Quantité d'échantillonnage : env.5g;La substance flétrie restante doit être retirée de la surface ;Broyer les gros morceaux et passer au filtre de 2 mm ;Échantillons aliquotes dans un tube EP ou un cyrotube stérile pour réservation. |
| Excréments | Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter les échantillons dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation. |
| Contenu intestinal | Les échantillons doivent être traités dans des conditions aseptiques.Laver les tissus collectés avec du PBS ;Centrifuger le PBS et recueillir le précipitant dans des tubes EP. |
| Boue | Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter l'échantillon de boue dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation |
| Plan d'eau | Pour les échantillons contenant une quantité limitée de microbes, tels que l'eau du robinet, l'eau de puits, etc., collecter au moins 1 L d'eau et passer à travers un filtre de 0,22 μm pour enrichir les microbes sur la membrane.Conservez la membrane dans un tube stérile. |
| Peau | Grattez soigneusement la surface de la peau avec un coton-tige stérile ou une lame chirurgicale et placez-la dans un tube stérile. |
Livraison d’échantillon recommandée
Congelez les échantillons dans de l'azote liquide pendant 3 à 4 heures et conservez-les dans de l'azote liquide ou à -80 degrés pour une réservation à long terme.L’envoi d’un échantillon avec de la glace carbonique est requis.
Flux de travail des services
Livraison d'échantillon
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Services après-vente
1.Répartition des espèces
2.Carte thermique : regroupement de la richesse en espèces
3. Courbe de faction rare
4.Analyse NMDS
5.Analyse Lefse
Affaire BMK
Les personnes obèses avec et sans diabète de type 2 présentent une capacité fonctionnelle et une composition microbienne intestinale différentes
Publié :Hôte cellulaire et microbe, 2019
Stratégie de séquençage :
Maigre non diabétique (n = 633) ;Obèse non diabétique (n = 494) ;Diabète obèse de type 2 (n = 153) ;
Région cible : ADNr 16S V1-V2
Plateforme : Illumina Miseq (séquençage d'amplicons basé sur NGS)
Un sous-ensemble d'extraits d'ADN a été soumis à un séquençage métagénomique sur Illumina Hiseq
Résultats clés
Les profils microbiens de ces maladies métaboliques ont été différenciés avec succès.
En comparant les caractéristiques microbiennes générées par le séquençage 16S, l'obésité s'est avérée associée à des changements dans la composition microbienne et des caractéristiques individuelles, notamment une diminution significative d'Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etc. De plus, le DT2 a été associé à une augmentation d'Escherichia/shigella. .
Référence
Thingholm, LB et al.«Les personnes obèses avec et sans diabète de type 2 présentent des capacités fonctionnelles et une composition microbiennes intestinales différentes.»Hôte cellulaire et microbe26.2 (2019).
