Koko transkription sekvensointi – Illumina
ominaisuudet
● Kaksoiskirjasto täydellisen transkription sekvensoimiseksi: rRNA:n tyhjennys, jota seuraa PE150-kirjaston valmistus ja koon valinta, jota seuraa SE50-kirjaston valmistelu
● mRNA:n, lncRNA:n, circRNA:n ja miRNA:n täydellinen bioinformatiikka-analyysi erillisissä bioinformatiikkaraporteissa
● Kaiken RNA:n ilmentymisen yhteinen analyysi yhdistetyssä raportissa, mukaan lukien ceRNA-verkkojen analyysi.
Palvelun edut
●Sääntelyverkostojen syvällinen analyysi: ceRNA-verkkoanalyysin mahdollistavat mRNA:n, lncRNA:n, circRNA:n ja miRNA:n yhteissekvensointi ja kattava bioinformaattinen työnkulku.
●Kattava huomautus: käytämme useita tietokantoja merkitsemään toiminnallisesti differentiaalisesti ekspressoituja geenejä (DEG) ja suorittamaan vastaavan rikastusanalyysin, joka tarjoaa näkemyksiä transkriptivasteen taustalla olevista solu- ja molekyyliprosesseista.
●Laaja asiantuntemus: Tiimimme on onnistuneesti päättänyt yli 2000 kokonaista transkriptioprojektia eri tutkimusaloilla, joten tiimimme tuo runsaasti kokemusta jokaiseen projektiin.
●Tiukka laadunvalvonta: toteutamme ydinohjauspisteitä kaikissa vaiheissa näytteen ja kirjaston valmistelusta sekvensointiin ja bioinformatiikkaan.Tämä huolellinen seuranta varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimituksen.
● Kattava huomautus: käytämme useita tietokantoja merkitsemään toiminnallisesti differentiaalisesti ekspressoituja geenejä (DEG) ja suorittamaan vastaavan rikastusanalyysin, joka tarjoaa näkemyksiä transkriptivasteen taustalla olevista solu- ja molekyyliprosesseista.
●Myynnin jälkeinen tuki: Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen lisäksi 3 kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon.Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja Q&A-istuntoja vastataksemme kaikkiin tuloksiin liittyviin kyselyihin.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Tietoja suositellaan | Laadunvalvonta |
| rRNA tyhjennetty | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85 % |
| Koko valittu | Illumina SE50 | 10-20M lukemia |
Esimerkkivaatimukset:
Nukleotidit:
| Konsentraatio (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelissä näkyy rajoitettu proteiini- tai DNA-kontaminaatio tai ei ollenkaan. | Kasvit: RIN≥6,5 Eläin: RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; rajallinen tai ei ollenkaan perustason nousua |
Suositeltu näytetoimitus
Säiliö:
2 ml sentrifugiputki (tinafoliota ei suositella)
Näytemerkintä: Ryhmä+kopio esim. A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNA-stabiilit putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA:n stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja toimittaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Kokeilusuunnittelu
Näytteen toimitus
RNA:n uuttaminen
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformatiikka
RNA-ilmentymisen yleiskatsaus
Erilaisesti ilmentyvät geenit
ceRNA-analyysi
Erilaisesti ilmennetyt miRNA:t ja niihin liittyvät RNA:t
Tutustu BMKGenen koko transkriptiosekvenssipalveluiden edistämään tutkimuksen edistykseen kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Dai, Y. et ai.(2022) "MRNA:iden, lncRNA:iden ja miRNA:iden kattavat ilmentymisprofiilit RNA-sekvensoinnilla tunnistetussa Kashin-Beckin taudissa", Molecular Omics, 18(2), s. 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et ai.(2022) "Täyspitkä transkriptomianalyysi Apis ceranan kylmänkestävyydestä Changbai-vuorella talvehtimisen aikana.", Gene, 830, s. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et ai.(2022) "Multi-Omics Integration-Based Priorisation of Competing Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates", Frontiers in Oncology, 12, s.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et ai.(2022) "LncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-ilmentymisprofiilien integroitu analyysi paljastaa uusia näkemyksiä mahdollisista mekanismeista vasteena maapähkinän juurisolmusukkulamadoille", BMC Genomics, 23(1), s. 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et ai.(2022) "Koko transkription RNA-sekvensointi korostaa molekyylimekanismeja, jotka liittyvät sadonkorjuun jälkeisen laadun ylläpitämiseen parsakaalissa punaisella LED-säteilytyksellä", Postharvest Biology and Technology, 188, s.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
