Lämpökarttalaatikkoa käytetään lämpökartan piirtämiseen, jolla voidaan suodattaa, normalisoida ja klusterimatriisidataa. Sitä käytetään enimmäkseen geeniekspressiotason klusterianalyysiin eri näytteiden välillä.
Biologisten toimintojen liittäminen sekvensseihin FASTA-tiedostossa kohdistamalla sekvenssit tietokantaan, mukaan lukien NR, KEGG, COG, SwissProt, TrEMBL, KOG, Pfam.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) on algoritmi ja ohjelma, joka etsii alueita, joilla on samanlaiset biologiset sekvenssit.Se vertaa näitä sekvenssejä sekvenssitietokantoihin ja laskee tilastollisen merkitsevyyden.BLAST koostuu neljästä työkalutyypistä sekvenssityypin mukaan: blastn, lastp, blastx ja tblastn.