Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Palvelun tiedot
Tekninen kaavio
Työnkulku
Palvelun edut
Korkea markkerien etsintätehokkuus- Korkean suorituskyvyn sekvensointitekniikka auttaa SLAF-Seqiä löytämään satoja tuhansia tunnisteita koko genomista.
Alhainen riippuvuus genomista- Sitä voidaan soveltaa lajeihin joko referenssigenomilla tai ilman sitä.
Joustava kaavasuunnittelu- Yksi entsyymi, kaksoisentsyymi, monen entsyymin pilkkominen ja erityyppiset entsyymit, kaikki voidaan valita palvelemaan eri tutkimuskohteita tai -lajeja.Ennakkoarviointia in silico käytetään optimaalisen entsyymisuunnittelun varmistamiseksi.
Tehokas entsymaattinen ruoansulatus- Esikoe suoritettiin olosuhteiden optimoimiseksi, mikä tekee muodollisesta kokeesta vakaan ja luotettavan.Fragmenttien keräystehokkuus voi saavuttaa yli 95 %.
Tasaisesti jakautuneet SLAF-tunnisteet- SLAF-tunnisteet ovat jakautuneet tasaisesti kaikkiin kromosomeihin suurimmassa määrin, jolloin saavutetaan keskimäärin 1 SLAF per 4 kb.
Toistojen tehokas välttäminen- Toistuva sekvenssi SLAF-Seq-tiedoissa on vähennetty alle 5 prosenttiin, erityisesti lajeissa, joissa on paljon toistoa, kuten vehnässä, maississa jne.
Kattava kokemus-Yli 2000 suljettua SLAF-Seq-projektia, joka koskee satoja lajeja, kuten kasveja, nisäkkäitä, lintuja, hyönteisiä, vesieliöitä jne.
Itse kehitetty bioinformaattinen työnkulku- BMKGENE on kehittänyt integroidun bioinformaattisen työnkulun SLAF-Seqille varmistaakseen lopputuloksen luotettavuuden ja tarkkuuden.
Palvelun tiedot
| Alusta | Konsentraatio (ng/gl) | Kaikki yhteensä (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Nide>15μl) | 1,6-2,5 |
Suositeltu sekvensointistrategia
Sekvensointisyvyys: 10X/Tag
| Genomin koko | Suositellut SLAF-tunnisteet |
| < 500 Mb | 100K tai WGS |
| 500 Mb - 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb - 2 Gb | 200 K |
| Jättiläiset tai monimutkaiset genomit | 300-400K |
| Sovellukset
| Suositeltava Väestöasteikko
| Sekvensointistrategia ja syvyys
| |
| Syvyys
| Tunniste
| ||
| GWAS
| Näytenumero ≥ 200
| 10X
|
Mukaan genomin koko
|
| Geneettinen evoluutio
| Jokaisen yksilöitä alaryhmä ≥ 10; näytteitä yhteensä ≥ 30
| 10X
| |
Suositeltu näytetoimitus
Säiliö: 2 ml sentrifugiputki
Useimpien näytteiden osalta suosittelemme, ettei niitä säilytetä etanolissa.
Näytteen merkintä: Näytteiden on oltava selkeästi merkittyjä ja identtisiä näytetietolomakkeen kanssa.
Toimitus: Kuivajää: Näytteet on pakattava ensin pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
Palvelun työnkulku
Näyte QC
Pilottikoe
SLAF-kokeilu
Kirjaston valmistelu
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
1. Karttatuloksen tilastot
2. SLAF-merkkien kehitys
3. Muutosmerkintä
| vuosi | Journal | IF | Otsikko | Sovellukset |
| 2022 | Luontoviestintä | 17,694 | Puun pionin giga-kromosomien ja giga-genomin genominen perusta Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Uusi fytologi | 7.433 | Kesytysjalanjäljet ankkuroivat agronomisesti tärkeitä genomialueita soijapavut | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Genominlaajuiset Gossypium barbadensen keinotekoiset introgressiot G. hirsutum -bakteeriin paljastaa ylivertaisia lokuksia puuvillakuitujen laadun ja tuoton parantamiseksi samanaikaisesti ominaisuuksia | SLAF-Evoluutiogenetiikka |
| 2019 | Molekyyli kasvi | 10.81 | Populaatiogenominen analyysi ja De Novo -kokous paljastavat Weedyn alkuperän Riisi evoluutionaarisena pelinä | SLAF-Evoluutiogenetiikka |
| 2019 | Luonnon genetiikka | 31.616 | Karpin, Cyprinus carpion, genomisekvenssi ja geneettinen monimuotoisuus | SLAF-Linkage kartta |
| 2014 | Luonnon genetiikka | 25.455 | Viljellyn maapähkinän genomi tarjoaa käsityksen palkokasvien karyotyypeistä, polyploidista evoluutio ja viljelykasvien kesyttäminen. | SLAF-Linkage kartta |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | ST1:n tunnistaminen paljastaa valinnan, joka sisältää siemenen morfologian liftaamisen ja öljypitoisuus soijapapujen kesytyksen aikana | SLAF-Markerin kehitys |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Tunnistaminen ja DNA-merkkien kehittäminen Wheat-Leymus mollis 2Ns:lle (2D) Disominen kromosomisubstituutio | SLAF-Markerin kehitys |
