Tuotteet

Prokaryoottisen RNA:n sekvensointi

Prokaryoottisen RNA-sekvensoinnin esittelykuva

Prokaryoottinen RNA-sekvensointi käyttää seuraavan sukupolven sekvensointia (NGS) paljastamaan RNA:n läsnäolo ja määrä tietyllä hetkellä analysoimalla muuttuvaa solutranskriptomia.Yrityksemme prokaryoottinen RNA-sekvensointi tähtää erityisesti prokaryooteihin, joilla on referenssigenomeja, tarjoten sinulle transkriptioprofilointia, geenirakenneanalyysiä jne. Sitä on käytetty laajasti perustieteen tutkimuksessa, lääketutkimuksessa ja -kehityksessä jne.

Alusta: Illumina NovaSeq Platform

Ota meihin yhteyttä

Palvelun tiedot

Alusta: Illumina NovaSeq -alusta, PE150

Kirjaston tyyppi: 350 bp:n lisättävä cDNA-kirjasto (riippuu piikin jakautumisesta)

Sekvensointistrategia: Paired-End 150 bp

Suositeltu datamäärä: 2 Gt raakadataa/näyte

Bioinformatiikka

(1) Sekvensointitietojen laadunvalvonta: Nukleotidien jakauma, Peruslaatujakauma, rRNA-suhteen arviointi;

(2) Sekvenssin kohdistusanalyysi: Kohdistustulostilastot, sekvensoinnin kylläisyys, sekvensoinnin kattavuus;

(3) Viitegenomiannotaatio (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Ekspressioanalyysi: Ekspression jakautuminen (kahdella tai useammalla näytteellä), ilmentymisen analyysi näytteiden välillä (Venn-analyysi, korrelaatioanalyysi, PCA-analyysi);

(5) Differentiaalinen ilmentymisanalyysi (kahdella tai useammalla näytteellä);

(6) Geenijoukon analyysi: Venn-analyysi, klusterianalyysi, funktion annotaatioanalyysi (COG, GO, KEGG), funktion rikastusanalyysi (GO, KEGG), funktion rikastuskäyräkäyrä, Ipath-analyysi;

(7) sRNA-analyysi: sRNA-ennuste, sRNA-annotaatio (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA:n sekundaarirakenteen ennuste, sRNA-kohdegeenin ennuste;

(8) Transkriptiorakenneanalyysi: operonianalyysi, transkription alku- ja loppukohtien ennustaminen, UTR-annotaatio ja analyysi, promoottorisekvenssin ennuste, SNP/InDel-analyysi (SNP/InDel-annotaatio, SNP/InDel-aluejakauma, SNP-tilastot).