-
Kromatiini-immunosaostussekvensointi (ChIP-seq)
ChIP-Seq tarjoaa genominlaajuisen DNA-kohteiden profiloinnin histonien modifikaatioille, transkriptiotekijöille ja muille DNA:han liittyville proteiineille.Siinä yhdistyvät kromatiini-immunosaostuksen (ChIP) selektiivisyys spesifisten proteiini-DNA-kompleksien talteenottamiseksi sekä seuraavan sukupolven sekvensoinnin (NGS) teho talteen otetun DNA:n korkean suorituskyvyn sekvensointiin.Lisäksi, koska proteiini-DNA-kompleksit otetaan talteen elävistä soluista, sitoutumiskohtia voidaan verrata eri solutyypeissä ja kudoksissa tai erilaisissa olosuhteissa.Sovellukset vaihtelevat transkription säätelystä kehityspolkuihin sairausmekanismeihin ja sen ulkopuolelle.
Alusta: Illumina NovaSeq Platform
-
Metagenominen sekvensointi -NGS
Metagenomi viittaa kokoelmaan organismien sekayhteisön kokonaisgeneettistä materiaalia, kuten ympäristön metagenomi, ihmisen metagenomi jne. Se sisältää sekä viljeltävien että viljelemättömien mikro-organismien genomeja.Metagenominen sekvensointi on molekyylityökalu, jolla analysoidaan ympäristönäytteistä erotettuja sekagenomiaineita ja joka tarjoaa yksityiskohtaista tietoa lajien monimuotoisuudesta ja runsaudesta, populaatiorakenteesta, fylogeneettisestä suhteesta, toiminnallisista geeneistä ja korrelaatioverkostosta ympäristötekijöiden kanssa.
Alusta:Illumina NovaSeq -alusta
-
Metagenominen sekvensointi-nanopore
Metagenomics on molekyylityökalu, jota käytetään analysoimaan ympäristönäytteistä erotettuja sekagenomisia materiaaleja ja joka tarjoaa yksityiskohtaista tietoa lajien monimuotoisuudesta ja runsaudesta, populaatiorakenteesta, fylogeneettisestä suhteesta, toiminnallisista geeneistä ja korrelaatioverkostosta ympäristötekijöiden kanssa jne. Nanopore-sekvensointialustoja on äskettäin otettu käyttöön. metagenomisiin tutkimuksiin.Sen erinomainen suorituskyky lukupituuden suhteen paransi suuresti alavirran metagenomista analyysiä, erityisesti metagenomikokoonpanoa.Lukupituutta hyödyntäen Nanopore-pohjainen metagenominen tutkimus pystyy saavuttamaan jatkuvamman kokoonpanon haulikkometagenomiikkaan verrattuna.On julkaistu, että Nanopore-pohjainen metagenomiikka synnytti onnistuneesti täydellisiä ja suljettuja bakteerigenomeja mikrobiomeista (Moss, EL, et al,Nature Biotech, 2020)
Alusta:Nanopore PromethION P48
-
Koko genomin bisulfiittisekvensointi
DNA:n metylaatiolla viidennessä paikassa sytosiinissa (5-mC) on perustavanlaatuinen vaikutus geenien ilmentymiseen ja solujen aktiivisuuteen.Epänormaalit metylaatiomallit on liitetty useisiin tiloihin ja sairauksiin, kuten syöpään.WGBS:stä on tullut kultastandardi genominlaajuisen metylaation tutkimisessa yhden emäksen resoluutiolla.
Alusta: Illumina NovaSeq Platform
-
Transposaasin käytettävissä olevan kromatiinin määritys korkean suorituskyvyn sekvensoinnilla (ATAC-seq)
ATAC-seq on korkean suorituskyvyn sekvensointimenetelmä genominlaajuisen kromatiinin saavutettavuuden analysointiin, mikä on tärkeää geeniekspression globaalille epigeneettiselle säätelylle.Sekvensointiadapterit työnnetään avoimille kromatiinialueille hyperaktiivisella Tn5-transposaasilla.PCR-monistuksen jälkeen rakennetaan sekvensointikirjasto.Kaikki avoimet kromatiinialueet voidaan saada tietyissä tila-aika-olosuhteissa, ei ainoastaan rajoittuen transkriptiotekijän sitoutumiskohtiin tai tiettyyn histonimuunneltuun alueeseen.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S- ja 18S-rRNA:n alayksikkö, joka sisältää sekä erittäin konservoituneita että hypervaihtelevia alueita, on täydellinen molekyylisormenjälki prokaryoottisten ja eukaryoottisten organismien tunnistamiseen.Sekvensointia hyödyntäen nämä amplikonit voidaan kohdistaa konservoituneiden osien perusteella ja hypervariaabelit alueet voidaan karakterisoida täysin mikrobien tunnistamista varten, mikä edistää tutkimuksia, jotka kattavat mikrobien monimuotoisuusanalyysin, taksonomian, filogenian jne. Yhden molekyylin reaaliaikainen (SMRT) ) PacBio-alustan sekvensointi mahdollistaa erittäin tarkkojen pitkien lukujen saamisen, jotka voivat kattaa täysimittaiset amplikonit (n. 1,5 Kb).Laajempi näkemys geneettisestä kentästä paransi huomattavasti lajimerkintöjen erottelukykyä bakteeri- tai sieniyhteisössä.
Alusta:PacBio jatko-osa II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS-amplikonin sekvensoinnin tavoitteena on paljastaa fysiologia, taksonomia ja lajien runsaus mikrobiyhteisössä tutkimalla kodinhoitogeenimarkkerien PCR-tuotteita, jotka sisältävät sekä erittäin konversion että hypervariaabelin osia.Woeses et al (1977) ottamalla käyttöön nämä täydelliset molekyylisormenjäljet mahdollistavat eristämättömän mikrobiomiprofiloinnin.16S:n (bakteerit), 18S:n (sienet) ja sisäisen transkriptoidun spacerin (ITS, sienet) sekvensointi mahdollistaa sekä runsaiden lajien että harvinaisten ja tunnistamattomien lajien tunnistamisen.Tästä tekniikasta on tullut laajalti käytetty ja tärkeä työkalu erilaisten mikrobikoostumusten tunnistamisessa eri ympäristöissä, kuten ihmisen suussa, suolistossa, ulosteessa jne.
Alusta:Illumina NovaSeq -alusta
-
Bakteerien ja sienten koko genomin uudelleensekvensointi
Bakteerien ja sienten koko genomin uudelleensekvensointi on kriittinen työkalu tunnettujen bakteerien ja sienten genomien täydentämiseksi sekä useiden genomien vertailuun tai uusien organismien genomien kartoittamiseen.On erittäin tärkeää sekvensoida bakteerien ja sienten kokonaiset genomit tarkkojen referenssigenomien muodostamiseksi, mikrobien tunnistamisen ja muiden vertailevien genomitutkimusten tekemiseksi.
Alusta: Illumina NovaSeq -alusta
-
PacBio-täyspitkä 16S/18S/ITS-amplikonin sekvensointi
Amplicon (16S/18S/ITS) -alusta on kehitetty vuosien kokemuksella mikrobien monimuotoisuuden projektianalyysistä, joka sisältää standardoidun perusanalyysin ja personoidun analyysin: perusanalyysi kattaa nykyisen mikrobitutkimuksen valtavirran analyysisisällön, analyysisisältö on rikas ja kattava, ja analyysitulokset esitetään projektiraporttien muodossa;Henkilökohtaisen analyysin sisältö on monipuolinen.Näytteitä voidaan valita ja parametreja asettaa joustavasti perusanalyysiraportin ja tutkimustarkoituksen mukaan yksilöllisten vaatimusten toteuttamiseksi.Windows-käyttöjärjestelmä, yksinkertainen ja nopea.
-
PacBio-täyspitkä transkriptomi (ei-viittaus)
Kun Pacific Biosciences (PacBio) Isoform-sekvensointitiedot syötetään, tämä sovellus pystyy tunnistamaan täysipituiset transkriptiosekvenssit (ilman kokoonpanoa).Kartoittamalla täyspitkiä sekvenssejä vertailugenomia vastaan, transkriptit voidaan optimoida tunnetuilla geeneillä, transkripteillä, koodaavilla alueilla jne. Tässä tapauksessa voidaan saavuttaa tarkempi mRNA-rakenteiden tunnistaminen, kuten vaihtoehtoinen silmukointi jne.Yhteinen analyysi NGS-transkriptisekvenssitietojen kanssa mahdollistaa kattavamman annotoinnin ja tarkemman kvantifioinnin transkriptitasolla, mikä hyödyttää suuresti alavirran differentiaalista ilmentymistä ja toiminnallista analyysiä.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA-metylaatiotutkimus on aina ollut kuuma aihe sairaustutkimuksessa, ja se liittyy läheisesti geenien ilmentymiseen ja fenotyyppisiin piirteisiin.RRBS on tarkka, tehokas ja taloudellinen menetelmä DNA-metylaatiotutkimukseen.Promoottori- ja CpG-saarialueiden rikastaminen entsymaattisella katkaisulla (Msp I) yhdistettynä bisulfiittisekvensointiin tarjoaa korkearesoluutioisen DNA-metylaation havaitsemisen.
Alusta: Illumina NovaSeq Platform
-
Prokaryoottinen mRNA-sekvensointi
mRNA-sekvensointi mahdollistaa kaikkien solujen sisällä olevien mRNA-transkriptien kattavan profiloinnin tietyissä olosuhteissa.Tämä huipputeknologia toimii tehokkaana työkaluna, joka paljastaa monimutkaisia geeniekspressioprofiileja, geenirakenteita ja molekyylimekanismeja, jotka liittyvät erilaisiin biologisiin prosesseihin.Perustutkimuksessa, kliinisessä diagnostiikassa ja lääkekehityksessä laajalti käytetty mRNA-sekvensointi tarjoaa oivalluksia soludynamiikan ja geneettisen säätelyn monimutkaisuuteen.Prokaryoottinen mRNA-näytekäsittelymme on räätälöity prokaryoottisille transkriptomeille, sisältäen rRNA:n ehtymisen ja suunnatun kirjaston valmistelun.
Alusta: Illumina NovaSeq X
