Lämpökartta
Matriisidatatiedostoa käytetään lämpökartan piirtämiseen, jolla voidaan suodattaa, normalisoida ja klusteroida matriisidataa.Sitä käytetään enimmäkseen geeniekspressiotason klusterianalyysiin eri näytteiden välillä.
Gene Annotation
Geenifunktion annotaatio suoritetaan kartoittamalla FASTA-tiedostossa olevia sekvenssejä erilaisiin tietokantoihin.
Gene Annotation
Paikallisen kohdistuksen perushakutyökalu
CDS_UTR_Ennustus
Tämä työkalu on suunniteltu ennustamaan koodaavia alueita (CDS) ja ei-koodaavia alueita (UTR) tietyissä transkriptiosekvenssissä perustuen tunnettuun proteiinitietokantaan ja ORF-ennusteeseen.
Manhattanin juoni
Manhattanin diagrammi mahdollistaa tietojen näyttämisen suurella määrällä datapisteitä.Sitä käytetään yleisesti genominlaajuisissa assosiaatiotutkimuksissa (GWAS).
Circos
CIRCOS-kaavio mahdollistaa SNP-, InDeL-, SV-, CNV-jakaumien suoran esittämisen genomissa.
GO_Enrichment
TopGO on työkalu, joka on suunniteltu toiminnalliseen rikastutukseen.TopGO-Bioconductor-paketti sisältää differentiaaliekspressio-analyysin, GO-rikastusanalyysin ja tulosten visualisoinnin.Se luo kansion, jonka tulos on nimeltään "Graph", joka sisältää tulokset topGO_BP, topGO_CC ja topGO_MF.
WGCNA
WGCNA on laajalti käytetty tiedon louhintamenetelmä geenien koekspressiomoduulien löytämiseen.Se soveltuu erilaisiin ilmentymistietosarjoihin, mukaan lukien mikrosirudata ja seuraavan sukupolven sekvensoinnista peräisin oleva geeniekspressiotieto.
InterProScan
InterPro-proteiinisekvenssianalyysi ja luokittelu
GO_KEGG_Rikkaus
Tämä työkalu on suunniteltu luomaan GO-rikastushistogrammi, KEGG-rikastushistogrammi ja KEGG-rikastusreitti toimitetun geenisarjan ja vastaavan huomautuksen perusteella.