Kasvin/eläimen koko genomin sekvensointi
1. Palvelun edut
Laaja kokemus genomin sekvensoinnista yli 1000 lajille.
Yli 800 julkaistua tapausta, joiden kumulatiivinen vaikutuskerroin on yli 4000.
Kattava bioinformatiikan analyysi variaatiokutsusta ja funktioanalyysistä.
2. Palvelun tiedot
| Alusta | Kirjasto | Suositeltu sekvenssin syvyys | |
| Illumina | PE 150 | SNP:lle InDel soittaa ≥ 10x SV, CNY-puhelut ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | SV, CNY-puhelut ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | SNP-, InDel-, SV- ja CNY-puhelut ≥ 10x |
3. Esimerkkivaatimukset
| Alusta | Kons.(ng/μL)
| Määrä (ng)
| Puhtaus
| Agaroosi geeli
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Tyhjennä pääkaista ilman tai rajoitettuageelissä havaittu hajoaminen. 2. Ei RNA- tai proteiinikontaminaatiota tai se on rajoitettua
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Riippuu datan tuotosta 10 μg/solu | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Bioinformaatioanalyysi
5. Huollon työnkulku
Näytteen toimitus
DNA:n uuttaminen
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Tietojen toimitus
1) Genomikartoituksen tilastot
Taulukko 1 Kartoitustuloksen tilastot
Kuva 1 Insertin koon ja lukemien kattavuus.
2) Variate Detection
Kuva 2 SNP/INDEL/SV:n tilastot ja annotaatio näytteiden joukossa
Kuva 3 Vatiaatioiden genominlaajuinen jakautuminen
3) Muunnelmien toiminnallinen huomautus
| 2019 | Luontoviestintä | Koko genomin uudelleensekvensointi paljastaa Brassica napuksen alkuperän ja sen parantamiseen osallistuvat geneettiset lokukset |
| 2020 | PNAS | Kultakalan (Carassius auratus) evoluution alkuperä ja kesyttämishistoria |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Kahden viljellyn juuttilajin referenssigenomit |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Kasvi- ja öljysiementen allopolyploidin Brassicajuncean genomiset allekirjoitukset ja glukosinolaattien kertymistä säätelevät geneettiset lokukset |
| 2019 | Molekyyli kasvi | Maailmanlaajuisen rapsin kokoelman koko genomin uudelleensekvensointi paljastaa niiden ekotyyppierojen geneettisen perustan |
| 2022 | Puutarhatutkimus | Genominlaajuinen assosiaatioanalyysi tarjoaa molekyylien näkemyksiä vesimelonin siemenkoon luonnollisesta vaihtelusta |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Genominlaajuinen assosiaatiotutkimus tunnistaa GhSAD1:n variantteja, jotka antavat puuvillalle kylmänsietokyvyn |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Genominlaajuinen assosiaatiotutkimus ja transkriptiovertailu paljastavat uusia QTL- ja ehdokasgeenejä, jotka säätelevät terälehtien kokoa rapsissa |
