GENOMIEN EVOLUUTIO
Genomi de novo
Kokoonpano|Sukupuolen määritys Koko sekvensointityöt ja osittaiset bioinformaattiset palvelut suoritti Biomarker Techonologies.
Abstrakti
"Seadragonien ikoniseen fenotyyppiin kuuluvat lehtiä muistuttavat lisäkkeet, hampaaton putkimainen suu ja miehen raskaus, johon liittyy hedelmöittyneiden munasolujen hautominen avoimella "pesämäpaikalla".Sekvensoimme de novo -sekvensoimme uros- ja naarasgenomit tavallisista meripapereista (Phyllopteryx taeniolatus) ja sen lähisukulaislajeista, alligaattoripiippukalasta (Syngnathoides biaculeatus).Transkriptioprofiilit evoluution uutuudesta, lehtimäisistä lisäkkeistä, osoittavat, että joukko geenejä, jotka tyypillisesti osallistuvat evien kehitykseen, on otettu mukaan sekä rikastettu transkriptejä mahdollisia kudosten korjaus- ja immuunipuolustusgeenejä varten.Kaikista syngnatideista kadonneen scpp5:n seeprakalamutanteista havaittiin puuttuvan tai epämuodostuneet nielun hampaat, mikä tukee hypoteesia, että scpp5:n menetys on osaltaan vaikuttanut hampaiden menettämiseen syngnatideissa.Tunnistettiin oletettu sukupuolen määräävä lokus, joka koodaa urosspesifistä amhr2y-geeniä, jota jakavat tavallinen merirakon ja alligaattoripiippukala. ”
Materiaalit ja menetelmät:
Materiaalit
Fyhteinen lohikäärme (P. taeniolatus) ja kaksi alligaattoripiippukalaa (S. biaculatus) näytteitä.Koko genomin sekvensointiin käytettiin kahta tavallista aidragon-yksilöä (yksi uros ja yksi naaras) ja kahta alligaattoripiippukalaa (yksi uros ja yksi naaras) ja kahta muuta urospuolista tavallista aidragon-yksilöä käytettiin genomin uudelleensekvensointiin.
Genomin sekvensointistrategia
270/350 bp:n kirjasto (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) tai Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). sekvensointia ja kahta muuta urospuolista tavallista seadragon-yksiklöä käytettiin genomin uudelleensekvensointiin.
Transkription sekvensointi
Ftai tavallinen aidragon, aivot, silmät, kidukset, maksa, sydän, munuaiset, suoliliepe, suoli, lihas, evät, iho, lehtimäiset lisäkkeet, kivekset ja munasarjat.
Genome de novo -kokoonpanostrategia
Canu (korjaus) + WTDBG2 (kokoonpano) + Pilon (puolalainen) + Lachesis (Hi-C).
Tärkeimmät tulokset
Kuva 1. Harvinaisrakon (P. taeniolatus) ja alligaattoripiippukalan (S. biaculatus) tärkeimmät piirteet ja niiden fylogeneettiset asemat.
Kuva 2. Lehtimäisten lisukkeiden morfologia ja geneettinen rakenne tavallisessa sääskalossa (P. taeniolatus).
Kuva 3. Oletettu sukupuolenmäärittelygeeni tavallisissa meriravuissa (P. taeniolatus) ja alligaattoripiippukalassa (S. biaculatus).
Kuva 4. Nielun hampaiden fenotyypit seeprakalan scpp5 homotsygoottisissa mutanteissa.
Postitusaika: 08.01.2022