BMKCloud Log in
条形banneri-03

Uutiset

GWAS

Otsikko: Koko genomin uudelleensekvensointi paljastaa Brassica napuksen alkuperän ja geneettiset lokukset, jotka osallistuvat sen parantamiseen

Päiväkirja: Luontoviestintä

NGS |WGS |Sekvensoidaan uudelleen |GWAS |Transkriptio |RNAseq |Brassica napus |Evoluutio |Kesyttäminen

Tässä tutkimuksessa Biomarker Technologies tarjosi NGS-sekvensointipalveluita sekä teknistä tukea sekvensointitietojen bioinformatiikan analysointiin.

Tausta

Brassica napus(rypsi) on tärkeä öljykasvi ja erinomainen malli polyploidisten lajittelu-, evoluutio- ja valintaprosessien tutkimiseen.Vielä ei kuitenkaan tiedetä, olivatko luonnonvaraiset lajit tai kesyneet luovuttajat vanhempien esi- ja geenit, jotka vaikuttivat kesytykseen ja rapsin paranemiseen.

Materiaalit ja menetelmät

Materiaalit:588B. napusTähän tutkimukseen osallistui jäseniä, mukaan lukien 466 Aasiasta, 102 Euroopasta, 13 Pohjois-Amerikasta ja 7 Australiasta.Kasvutapatietojen perusteella nämä materiaalit jaettiin kolmeen ekotyyppiin;kevät (86 liittymistä), talvi (74 liittymistä) ja puolitalvi (428 liittymistä).

Jaksotus:Keskimäärin n.5× (vaihtelee 3,37× - 7,71×)
Sekvensointialusta:Illumina Hiseq 4000
Datan tuotanto:4,03 Tb puhdasta dataa

SNP-soitto:BWA + GATK.Saatiin 5 294 158 SNP:tä ja 1 307 151 InDeliä.

Tulokset

B. napuksen alkuperä

B. napusAligenomi kehittyi eurooppalaisen nauris esi-isästä.Geenivirtatapahtuma Euroopan naurisiltaB. napus Subgenomi tapahtui ~ 106–1170 vuotta sitten.B. napusC-subgenomi on saattanut kehittyä näiden sukujen yhteisestä esi-isästä.Esi-isäB. napuseronnut neljän B. oleracea -alalajin yhteisestä esi-isästä, johon on viime aikoina virtautunut geeniB. napus~108–898 vuotta sitten.B. napusC-aligenomilla on monimutkaisempi alkuperä kuin A-alagenomilla.Vahva pullonkaula kehittyi molemmissa kahdessa alagenomissa aikanaB. napusevoluutio.Talvi ja puolitalviB. napusekotyypit erosivat ~60 vuotta sitten, kun taas talvi ja kevätB. napuserosivat ~416 vuotta sitten, ja öljysiementen ja ei-öljysiementenB. napuserosi ~277 vuotta sitten.

16233928401-1-1024x651

Kuva 2 588 B. napus -liiton ja 199 B. rapa -liitoksen populaatiorakenne.

16233927951-1024x633

Kuva 3 588 B. napus -tartuntojen ja 119 B. oleracea -tartuntojen populaatiorakenne

Valintasignaalit ja genominlaajuiset assosiaatiotutkimukset.

Ensimmäisen parantamisvaiheen (FSI) aikana B. napuksen C-alagenomissa menetettiin enemmän geneettistä monimuotoisuutta kuin A-alagenomissa.FSI:n aikana tapahtui vähemmän geneettistä erilaistumista kuin parannusvaiheen (SSI) aikana.Geenit SSI-valinnan signaalialueilla rikastuivat stressinsietokyvyn, kehityksen ja aineenvaihduntareittien suhteen.Tunnistettiin 60 lokusta, jotka liittyivät merkitsevästi 10 kohdeominaisuuteen, joista 5 liittyi siementen satoon, 3 silikkipituuteen, 4 öljypitoisuuteen ja 48 siementen laatuun.

16233928231

Kuva 4 Genominlaajuinen skannaus ja valittujen alueiden merkinnät B. napuksen SSI:n aikana

Transkriptioanalyysi

RNAseq-tiedot 11 kudoksesta korkean öljypitoisuuden ja kaksinkertaisesti alhaisen lajikkeen ja alhaisen öljypitoisuuden ja kaksinkertaisesti korkean lajikkeen tunnistetuista geenistä, jotka liittyvät glukosinolaatin biosynteesiprosessiin, olivat merkittävästi yliedustettuina.

Kuva 4 - Genominlaajuinen-skannaus-ja-valittujen alueiden-merkinnät-B:n SSI:n aikana

Kuva 5 Yleiskatsaus kukinta-ajan säätelyyn B. napuksen ekotyyppiparannuksen valinnassa

Keskustelu

Tämä tutkimus tarjosi arvokkaan resurssin alkuperän ja parannushistorian ymmärtämiseenB. napusja helpottaa tärkeiden agronomisten monimutkaisten piirteiden geneettisten perusteiden erottamista.Suotuisiin variantteihin, valintasignaaleihin ja ehdokasgeeneihin liittyvät merkittävät SNP:t vaikuttavat suurelta osin tulevaisuudessa, erityisesti tämän viimeaikaisen allopolyploidisen sadon ja sen sukulaisten sadon, siementen laadun, öljypitoisuuden ja sopeutumiskyvyn parantamisessa.

Viite

Koko genomin uudelleensekvensointi paljastaa Brassica napuksen alkuperän ja sen parantamiseen osallistuvat geneettiset lokukset [J].Luontoviestintä, 2019, 10(1).

Uutisia ja kohokohtia Tavoitteena on jakaa uusimmat onnistuneet tapaukset Biomarker Technologiesin kanssa, vangita uusia tieteellisiä saavutuksia sekä tutkimuksen aikana käytettyjä merkittäviä tekniikoita.


Postitusaika: 05.01.2022

Lähetä viestisi meille: