T2T GENOME ASEMBLY, GAP FREE GENOME
1stKaksi riisin genomia1
Otsikko: Xian/indica-riisin kahden aukoton vertailugenomin kokoaminen ja validointi paljastaa näkemyksiä Plant Centromere -arkkitehtuurista
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Lähetysaika: 01.1.2021.
Instituutti: Huazhongin maatalousyliopisto, Kiina
Materiaalit
O. sativa xian/indicariisilajikkeet 'Zhenshan 97 (ZS97)' ja 'Minghui 63 (MH63)
Sekvensointistrategia
NGS lukee + HiFi lukee + CLR lukee + BioNano + Hi-C
Tiedot:
ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi-luku + 48,39 Gb (~131x) CLR-luku + 25 Gb (~69x) NGS + 2 BioNano Irys -kennoa
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi-luku + 48,97 Gb (~132x) CLR-luku + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys -kennoa
Kuva 1 Riisin kaksi aukotonta genomia (MH63 ja ZS97)
2ndBanaanin genomi2
Otsikko: Banaanin telomeerista telomeeriin aukottomat kromosomit nanohuokosekvensointia käyttäen
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Lähetysaika: 17.4.2021.
Instituutti: Université Paris-Saclay, Ranska
Materiaalit
KaksoishaploidiMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Sekvensointistrategia ja tiedot:
HiSeq2500 PE250 -tila + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X )+ optinen kartta (DLE-1+BspQ1)
Taulukko 1 Musa acuminatan (DH-Pahang) genomikokoonpanojen vertailu
Kuva 2 Musa genomien arkkitehtuurivertailu
3rdPhaeodactylum tricornutum genomi3
Otsikko: Telomeerista telomeeriin genomikokoonpanoP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Lähetysaika: 04.5.2021
Instituutti: Western University, Kanada
Materiaalit
Phaeodactylum tricornutum(Levien ja alkueläinten kulttuurikokoelma CCAP 1055/1)
Sekvensointistrategia ja tiedot:
1 Oxford Nanopore minION -virtauskenno + 2×75 parillisen pään keskiteho NextSeq 550 -ajo
Kuva 3 Työnkulku telomeerista telomeeriin genomikokoonpanolle
4thIhmisen CHM13 genomi4
Otsikko: Ihmisen genomin täydellinen sekvenssi
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Lähetysaika: 27.5.2021
Instituutti: National Institutes of Health (NIH), USA
Materiaalit: solulinja CHM13
Sekvensointistrategia ja tiedot:
30× PacBio ympyräkonsensussekvensointi (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-pitkä lukusekvenssi, 100× Illumina PCR-vapaa sekvensointi (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano, optinen kartta ja Strand-seq
Taulukko 2 Ihmisen GRCh38- ja T2T-CHM13-genomikokoonpanojen vertailu
Viite
1. Sergey Nurk et ai.Ihmisen genomin täydellinen sekvenssi.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Caroline Belser et ai.Banaanin telomeerista telomeeriin aukoton kromosomit nanohuokosekvensoinnin avulla.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. Daniel J. Giguere et ai.Phaeodactylum tricornutumin telomeerista telomeeriin genomikokoonpano.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et ai.Kahden aukkottoman vertailugenomin kokoaminen ja validointi Xian/indica-riisille paljastaa näkemyksiä Plant Centromere -arkkitehtuurista.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Postitusaika: 06.01.2022