BMKCloud Log in
条形banneri-03

Uutiset

T2T GENOME ASEMBLY, GAP FREE GENOME

1stKaksi riisin genomia1

Otsikko: Xian/indica-riisin kahden aukoton vertailugenomin kokoaminen ja validointi paljastaa näkemyksiä Plant Centromere -arkkitehtuurista

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Lähetysaika: 01.1.2021.

Instituutti: Huazhongin maatalousyliopisto, Kiina

Materiaalit

O. sativa xian/indicariisilajikkeet 'Zhenshan 97 (ZS97)' ja 'Minghui 63 (MH63)

Sekvensointistrategia

NGS lukee + HiFi lukee + CLR lukee + BioNano + Hi-C

Tiedot:

ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi-luku + 48,39 Gb (~131x) CLR-luku + 25 Gb (~69x) NGS + 2 BioNano Irys -kennoa

MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi-luku + 48,97 Gb (~132x) CLR-luku + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys -kennoa

Kuvio 1

Kuva 1 Riisin kaksi aukotonta genomia (MH63 ja ZS97)

2ndBanaanin genomi2

Otsikko: Banaanin telomeerista telomeeriin aukottomat kromosomit nanohuokosekvensointia käyttäen

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Lähetysaika: 17.4.2021.

Instituutti: Université Paris-Saclay, Ranska

Materiaalit

KaksoishaploidiMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)

Sekvensointistrategia ja tiedot:

HiSeq2500 PE250 -tila + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X )+ optinen kartta (DLE-1+BspQ1)

Taulukko 1 Musa acuminatan (DH-Pahang) genomikokoonpanojen vertailu

Taulukko 1 - GRCh38- ja T2T-CHM13-ihmisen genomikokoonpanojen vertailu
Kuva-Musa-genomit-arkkitehtuuri-vertailu

Kuva 2 Musa genomien arkkitehtuurivertailu

3rdPhaeodactylum tricornutum genomi3

Otsikko: Telomeerista telomeeriin genomikokoonpanoP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Lähetysaika: 04.5.2021

Instituutti: Western University, Kanada

Materiaalit

Phaeodactylum tricornutum(Levien ja alkueläinten kulttuurikokoelma CCAP 1055/1)

Sekvensointistrategia ja tiedot:

1 Oxford Nanopore minION -virtauskenno + 2×75 parillisen pään keskiteho NextSeq 550 -ajo

Figuuri-Työnkulku-telomeerista-telomeeriin-genomiin-kokoonpano-1-1024x740

Kuva 3 Työnkulku telomeerista telomeeriin genomikokoonpanolle

4thIhmisen CHM13 genomi4

Otsikko: Ihmisen genomin täydellinen sekvenssi

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Lähetysaika: 27.5.2021

Instituutti: National Institutes of Health (NIH), USA

Materiaalit: solulinja CHM13

Sekvensointistrategia ja tiedot:

30× PacBio ympyräkonsensussekvensointi (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-pitkä lukusekvenssi, 100× Illumina PCR-vapaa sekvensointi (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano, optinen kartta ja Strand-seq

Taulukko 2 Ihmisen GRCh38- ja T2T-CHM13-genomikokoonpanojen vertailu

Taulukko-Musa-acuminata-DH-Pahang-genomikokoonpanojen vertailu

Viite

1. Sergey Nurk et ai.Ihmisen genomin täydellinen sekvenssi.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2. Caroline Belser et ai.Banaanin telomeerista telomeeriin aukoton kromosomit nanohuokosekvensoinnin avulla.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3. Daniel J. Giguere et ai.Phaeodactylum tricornutumin telomeerista telomeeriin genomikokoonpano.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4. Jia-Ming Song et ai.Kahden aukkottoman vertailugenomin kokoaminen ja validointi Xian/indica-riisille paljastaa näkemyksiä Plant Centromere -arkkitehtuurista.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Postitusaika: 06.01.2022

Lähetä viestisi meille: