Korkean suorituskyvyn genotyypitys, erityisesti laajamittaisessa populaatiossa, on perustavanlaatuinen vaihe geneettisissä assosiaatiotutkimuksissa, mikä tarjoaa geneettisen perustan funktionaalisille geenien löytämiselle, evoluutioanalyysille jne. Syvän koko genomin uudelleensekvensoinnin sijaan genomin sekvensoinnin vähentäminen (RRGS) ).Tämä saavutetaan tavallisesti uuttamalla restriktiofragmentti tietyllä kokoalueella, jota kutsutaan nimellä redusoitu esityskirjasto (RRL).Spesifisen lokuksen monistetun fragmentin sekvensointi (SLAF-Seq) on itse kehitetty strategia de novo SNP:n löytämiseen ja suurten populaatioiden SNP-genotyypitykseen.
Tekninen työnkulku
SLAF vs olemassa olevat RRL-menetelmät
SLAF:n edut
Korkeampi geneettisten markkerien löytämisen tehokkuus– Yhdessä korkean suorituskyvyn sekvensointiteknologian kanssa SLAF-Seq voisi saavuttaa satoja tuhansia tunnisteita, jotka löydetään koko genomista erilaisten tutkimusprojektien pyyntöjen täyttämiseksi joko referenssigenomin kanssa tai ilman sitä.
Räätälöity ja joustava kokeellinen suunnittelu– Eri tutkimuskohteita tai -lajeja varten on saatavilla erilaisia entsymaattisia digestiostrategioita, mukaan lukien yhden entsyymin, kaksoisentsyymin ja usean entsyymin digestio.Ruoansulatusstrategia arvioidaan etukäteen in silico optimaalisen entsyymisuunnittelun varmistamiseksi.
Korkea tehokkuus entsymaattisessa ruuansulatuksessa– Ennalta suunniteltu entsymaattinen pilkkominen tarjoaa tasaisemmin jakautuneet SLAF:t kromosomiin.Fragmenttien keräystehokkuus voi saavuttaa yli 95%.
Vältä toistuvia jaksoja– Toistuvien sekvenssien prosenttiosuus SLAF-Seq-tiedoissa on laskenut alle 5 prosenttiin, erityisesti lajeissa, joissa on paljon toistuvia elementtejä, kuten vehnässä, maississa jne.
Itse kehitetty bioinformaattinen työnkulku– BMK kehitti integroidun bioinformaattisen työnkulun, joka soveltuu SLAF-Seq-teknologiaan varmistaakseen lopputuloksen luotettavuuden ja tarkkuuden.
SLAF:n sovellus
Geneettinen yhteys kartta
Suuren tiheyden geneettisen kartan rakentaminen ja kukkatyyppisiä ominaisuuksia säätelevien lokusten tunnistaminen krysanteemissa (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Lehti: Horticulture Research Julkaistu: 2020.7
GWAS
Soijapapujen siementen isofavonipitoisuuteen liittyvän ehdokasgeenin tunnistaminen genominlaajuisen assosiaatio- ja kytkentäkartoituksen avulla
Lehti: The Plant Journal Julkaistu: 2020.08
Evoluutiogenetiikka
Populaatiogenomianalyysi ja de novo -kokoonpano paljastavat rikkakasvien riisin alkuperän evoluutionaarisena pelinä
Lehti: Molecular Plant Julkaistu: 2019.5.2019
Bulked Segregant Analysis (BSA)
GmST1, joka koodaa sulfotransferaasia, antaa resistenssin soijapavun mosaiikkiviruskannoille G2 ja G3
Lehti: Plant, Cell&Environment Julkaistu: 2021.04.2021
Viite
Sun X, Liu D, Zhang X, et ai.SLAF-Seq: tehokas menetelmä suuren mittakaavan de novo SNP:n löytämiseen ja genotyypitykseen käyttämällä korkean suorituskyvyn sekvensointia[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et ai.Suuritiheyksinen geneettisen kartan rakentaminen ja kukkatyyppisiä piirteitä säätelevien lokusten tunnistaminen krysanteemissa (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et ai.Soijapapujen siementen isoflavonipitoisuuteen liittyvän ehdokasgeenin tunnistaminen genominlaajuisen assosiaatio- ja kytkentäkartoituksen avulla.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et ai.Populaatiogenominen analyysi ja De Novo Assembly paljastavat Weedy Ricen alkuperän evoluutionaarisena pelinä.Molin tehdas.2019;12(5):632-647.Molin tehdas.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et ai.GmST1, joka koodaa sulfotransferaasia, antaa resistenssin soijapavun mosaiikkiviruskannoille G2 ja G3.Kasvisoluympäristö.2021;10.1111/kpl.14066
Postitusaika: 04-04-2022