Transkriptomi on linkki genomisen geneettisen tiedon ja biologisen toiminnan proteomin välillä.Transkription tason säätely on tärkein ja laajimmin tutkittu organismien säätelytapa.Transkriptoimisekvensointi voi sekvensoida transkriptin milloin tahansa tai missä tahansa tilassa yhden nukleotidin tarkkuudella. Se voi dynaamisesti heijastaa geenin transkription tasoa, samanaikaisesti tunnistaa ja kvantifioida harvinaisia ja normaaleja transkriptejä ja tarjota rakenteellisia tietoja näyte erityisiä transkriptioita.
Tällä hetkellä transkriptoimisekvensointitekniikkaa on käytetty laajalti agronomiassa, lääketieteessä ja muilla tutkimusaloilla, mukaan lukien eläinten ja kasvien kehityksen säätely, ympäristöön sopeutuminen, immuunivuorovaikutus, geenien lokalisointi, lajien geneettinen evoluutio sekä kasvainten ja geneettisten sairauksien havaitseminen.