Metatranskripti-sekvensointi tunnistaa mikrobien (sekä eukaryoottien että prokaryoottien) geenin ilmentymisen luonnollisissa ympäristöissä (esim. maaperässä, vedessä, meressä, ulosteessa ja suolistossa). Tarkemmin sanottuna tämä palvelu mahdollistaa monimutkaisten mikrobiyhteisöjen kokonaisen geeniekspressioprofiloinnin, taksonomisen analyysin. lajien toiminnallinen rikastusanalyysi, eri tavalla ilmentyneiden geenien analyysi ja paljon muuta.