Tuotteet

Pitkä koodaamaton sekvensointi-Illumina

Pitkät ei-koodaavat RNA:t (lncRNA:t) ovat yli 200 nt:n pituisia RNA-molekyylejä, joille on ominaista erittäin alhainen koodauspotentiaali.LncRNA:ta, joka on avainjäsen ei-koodaavissa RNA:issa, löytyy pääasiassa ytimestä ja plasmasta.Sekvensointitekniikan ja bioinformtiikan kehitys mahdollistaa lukuisten uusien lncRNA:iden tunnistamisen ja niiden yhdistämisen biologisiin toimintoihin.Kertyvät todisteet viittaavat siihen, että lncRNA osallistuu laajalti epigeneettiseen säätelyyn, transkription säätelyyn ja transkription jälkeiseen säätelyyn.

Ota meihin yhteyttä

Palvelun tiedot

Bioinformatiikka

Demon tulokset

Tapaustutkimus

Palvelun edut

● Palvelun edut

● Solu- ja kudosspesifinen

● Tietty vaihe ilmaisee ja esittää dynaamisen lausekkeen muutoksen

● Tarkat aika- ja tilailmaisumallit

● Yhteinen analyysi mRNA-tietojen kanssa.

● BMKCloud-pohjainen tulostoimitus: Räätälöity tiedonlouhinta saatavilla alustalla.

● Jälkimyyntipalvelut voimassa 3 kuukautta projektin päätyttyä

Näytevaatimukset ja toimitus

Kirjasto	Alusta	Suositellut tiedot	Data QC
rRNA:n ehtyminen	Illumina PE150	10 Gb	Q30≥85 %

Konsentraatio (ng/μl)

Määrä (μg)

Puhtaus

Rehellisyys

≥ 100

≥ 0,5

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260/230 = 0,5-2,5

Geelissä näkyy rajoitettu proteiini- tai DNA-kontaminaatio tai ei ollenkaan.

Kasveille: RIN≥6,5;

Eläimet: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

rajallinen tai ei ollenkaan perustason nousua

Nukleotidit:

Kudos: Paino (kuiva): ≥1 g

*Alle 5 mg:n kudokselle suosittelemme pakastetun (nestemäisessä typessä) kudosnäytteen lähettämistä.

Solususpensio: Solumäärä = 3 x 10⁷
* Suosittelemme pakastetun solulysaatin lähettämistä.Jos solujen määrä on pienempi kuin 5 × 10⁵, suositellaan pikajäädytystä nestemäisessä typessä.

Verinäytteitä:
PA×geeniBloodRNATube;
6 ml TRIzolia ja 2 ml verta (TRIzol:Blood = 3:1)

Suositeltu näytetoimitus
Säiliö: 2 ml sentrifugiputki (tinafoliota ei suositella)
Näytemerkintä: Ryhmä+kopio esim. A1, A2, A3;B1, B2, B3.....

Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNA-stabiilit putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA:n stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja toimittaa huoneenlämmössä.

Palvelun työnkulku

Kokeilusuunnittelu

Näytteen toimitus

RNA:n uuttaminen

Kirjaston rakentaminen

Jaksotus

Tietojen analysointi

Myynnin jälkeiset palvelut

Edellinen: Pieni RNA-sekvensointi - Illumina

Seuraava: Ei-referenssipohjainen mRNA-sekvensointi-Illumina

Bioinformatiikka

1.LncRNA-luokitus

Neljän yllä olevan ohjelmiston ennustama LncRNA luokiteltiin 4 kategoriaan: lincRNA, antisense-LncRNA, intronic-LncRNA;sense-LncRNA.LncRNA-luokitus esitettiin alla olevassa histogrammissa.

LncRNA-luokitus

2. DE-lncRNA-rikastusanalyysin cis-kohdistetut geenit

ClusterProfileria käytettiin GO-rikastusanalyysissä differentiaalisesti ekspressoituneiden lncRNA:n (DE-lncRNA) cis-kohdennettujen geenien biologisten prosessien, molekyylitoimintojen ja solukomponenttien osalta.GO-rikastusanalyysi on prosessi, jolla tunnistetaan DEG-ohjatut merkittävästi rikastetut GO-termit verrattuna koko genomiin.Rikastetut termit esitettiin histogrammissa, kuplakaaviossa jne. alla esitetyllä tavalla.

Cis-kohdennettu-geenit-DE-lncRNA-rikastusanalyysi--kuplakaavio DE-lncRNA-rikastusanalyysin cis-kohdistetut geenit - Kuplakaavio

3. Vertaamalla mRNA:n ja lncRNA:n pituutta, eksonilukua, ORF:ää ja ilmentymismäärää voimme ymmärtää erot niiden välillä rakenteessa, sekvenssissä ja niin edelleen, ja myös varmistaa, vastaako ennustamamme uusi lncRNA yleisiä ominaisuuksia.

BMK kotelo

Desäännelty lncRNA-ekspressioprofiili hiiren keuhkojen adenokarsinoomissa, jossa on KRAS-G12D-mutaatio ja P53-poisto

Julkaistu:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019

Sekvensointistrategia

Illumina

Näytekokoelma

NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) -solut ja negatiiviset kontrollisolut (sh-Scr) saatiin spesifisen virusinfektion päivänä 6.

Tärkeimmät tulokset

Tämä tutkimus tutkii poikkeavasti ekspressoituneita lncRNA:ita hiiren keuhkojen adenokarsinoomassa, jossa on P53-poisto ja KrasG12D-mutaatio.
1,6424 lncRNA:ta ilmentyi eri tavalla (≥ 2-kertainen muutos, P < 0,05).
2. Kaikista 210 lncRNA:sta (FC≥8), 11 lncRNA:n ilmentymistä sääteli P53, 33 lncRNA:ta KRAS ja 13 lncRNA:ta hypoksia primaarisissa KP-soluissa, vastaavasti.
3.NONMMUT015812, jota säädeltiin huomattavasti enemmän hiiren keuhkojen adenokarsinoomassa ja jota säätelee negatiivisesti P53:n uudelleenilmentyminen, havaittiin sen solutoiminnan analysoimiseksi.
4. NONMMUT015812:n tuhoaminen shRNA:iden toimesta vähensi KP-solujen proliferaatiota ja migraatiokykyä.NONMMUT015812 oli mahdollinen onkogeeni.

PB-täyspitkä-RNA-sekvensointi-tapaustutkimus

NONMMUT015812-knockdown KP -soluissa differentiaalisesti ilmentyneiden geenien KEGG-reittianalyysi

NONMMUT015812-knockdown KP -soluissa differentiaalisesti ilmentyneiden geenien geeniontologiaanalyysi

Viite

Desäännelty lncRNA-ekspressioprofiili hiiren keuhkojen adenokarsinoomissa, joissa on KRAS-G12D-mutaatio ja P53-poisto [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584