Hi-C-pohjainen genomikokoonpano
Palvelun edut
Yleiskatsaus Hi-C
(Lieberman-Aiden E et ai.,Tiede, 2009)
● Ei tarvetta rakentaa geneettistä populaatiota jatkuvaan ankkurointiin;
● Korkeampi markkeritiheys johtaa korkeampaan jatkuvien ankkurointisuhteeseen yli 90 %:ssa;
● Mahdollistaa olemassa olevien genomikokoonpanojen arvioinnin ja korjaukset;
● Lyhyempi läpimenoaika ja suurempi tarkkuus genomin kokoamisessa;
● Runsas kokemus yli 1000 Hi-C-kirjastosta, jotka on rakennettu yli 500 lajille;
● Yli 100 onnistunutta tapausta, joiden kumulatiivinen julkaistu vaikutuskerroin on yli 760;
● Hi-C-pohjainen genomikokoonpano polyploidiselle genomille, 100 % ankkurointiaste saavutettiin edellisessä projektissa;
● Omat patentit ja ohjelmistojen tekijänoikeudet Hi-C-kokeiluja ja data-analyysiä varten;
● Itse kehitetty visualisoitu tiedon viritysohjelmisto mahdollistaa lohkon manuaalisen siirron, peruutuksen, kumoamisen ja uudelleen tekemisen.
Palvelun tiedot
|
Kirjaston tyyppi
|
Alusta | Lue pituus | Suosittele strategiaa |
| Hei-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatiikan analyysit
● Raakatietojen laadunvalvonta
● Hi-C-kirjaston laadunvalvonta
● Hi-C-pohjainen genomikokoonpano
● Asennuksen jälkeinen arviointi
Näytevaatimukset ja toimitus
Esimerkkivaatimukset:
| Eläin | Sieni | Kasveja
|
| Pakastettu kudos: 1-2g per kirjasto Solut: 1 x 10^7 solua kirjastoa kohti | Pakastettu kudos: 1 g per kirjasto | Pakastettu kudos: 1-2g per kirjasto
|
| * Suosittelemme vähintään 2 alikvootin (1 g) lähettämistä Hi-C-kokeeseen. | ||
Suositeltu näytetoimitus
Säiliö: 2 ml sentrifugiputki (tinafoliota ei suositella)
Useimpien näytteiden osalta suosittelemme, ettei niitä säilytetä etanolissa.
Näytteen merkintä: Näytteiden on oltava selkeästi merkittyjä ja identtisiä näytetietolomakkeen kanssa.
Toimitus: Kuivajää: Näytteet on pakattava ensin pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
Palvelun työnkulku
Kokeilusuunnittelu
Näytteen toimitus
DNA:n uuttaminen
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
*Tässä näkyvät esittelytulokset ovat kaikki Biomarker Technologiesin julkaisemista genomeista
1.Hi-C vuorovaikutuksen lämpökarttaCamptotheca acuminataperimä.Kuten kartasta näkyy, vuorovaikutusten intensiteetti korreloi negatiivisesti lineaarisen etäisyyden kanssa, mikä osoittaa erittäin tarkkaa kromosomitason kokoonpanoa.(Ankkurointisuhde: 96,03 %)
Kang M et ai.,Luontoviestintä, 2021
2.Hi-C helpotti välisten käännösten validointiaGossypium hirsutumL. TM-1 A06 jaG. arboreumChr06
Yang Z et ai.,Luontoviestintä, 2019
3. Kassavan genomin SC205 kokoaminen ja kaksialleelinen erilaistuminen.Hi-C-lämpökartta näkyy selkeänä jakautuneena homologisissa kromosomeissa.
Hu W et ai.,Molekyyli kasvi, 2021
4. Hi-C lämpökartta kahdessa Ficus-lajin genomikokoonpanossa:F.microcarpa(ankkurointisuhde: 99,3 %) jaF.hispida (ankkurointisuhde: 99,7 %)
Zhang X et ai.,Cell, 2020
BMK kotelo
Banyan-puun ja pölyttäjäampiaisen genomit tarjoavat näkemyksiä viikuna-ampiaisten yhteisevoluution
Julkaistu: Cell, 2020
Sekvensointistrategia:
F. microcarpa genomi: n.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gt)
F. hispidagenomi: n.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gt)
Eupristina verticillatagenomi: n.170 X PacBio RSII (65 Gt)
Tärkeimmät tulokset
1. Kaksi banjanpuun genomia ja yksi pölyttäjäampiaisen genomi rakennettiin käyttämällä PacBio-sekvensointia, Hi-C:tä ja kytkentäkarttaa.
(1)F. microcarpagenomi: Muodostettiin 426 Mb:n (97,7 % arvioidusta genomin koosta) kokoonpano N50:n 908 Kb:n ja BUSCO-pistemäärän ollessa 95,6 %.Yhteensä 423 Mb sekvenssiä ankkuroi 13 kromosomiin Hi-C:llä.Genomiannotaatio tuotti 29 416 proteiinia koodaavaa geeniä.
(2)F. Hispidagenomi: 360 Mb:n kokoonpano (97,3 % arvioidusta genomin koosta) tuotti 492 kb:n jatkuvan N50:n ja BUSCO-pistemäärän 97,4 %.Yhteensä 359 Mb sekvenssiä ankkuroitiin 14 kromosomiin Hi-C:llä ja ne olivat erittäin identtisiä korkeatiheyksisen kytkentäkartan kanssa.
(3)Eupristina verticillatagenomi: 387 Mb:n kokoonpano (arvioitu genomin koko: 382 Mb) perustettiin 3,1 Mb:n jatkuvalla N50:llä ja BUSCO-pistemäärällä 97,7 %.
2. Vertaileva genomiikka-analyysi paljasti suuren määrän rakennemuutoksia kahden välilläFicusgenomit, jotka tarjosivat korvaamattoman geneettisen resurssin adaptiivisia evoluutiotutkimuksia varten.Tämä tutkimus tarjosi ensimmäistä kertaa näkemyksiä viikuna-ampiaisen yhteisevoluutiosta genomisella tasolla.
 Circos-kaavio kahden genomipiirteistäFicusgenomit, mukaan lukien kromosomit, segmentaaliset päällekkäisyydet (SD:t), transposonit (LTR, TE:t, DNA TE:t), geenien ilmentyminen ja synteenia |  Y-kromosomin ja sukupuolenmäärityksen ehdokasgeenin tunnistaminen |
Zhang, X. et ai."Banyaanipuun ja pölyttäjäampiaisen genomit tarjoavat näkemyksiä viikuna-ampiaisten yhteisevoluutiosta."Solu 183.4 (2020).
