Sienigenomi
Palvelun edut
● Saatavilla useita sekvensointistrategioita eri tutkimustavoitteita varten
● Erittäin kokenut sienten genomin kokoamisesta, yli 10 000 peneä sisältävää genomia koottu.
● Ammattimainen myynnin jälkeinen tekninen tukiryhmä, joka täyttää tarkemmat tutkimustarpeet.
Palvelun tiedot
| Palvelu | Sekvensointistrategia | Laatu taattu | Arvioitu läpimenoaika |
| Sieni hieno kartta | Illumina 50X+Nanopore 100X | Jatkuu N50≥2 Mb | 35 työpäivää |
| PacBio HiFi 30X | |||
| Sienipenen täydellinen kartta | Illumina 50X+Nanopore 100X(Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X | Kromosomien ankkurointisuhde >90 % | 45 työpäivää |
Bioinformatiikan analyysit
● Raakatietojen laadunvalvonta
● Genomin kokoonpano
● Genomikomponenttianalyysi
● Geenifunktion huomautus
● Vertaileva genomianalyysi
Näytevaatimukset ja toimitus
Esimerkkivaatimukset:
vartenDNA-uutteet:
| Näytteen tyyppi | Määrä | Keskittyminen | Puhtaus |
| DNA-uutteet | ＞ 1,2 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Kudosnäytteitä varten:
| Näytetyyppi | Suositeltu näytekäsittely | Näytteiden varastointi ja lähetys |
| Yksisoluinen sieni | Tarkkaile hiivaa mikroskoopilla ja kerää ne eksponentiaalisessa vaiheessa Siirrä viljelmä (sisältää noin 3-4,5e9 solua) 1,5 tai 2 ml:n eppendorfiin.(Pysy jäällä) Sentrifugoi putkea 1 minuutin ajan 14 000 g:ssä bakteerien keräämiseksi ja supernatantin poistamiseksi varovasti Sulje putki ja pakasta bakteerit nestetypessä vähintään 1-3 tuntia.Säilytä putki -80 ℃ jääkaapissa. | Pakasta näytteet nestetypessä 3-4 tuntia ja säilytä nestetypessä tai -80 asteessa pitkäaikaiseen varaukseen.Näytetoimitus kuivajäällä vaaditaan. |
| Makrosieni | Suositellaan aktiivisesti kasvavassa vaiheessa olevaa kudosta. Huuhtele kudos endotoksiinivapaalla vedellä, sitten 70 % etonaalilla. Säilytä näyte kryoputkissa. |
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
1.Circos-kaavio sienen genomikomponenteista
2. Vertaileva genomiikkaanalyysi: Fylogeneettinen puu
