Tutustu luonnonvaraisten tutkimuslajien tutkimisen mahdollisuuksiin, esimerkkinä BMKGENEN asiakkaiden keskeinen tapaus.Äskettäin tämän vuoden Plant Biotechnology Journal -lehdessä julkaistu artikkeli "Kromosomitason villi Hevea brasiliensis -genomi: Genomiavusteisen jalostuksen vahvistaminen ja elintärkeiden lokien löytäminen kohonneeseen kumisatoon" on arvokas viite.
Brasilialainen kumipuu (Hevea brasiliensis) seisoo korkeana keskeisenä luonnonkumin lähteenä.Viime vuosisadan aikana perinteiset jalostusmenetelmät saivat aikaan huomattavan kuusinkertaisen kumin tuotannon nousun.Silti taustalla oleva geneettinen peruskallio, joka on vastuussa mahdollisesta kumisaannon lisäämisestä, on edelleen arvoituksellinen.
Tässä tutkimuksessa käynnistettiin kromosomitason genomin rakentaminen villille kumipuulle käyttämällä synergiaa Nanopore-sekvensoinnista, Illumina NGS -sekvensoinnista ja Hi-C-tekniikasta.
Samanaikaisesti koottiin 147 ituplasmaresurssia, jotka käsittivät korkeatuottoisia variaatioita, villikantoja ja samankaltaisia lajeja, kattavaa koko genomin uudelleensekvensointia (WGS) varten Illumina-alustaa käyttäen.Seurannetuille sekvensointitiedoille tehtiin tiukka populaatiogenetiikan analyysi, joka mahdollisti populaation rakenteen, monimuotoisuuden ja kytkentäepätasapainon erottamisen.Tämä analyysi valaisi kesytyksen vaihteluita populaatioiden välillä.
Lisätutkimukset sisälsivät analyysin, joka käsitti Fst:n, π:n, Tajiman D:n ja LD:n, tavoitteena paljastaa parantuneesta lateksin saannosta johtuvia valintasignaaleja keskittyen erityisesti Wickham-klooneihin.
Huipentui genominlaajuiseen assosiaatioanalyysiin (GWAS), jossa määritettiin satoominaisuuksiin ja myöhemmin tuottoon liittyviin geeneihin liittyvät markkerit.Alkuperäinen validointi paljasti erottuvan transkription aktiivisuuden eri mutanttien välillä kahdelle ERF-geenille, mikä antoi alustavan katsauksen niiden toiminnalliseen merkitykseen.Lisävarmennus on suunniteltu tulevien tutkimusten yhteydessä.
BMKGENE on ylpeä voidessaan osallistua tämän suuren populaation laajaan koko genomin uudelleensekvensointiin sekä merkittävään rooliin bioinformatiikan analyysissä.Laaja kokemuksemme kattaa NGS/TGS-sekvensoinnin ja multiomiikka-bioinformatiikan analyysit yli 1000 lajin joukossa.Odotamme innolla mahdollisuutta tehdä yhteistyötä kanssasi tulevissa projekteissasi.
Napsauta tästälisätietoja tästä tutkimuksesta
Postitusaika: 29.8.2023