Evoluutiogenetiikka
Palvelun edut
Takagi et ai.,Kasvipäiväkirja, 2013
● Arvioi lajien eroamisaikaa ja -nopeutta nukleotidi- ja aminohappotason vaihtelujen perusteella
● Luotettavamman fylogeneettisen suhteen paljastaminen lajien välillä konvergentin evoluution ja rinnakkaisen evoluution vaikutuksen minimoimalla
● Geneettisten muutosten ja fenotyyppien välisten yhteyksien luominen ominaisuuksiin liittyvien geenien paljastamiseksi
● Arvioida geneettistä monimuotoisuutta, joka heijastaa lajien evoluutiopotentiaalia
● Nopeampi läpimenoaika
● Laaja kokemus: BMK:lla on yli 12 vuoden ajan kertynyt valtava kokemus populaatioon ja evoluutioon liittyvistä projekteista, jotka kattavat satoja lajeja jne., ja osallistunut yli 80 korkean tason projektiin, jotka on julkaistu Nature Communicationsissa, Molecular Plantsissa, Plant Biotechnology Journalissa jne.
Palvelun tiedot
Materiaalit:
Normaalisti suositellaan vähintään kolmea alapopulaatiota (esim. alalajeja tai kantoja).Jokaisessa alapopulaatiossa tulisi olla vähintään 10 yksilöä (kasveja ＞ 15, voidaan vähentää harvinaisten lajien osalta).
Sekvensointistrategia:
* WGS:tä voidaan käyttää lajeille, joilla on korkealaatuinen vertailugenomi, kun taas SLAF-Seq on sovellettavissa lajeihin, joilla on tai ei ole referenssigenomia tai huonolaatuinen vertailugenomi.
| Koskee genomin kokoa | WGS | SLAF-tunnisteet (×10 000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/henkilö | WGS on suositeltavampi |
| 500 Mb - 1 Gt | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Bioinformatiikan analyysit
● Evoluutioanalyysi
● Valikoiva pyyhkäisy
● Geenivirta
● Väestöhistoria
● Eroamisaika
Näytevaatimukset ja toimitus
Esimerkkivaatimukset:
| Laji | Kudos | WGS-NGS | SLAF |
| Eläin
| Viskeraalinen kudos |
0,5-1 g
|
0,5 g
|
| Lihaskudos | |||
| Nisäkkään verta | 1,5 ml
| 1,5 ml
| |
| Siipikarjan/kalan veri | |||
| Tehdas
| Tuore Lehti | 1-2g | 0,5-1 g |
| Terälehti/varsi | |||
| Juuri/Siemen | |||
| Solut | Viljelty solu |
| gDNA | Keskittyminen | Määrä (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1,6-2,5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0,1 | - |
Palvelun työnkulku
Kokeilusuunnittelu
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
*Tässä näkyvät esittelytulokset ovat kaikki BMKGENE:n kanssa julkaistuista genomeista
1.Evoluutioanalyysi sisältää fylogeneettisen puun rakentamisen, populaatiorakenteen ja PCA:n geneettisten variaatioiden perusteella.
Fylogeneettinen puu edustaa taksonomisia ja evoluutiosuhteita lajien välillä, joilla on yhteinen esi-isä.
PCA pyrkii visualisoimaan alapopulaatioiden välistä läheisyyttä.
Populaatiorakenne osoittaa geneettisesti erillisen alapopulaation olemassaolon alleelifrekvenssien suhteen.
Chen, et.al.,PNAS, 2020
2.Valikoiva pyyhkäisy
Selektiivinen pyyhkäisy tarkoittaa prosessia, jolla valitaan edullinen paikka ja linkitettyjen neutraalien sivustojen taajuuksia lisätään ja linkittämättömien sivustojen taajuuksia vähennetään, mikä johtaa alueellisten alueiden vähenemiseen.
Genominlaajuinen havaitseminen valikoiduilla pyyhkäisyalueilla käsitellään laskemalla kaikkien SNP:iden populaatiogeneettinen indeksi (π, Fst, Tajiman D) liukuvassa ikkunassa (100 Kb) tietyssä vaiheessa (10 Kb).
Nukleotidien monimuotoisuus (π)
Tajiman D
Kiinnitysindeksi (Fst)
Wu, et.al.,Molekyyli kasvi, 2018
3.Gene Flow
Wu, et.al.,Molekyyli kasvi, 2018
4. Väestöhistoria
Zhang, et.al.,Luontoekologia ja evoluutio, 2021
5. Eroaika
Zhang, et.al.,Luontoekologia ja evoluutio, 2021
BMK kotelo
Genominen variaatiokartta antaa käsityksen kevätkiinankaalin (Brassica rapa ssp. Pekinensis) valinnan geneettisestä perustasta
Julkaistu: Molekyyli kasvi, 2018
Sekvensointistrategia:
Uudelleensekvensointi: sekvensointisyvyys: 10×
Tärkeimmät tulokset
Tässä tutkimuksessa 194 kiinankaalia käsiteltiin uudelleen sekvensointia varten keskimääräisellä syvyydellä 10×, mikä tuotti 1 208 499 SNP:tä ja 416 070 InDeliä.Näiden 194 linjan fylogeneettinen analyysi osoitti, että nämä linjat voidaan jakaa kolmeen ekotyyppiin, kevät, kesä ja syksy.Lisäksi populaatiorakenne ja PCA-analyysi osoittivat, että kevätkaali oli peräisin syyskaalista Shandongissa, Kiinassa.Nämä tuotiin myöhemmin Koreaan ja Japaniin, risteytettiin paikallisten linjojen kanssa, ja jotkut niistä tuotiin takaisin Kiinaan, ja niistä tuli lopulta kevätkaali.
Genominlaajuinen skannaus kevään kiinankaaleista ja syyskaaleista selektiossa paljasti 23 genomista lokusta, jotka ovat käyneet läpi vahvan valinnan, joista kaksi oli päällekkäin pultausaikaa ohjaavan alueen kanssa QTL-kartoituksen perusteella.Näiden kahden alueen havaittiin sisältävän avaingeenejä, jotka säätelevät kukintaa, BrVIN3.1 ja BrFLC1.Näiden kahden geenin vahvistettiin edelleen osallistuvan pulttiaikaan transkriptitutkimuksella ja siirtogeenisillä kokeilla.
 Kiinankaalin populaatiorakenneanalyysi |  Geneettistä tietoa kiinankaalin valinnasta |
Tongbing et ai."Genominen variaatiokartta tarjoaa näkemyksiä kevätkiinankaalin (Brassica rapa ssp.pekinensis) valinnan geneettisestä perustasta."Molekyylikasvit,11(2018): 1360-1376.
