Illumina ja BGI
ominaisuudet
●Alustat:Illumina NovaSeq 6000, NovaSeq, HiSeq X Ten ja BGI-DNB-T7
●Sekvensointitilat:PE50, PE100, PE150, PE250
●Kirjastojen laadunvalvonta ennen sekvensointia
●Sekvensointitietojen toimitus ja laadunvalvonta:QC-raportin ja raakadatan toimitus fastq-muodossa demultipleksoinnin ja Q30-lukujen suodatuksen jälkeen.
Palvelun edut
●Sekvensointipalveluiden monipuolisuus:asiakas voi valita järjestyksen kaistan, virtaussolun tai datamäärän mukaan.
●Alustaen monipuolisuus:DNB-kirjastot voidaan siirtää Illumina-alustoille
●Laaja kokemus Illumina-sekvensointialustasta:tuhansia suljettuja projekteja eri lajien kanssa.
●Sekvensoinnin laadunvalvontaraportin toimitus:laatumittareiden, tietojen tarkkuuden ja sekvensointiprojektin yleisen suorituskyvyn kanssa.
●Aikuinen sekvensointiprosessi:lyhyellä läpimenoajalla.
●Tiukka laadunvalvonta: Noudatamme tiukkoja laadunvalvontavaatimuksia varmistaaksemme jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimituksen.
Esimerkkivaatimukset*
Osittainen kaistajärjestys
| Tietojen määrä (X) | Pitoisuus (qPCR/nM) | Äänenvoimakkuus |
| X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
| 50 Gb ≤ X < 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 20 μl |
| X ≥ 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 20 μl |
Yksikaistainen (Illumina)
| Alusta | Pitoisuus (qPCR/nM) | Äänenvoimakkuus |
| HiSeq X Ten | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
| NovaSeq 6000 SP | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| NovaSeq 6000 S4 | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
| NovaSeq X | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
| BGI-DNBSEQ-T7 | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
Konsentraation ja kokonaismäärän lisäksi tarvitaan myös sopiva huippukuvio.
Ota meihin yhteyttä, jos näytteesi eivät täytä lähtöainevaatimuksia.
Palvelun työnkulku
Kirjaston laadunvalvonta
Jaksotus
Tietojen laadunvalvonta
Projektin toimitus
Kirjaston laadunvalvontaraportti
Raportti kirjaston laadusta tarjotaan ennen sekvensointia, kirjaston määrän ja pirstoutumisen arviointia.
Sekvensointi QC-raportti
Taulukko 1. Sekvensointitietojen tilastot.
| Esimerkki ID | BMKID | Raakoja lukemia | Raakadata (bp) | Puhtaat lukemat (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99.14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
Kuva 1. Laatujakauma kunkin näytteen lukemien mukaan
Kuva 2. Perussisällön jakelu
Kuva 3. Lukujen sisällön jakautuminen sekvensointitiedoissa
