Tuotteet

DNA/RNA-sekvensointi - PacBio Sequencer

PacBio-sekvensointialusta on pitkään luettava sekvensointialusta, joka tunnetaan myös yhtenä Third-Generation Sequencing (TGS) -tekniikoista.Ydinteknologia, yksimolekyylinen reaaliaikainen (SMRT), mahdollistaa kymmenien kilometrien pituisten lukujen luomisen."Sequencing-by-Synthesis" -menetelmän perusteella yhden nukleotidin resoluutio saavutetaan Zero-mode waveguide (ZMW), jossa vain rajoitettu tilavuus alaosassa (molekyylisynteesin kohta) on valaistu.Lisäksi SMRT-sekvensoinnilla vältetään suurelta osin sekvenssispesifinen harha NGS-järjestelmässä, koska suurinta osaa PCR-monistusvaiheista ei vaadita kirjaston rakennusprosessissa.

Alusta: Sequel II, Revio

Ota meihin yhteyttä

Palvelun tiedot

Demon tulokset

ominaisuudet

PacBio-sekvensserin kaksi sekvensointitilaa: Continuous Long Read (CLR) ja Circular Consensus Read (CCS)

Sekvensointitila

Kirjaston koko

Teoreettiset tiedotTuotto (solua kohti)

YksipohjainenTarkkuus

Sovellukset

CLR

20Kb, 30Kb jne.

80 Gt - 130 Gb

Noin85 %

De novo, SV-puhelut jne.

CCS

15-20 kb

14–40 Gb/solu (jatko-osa II)

70–110 Gt/solu (Revio)

Riippuu näytteistä

Noin99 %

De novo, SNP/Indel/SV-soitto, Iso-Seq,

Revion ja Sequel II:n suorituskyvyn ja ominaisuuksien vertailu

Ehdot	Jatko II -järjestelmä	Revio järjestelmä	Lisääntyä
Suurempi tiheys	8 miljoonaa ZMW:tä	25 miljoonaa ZMW:tä	3x
Itsenäiset vaiheet	1	4	4x
Lyhyemmät ajoajat	30 tuntia	24 tuntia	1,25x
30X HiFi-ihmisen genomia / vuosi	88	1 300	15x kaiken kaikkiaan

Palvelun edut

● Yli 8 vuoden kokemus PacBio-sekvensointialustasta, jossa on tuhansia suljettuja projekteja eri lajien kanssa.

● Täysin varustettu uusimmilla PacBio Sequencing -alustoilla, Reviolla, joka takaa riittävän sekvensoinnin suorituskyvyn.

● Nopeampi läpimenoaika, suurempi tiedon tuotto ja tarkempi data.

● Osallistunut sadoissa vaikuttavissa PacBio-pohjaisissa julkaisuissa.

Esimerkkivaatimukset

Näytteen tyyppi

Määrä

Keskittyminen (Qubit®)

Äänenvoimakkuus

Puhtaus

muut

Genominen DNA

Riippuu tietovaatimuksista

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280 = 1,7-2,2;
OD260/230 = 1,8-2,5；
Selkeä huippu 260 nm:ssäei saasteita

Pitoisuus on mitattava Qubitilla ja Qubit/Nanopore = 0,8-2,5

Kokonais-RNA

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280 = 1,7-2,5;
OD260/230 = 0,5-2,5；ei saasteita

RIN-arvo ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Palvelun työnkulku

näytteen valmistus

Kirjaston rakentaminen

Jaksotus

Tietojen analysointi

Projektin toimitus

Edellinen: OEM-valmistaja Mrna Sekvensointipalvelu - Pitkä ei-koodaava sekvensointi-Illumina - Biomarker

Seuraava: Illumina ja BGI

1. In-house Data Yield

Data luotu 63 CCS-solusta (26 lajista)

TIEDOT-PacBio-CCS-15 Kb	Keskiverto	Max	Min	Mediaani
Tuotto - osalukemat (Gb)	421.12	544,27	221,38	426,58
Yiled - CCS (Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polymeraasi N50	145,651	175 430	118,118	144,689
Subreads N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14 490	19,034	9,876	14,747
Keskipituus - Polymeraasi	67,995	89,379	49,664	66,433
Keskimääräinen pituus - alarivit	15,866	21,036	11,657	16,012
Keskipituus-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

Data luotu 16 CLR-solusta (76 lajista)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Keskiverto	Max	Min	Mediaani
Tuotto - osalukemat (Gb)	142,20	291,40	50,55	142,49
Polymeraasi N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Subreads N50	28 490	41,012	14 430	29,063
Keskipituus - Polymeraasi	22,063	48,886	8,747	21,555
Keskimääräinen pituus - alarivit	17,720	27,225	8,293	17,779

2. Data QC – DemoTilastot datan tuotosta

Näyte	ccs Lukee Num	ccs yhteensä (bp)	ccs Lukee N50 (bp)	ccs:n keskimääräinen pituus (bp)	ccs Pisin luettu (bp)	osalukemat perusteet (bp)	ccs (%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863 326 330 465	6.27