sircRNA-sekvensointi - Illumina
ominaisuudet
● rRNA-depletio, jota seuraa suunnattu kirjaston valmistelu, mikä mahdollistaa juostespesifisen sekvensointidatan.
● Bioinformaattinen työnkulku mahdollistaa circRNA:n ennustamisen ja ilmentymisen kvantifioinnin
Palvelun edut
●Kattavammat RNA-kirjastot:käytämme rRNA-depletiota lineaarisen RNA-depletion sijasta esikirjastossamme varmistaen, että sekvensointitiedot sisältävät sircRNA:n lisäksi myös mRNA:n ja lncRNA:n, mikä mahdollistaa näiden aineistojen yhteisanalyysin
●Valinnainen kilpailevien endogeenisten RNA-verkkojen (ceRNA) analyysi: tarjoaa syvempiä näkemyksiä solujen säätelymekanismeista
●Laaja asiantuntemus: Meillä on kokemusta yli 20 000 näytteen käsittelystä BMK:ssa eri näytetyypeistä ja lncRNA-projekteista, joten tiimimme tuo runsaasti kokemusta jokaiseen projektiin.
●Tiukka laadunvalvonta: toteutamme ydinohjauspisteitä kaikissa vaiheissa näytteen ja kirjaston valmistelusta sekvensointiin ja bioinformatiikkaan.Tämä huolellinen seuranta varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimituksen.
● Myynnin jälkeinen tuki: Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen lisäksi 3 kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon.Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja Q&A-istuntoja vastataksemme kaikkiin tuloksiin liittyviin kyselyihin.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Alusta | Suositellut tiedot | Data QC |
| Poly A rikastettu | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85 % |
Esimerkkivaatimukset:
Nukleotidit:
| Konsentraatio (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelissä näkyy rajoitettu proteiini- tai DNA-kontaminaatio tai ei ollenkaan. | Kasveille: RIN≥6,5; Eläimet: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajallinen tai ei ollenkaan perustason nousua |
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmät: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suoli: 450 mg
Sisäelimet tai aivot: 240 mg
Lihas: 600 mg
Luut, hiukset tai iho: 1,5 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 9 g
Äyriäiset: 450 mg
● Kokoveri:2 putkea
● Solut: 106 soluja
● Seerumi ja plasma: 6 ml
Suositeltu näytetoimitus
Säiliö: 2 ml sentrifugiputki (tinafoliota ei suositella)
Näytemerkintä: Ryhmä+kopio esim. A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNA-stabiilit putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja toimittaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Kokeilusuunnittelu
Näytteen toimitus
RNA:n uuttaminen
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformatiikka
sircRNA-ennuste: kromosomijakauma
Differentiaalisesti ekspressoituneet sircRNA:t – Tulivuorikaavio
Differentiaalisesti ekspressoidut circRNA:t – hierarkkinen klusterointi
CircRNA:n isäntägeenien toiminnallinen rikastaminen
Tutustu BMKGenen sircRNA-sekvensointipalveluiden edistämiin tutkimukseen kuroidun julkaisukokoelman kautta.
Wang, X. et ai.(2021) "CPSF4 säätelee sircRNA:n muodostusta ja mikroRNA-välitteistä geenin vaimentamista maksasolukarsinoomassa", Oncogene 2021 40:25, 40(25), s. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et ai.(2023) "X oo-responsiivinen transkripti paljastaa sirkulaarisen RNA133:n roolin taudin vastustuskyvyssä säätelemällä OsARABin ilmentymistä riisissä", Phytopathology Research, 5(1), s. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et ai.(2023) "CPSF3 moduloi pyöreän ja lineaarisen transkriptin tasapainoa hepatosellulaarisessa karsinoomassa".doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et ai.(2023) "CircRNA:iden kattava arviointi kirroottisessa kardiomyopatiassa ennen maksansiirtoa ja sen jälkeen", International Immunopharmacology, 114, s.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
