16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Palvelun edut
● Pitkät lukemat paljastavat täyspitkän 16S/18S/ITS-sekvenssin
● Erittäin tarkka tukiasemapuhelu PacBio CCS -tilan sekvensoinnilla
● Lajitason resoluutio OTU/ASV-merkinnöissä
● Uusin QIIME2-analysointivirta, jossa on erilaisia analyysejä tietokannan, merkintöjen, OTU/ASV:n suhteen.
● Soveltuu erilaisiin mikrobiyhteisötutkimuksiin
● BMK:lla on laaja kokemus yli 100 000 näytteestä vuodessa, jotka kattavat maaperän, veden, kaasun, lietteen, ulosteet, suolet, ihon, käymisliemen, hyönteiset, kasvit jne.
● BMKCloud helpotti tietojen tulkintaa sisältäen 45 yksilöllistä analysointityökalua
Palvelun tiedot
| JaksotusAlusta | Kirjasto | Suositellut tiedot | Käsittelyaika |
| PacBio jatko-osa II | SMRT-kello | 5K/10K/20K-tunnisteet | 44 työpäivää |
Bioinformatiikan analyysit
● Raakatietojen laadunvalvonta
● OTU-klusterointi/kohinanpoisto (ASV)
● OTU-merkintä
● Alfa monimuotoisuus
● Beta-monimuotoisuus
● Ryhmien välinen analyysi
● Assosiaatioanalyysi kokeellisia tekijöitä vastaan
● Toimintogeenin ennuste
Näytevaatimukset ja toimitus
Esimerkkivaatimukset:
vartenDNA-uutteet:
| Näytteen tyyppi | Määrä | Keskittyminen | Puhtaus |
| DNA-uutteet | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Ympäristönäytteet:
| Näytetyyppi | Suositeltu näytteenottomenettely |
| Maaperä | Näytteenottomäärä: n.5 g;Jäljelle jäänyt kuihtunut aine on poistettava pinnalta;Jauha suuret palat ja vie 2 mm:n suodattimen läpi;Jaa näytteet steriiliin EP- tai syroputkeen varausta varten. |
| Ulosteet | Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa näytteet steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten. |
| Suoliston sisältö | Näytteet on käsiteltävä aseptisissa olosuhteissa.Pese kerätty kudos PBS:llä;Sentrifugoi PBS ja kerää sakka EP-putkiin. |
| Lietettä | Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa lietenäyte steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten |
| Vesistö | Jos näyte, jossa on rajoitettu määrä mikrobeja, kuten vesijohtovesi, kaivovesi jne., Kerää vähintään 1 litra vettä ja vie 0,22 μm:n suodattimen läpi mikrobien rikastamiseksi kalvolla.Säilytä kalvo steriilissä putkessa. |
| Iho | Kaavi ihon pinta varovasti steriilillä vanupuikolla tai leikkausterällä ja aseta se steriiliin putkeen. |
Suositeltu näytetoimitus
Pakasta näytteet nestetypessä 3-4 tuntia ja säilytä nestetypessä tai -80 asteessa pitkäaikaiseen varaukseen.Näytetoimitus kuivajäällä vaaditaan.
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
1. V3+V4(Illumina)-pohjaisen mikrobiyhteisön profiloinnin merkintäaste verrattuna täyspitkään (PacBio)-pohjaiseen profilointiin.
(Tilastoinnissa käytettiin 30 satunnaisesti valitun projektin tietoja)
2. Täyspitkän amplikonin sekvensoinnin huomautusnopeus lajitasolla eri näytetyypeissä
3. Lajien levinneisyys
4. Fylogeneettinen puu
BMK kotelo
Altistus arseenille aiheuttaa suolistoesteen vaurioita ja sen seurauksena suoli-maksa-akselin aktivoitumista, mikä johtaa ankkojen maksan tulehdukseen ja pyroptoosiin
Julkaistu:Tiede kokonaisympäristöstä,2021
Sekvensointistrategia:
Näytteet: Kontrolli vs. 8 mg/kg ATO:lle altistunut ryhmä
Sekvensointitietojen saanto: yhteensä 102 583 raakaa CCS-sekvenssiä
Kontrolli: 54 518 ± 747 tehokas CCS
ATO-valotettu: 45 050 ± 1675 tehokasta CCS:tä
Tärkeimmät tulokset
Alfa monimuotoisuus:ATO-altistuminen muutti merkittävästi suoliston mikrobien rikkautta ja monimuotoisuutta ankoissa.
Metastaattien analyysi:
Perätasolla: 2 bakteerikakkua havaittu vain kontrolliryhmissä
Suvun tasolla: 6 sukua havaittiin merkitsevästi eroavan suhteellisen runsauden suhteen
Lajitasolla: tunnistettiin yhteensä 36 lajia, joista 6 erosi merkittävästi uusiutuvan runsauden suhteen
Viite
Thingholm, LB, et ai."Liikalihavilla henkilöillä, joilla on tyypin 2 diabetes tai ei, on erilainen suoliston mikrobien toimintakyky ja koostumus."Soluisäntä ja mikrobi26.2(2019).
