16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Palvelun edut
● Mikrobikoostumuksen eristäminen ja nopea tunnistaminen ympäristönäytteistä
● Korkea resoluutio ympäristönäytteiden vähäisissä komponenteissa
● Uusin QIIME2-analysointivirta, jossa on erilaisia analyysejä tietokannan, merkintöjen, OTU/ASV:n suhteen.
● Suuri suorituskyky, suurempi tarkkuus
● Soveltuu erilaisiin mikrobiyhteisötutkimuksiin
● BMK:lla on laaja kokemus yli 100 000 näytteestä vuodessa, jotka kattavat maaperän, veden, kaasun, lietteen, ulosteet, suolet, ihon, käymisliemen, hyönteiset, kasvit jne.
● BMKCloud helpotti tietojen tulkintaa sisältäen 45 yksilöllistä analysointityökalua
Palvelun tiedot
| JaksotusAlusta | Kirjasto | Suositeltu tiedon tuotto | Arvioitu läpimenoaika |
| Illumina NovaSeq -alusta | PE250 | 50K/100K/300K tunnisteet | 30 päivää |
Bioinformatiikan analyysit
● Raakatietojen laadunvalvonta
● OTU-klusterointi/kohinanpoisto (ASV)
● OTU-merkintä
● Alfa monimuotoisuus
● Beta-monimuotoisuus
● Ryhmien välinen analyysi
● Assosiaatioanalyysi kokeellisia tekijöitä vastaan
● Toimintogeenin ennuste
Näytevaatimukset ja toimitus
Esimerkkivaatimukset:
vartenDNA-uutteet:
| Näytteen tyyppi | Määrä | Keskittyminen | Puhtaus |
| DNA-uutteet | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Ympäristönäytteet:
| Näytetyyppi | Suositeltu näytteenottomenettely |
| Maaperä | Näytteenottomäärä: n.5 g;Jäljelle jäänyt kuihtunut aine on poistettava pinnalta;Jauha suuret palat ja vie 2 mm:n suodattimen läpi;Jaa näytteet steriiliin EP- tai syroputkeen varausta varten. |
| Ulosteet | Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa näytteet steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten. |
| Suoliston sisältö | Näytteet on käsiteltävä aseptisissa olosuhteissa.Pese kerätty kudos PBS:llä;Sentrifugoi PBS ja kerää sakka EP-putkiin. |
| Lietettä | Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa lietenäyte steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten |
| Vesistö | Jos näyte, jossa on rajoitettu määrä mikrobeja, kuten vesijohtovesi, kaivovesi jne., Kerää vähintään 1 litra vettä ja vie 0,22 μm:n suodattimen läpi mikrobien rikastamiseksi kalvolla.Säilytä kalvo steriilissä putkessa. |
| Iho | Kaavi ihon pinta varovasti steriilillä vanupuikolla tai leikkausterällä ja aseta se steriiliin putkeen. |
Suositeltu näytetoimitus
Pakasta näytteet nestetypessä 3-4 tuntia ja säilytä nestetypessä tai -80 asteessa pitkäaikaiseen varaukseen.Näytetoimitus kuivajäällä vaaditaan.
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
1. Lajien levinneisyys
2.Lämpökartta: Lajirikkauden klusteroituminen
3. Harvinainen ryhmäkäyrä
4.NMDS-analyysi
5. Lefse-analyysi
BMK kotelo
Lihavilla yksilöillä, joilla on tyypin 2 diabetes ja ei, on erilainen suoliston mikrobien toimintakyky ja koostumus
Julkaistu:Soluisäntä ja mikrobi, 2019
Sekvensointistrategia:
Laiha ei-diabetes (n = 633);Liikalihava ei-diabetes (n = 494);Liikalihavien tyypin 2 diabetes (n = 153);
Kohdealue: 16S rDNA V1-V2
Alusta: Illumina Miseq (NGS-pohjainen amplikonin sekvensointi)
DNA-uutteiden alajoukolle suoritettiin metagenominen sekvensointi Illumina Hiseq:llä
Tärkeimmät tulokset
Näiden aineenvaihduntasairauksien mikrobiprofiilit erotettiin onnistuneesti.
Vertaamalla 16S-sekvensoinnilla luotuja mikrobiominaisuuksia, liikalihavuuden havaittiin liittyvän muutoksiin mikrobikoostumuksessa, yksilöllisissä piirteissä, erityisesti Akkermansia-, Faecalibacterium-, Oscillibacter-, Alistipes- jne.:n merkittävään vähenemiseen. Lisäksi T2D:n havaittiin liittyvän Escherichia/shigellan lisääntymiseen. .
Viite
Thingholm, LB, et ai."Liikalihavilla henkilöillä, joilla on tyypin 2 diabetes tai ei, on erilainen suoliston mikrobien toimintakyky ja koostumus."Soluisäntä ja mikrobi26.2(2019).
