کشوی Heatmap برای ترسیم نقشه حرارتی استفاده می شود که می تواند داده های ماتریس را فیلتر، نرمال سازی و خوشه ای کند. بیشتر برای تجزیه و تحلیل خوشه ای سطح بیان ژن بین نمونه های مختلف استفاده می شود.
پیوست کردن توابع بیولوژیکی به دنبالهها در فایل FASTA با تراز کردن توالیها به پایگاه داده، از جمله NR، KEGG، COG، SwissProt، TrEMBL، KOG، Pfam.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) یک الگوریتم و برنامه برای یافتن مناطق با توالی بیولوژیکی مشابه است.این توالی ها را با پایگاه های داده توالی مقایسه می کند و اهمیت آماری را محاسبه می کند.BLAST از چهار نوع ابزار بر اساس نوع توالی تشکیل شده است: blastn، lastp، blastx و tblastn.