توالی یابی قطعه تقویت شده با مکان خاص (SLAF-Seq)
جزئیات خدمات
طرح فنی
جریان کار
مزایای خدمات
راندمان کشف نشانگر بالا- فناوری توالی یابی با توان بالا به SLAF-Seq در کشف صدها هزار برچسب در کل ژنوم کمک می کند.
وابستگی کم به ژنوم- می توان آن را برای گونه هایی با ژنوم مرجع یا بدون آن اعمال کرد.
طراحی طرح انعطاف پذیر- هضم تک آنزیمی، دو آنزیمی، چند آنزیمی و انواع مختلفی از آنزیم ها، همه می توانند برای برآوردن اهداف یا گونه های مختلف تحقیقاتی انتخاب شوند.پیش ارزیابی در سیلیکو برای اطمینان از طراحی بهینه آنزیم استفاده می شود.
هضم آنزیمی کارآمد- پیش آزمایش برای بهینه سازی شرایط انجام شد که آزمایش رسمی را پایدار و قابل اعتماد می کند.راندمان جمع آوری قطعات می تواند به بیش از 95٪ برسد.
تگ های SLAF به طور یکنواخت توزیع شده است- تگ های SLAF به طور مساوی در همه کروموزوم ها به بیشترین میزان توزیع می شوند و به طور متوسط به 1 SLAF در هر 4 کیلوبایت می رسند.
اجتناب موثر از تکرار- توالی تکراری در داده های SLAF-Seq به کمتر از 5 درصد کاهش می یابد، به ویژه در گونه هایی با سطح تکرار بالا، مانند گندم، ذرت و غیره.
تجربه گسترده-بیش از 2000 پروژه بسته شده SLAF-Seq بر روی صدها گونه از گیاهان، پستانداران، پرندگان، حشرات، موجودات آبی و غیره.
گردش کار بیوانفورماتیک خود توسعه یافته- یک گردش کار بیوانفورماتیک یکپارچه برای SLAF-Seq توسط BMKGENE برای اطمینان از قابلیت اطمینان و دقت خروجی نهایی ایجاد شد.
مشخصات خدمات
| سکو | Conc.(ng/gl) | جمع (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | > 35 | >1.6(جلد>15μl) | 1.6-2.5 |
استراتژی توالی پیشنهادی
عمق توالی: 10X/Tag
| اندازه ژنوم | برچسب های توصیه شده SLAF |
| < 500 مگابایت | 100K یا WGS |
| 500 مگابایت - 1 گیگابایت | 100 K |
| 1 گیگابایت -2 گیگابایت | 200 K |
| ژنوم های غول پیکر یا پیچیده | 300 - 400 هزار |
| برنامه های کاربردی
| توصیه شده مقیاس جمعیت
| استراتژی و عمق توالی
| |
| عمق
| شماره برچسب
| ||
| GWAS
| تعداد نمونه ≥ 200
| 10X
|
مطابق با اندازه ژنوم
|
| تکامل ژنتیکی
| افراد هر کدام زیر گروه ≥ 10; کل نمونه ≥ 30
| 10X
| |
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتری
برای اکثر نمونه ها، توصیه می کنیم در اتانول نگهداری نشود.
برچسب زدن نمونه: نمونه ها باید به وضوح برچسب گذاری شده و با فرم اطلاعات نمونه ارسالی یکسان باشند.
حمل و نقل: یخ خشک: نمونه ها باید ابتدا در کیسه های بسته بندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
گردش کار خدمات
QC نمونه
آزمایش آزمایشی
آزمایش SLAF
آماده سازی کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
1. آمار نتیجه نقشه
2. توسعه نشانگر SLAF
3. حاشیه نویسی تغییرات
| سال | مجله | IF | عنوان | برنامه های کاربردی |
| 2022 | ارتباطات طبیعت | 17.694 | اساس ژنومی گیگا کروموزوم ها و گیگا ژنوم گل صد تومانی درخت Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | فیتولوژیست جدید | 7.433 | ردپای اهلی‌سازی مناطق ژنومی با اهمیت زراعی را در آن لنگر می‌اندازد سویا | SLAF-GWAS |
| 2022 | مجله تحقیقات پیشرفته | 12.822 | نفوذهای مصنوعی در گستره ژنوم Gossypium barbadense به G. hirsutum مکان های برتر را برای بهبود همزمان کیفیت و عملکرد الیاف پنبه نشان می دهد صفات | SLAF-ژنتیک تکاملی |
| 2019 | گیاه مولکولی | 10.81 | تجزیه و تحلیل ژنومی جمعیت و مونتاژ De Novo منشا Weedy را نشان می دهد برنج به عنوان یک بازی تکاملی | SLAF-ژنتیک تکاملی |
| 2019 | ژنتیک طبیعت | 31.616 | توالی ژنوم و تنوع ژنتیکی ماهی کپور معمولی Cyprinus carpio | نقشه SLAF-Linkage |
| 2014 | ژنتیک طبیعت | 25.455 | ژنوم بادام زمینی کشت شده بینشی در مورد کاریوتیپ های حبوبات، پلی پلوئید ارائه می دهد تکامل و اهلی کردن محصول | نقشه SLAF-Linkage |
| 2022 | مجله بیوتکنولوژی گیاهی | 9.803 | شناسایی ST1 انتخابی را نشان می‌دهد که شامل اتوتوپینگ مورفولوژی بذر است و محتوای روغن در طول اهلی کردن سویا | توسعه SLAF-Marker |
| 2022 | مجله بین المللی علوم مولکولی | 6.208 | شناسایی و توسعه نشانگر DNA برای گندم-لیموس mollis 2Ns (2D) جایگزینی کروموزوم دیزومی | توسعه SLAF-Marker |
