پلت فرم: پلت فرم Illumina NovaSeq، PE150
نوع کتابخانه: کتابخانه cDNA درج 350bp (بستگی به توزیع اوج دارد)
استراتژی توالی: Paired-End 150bp
مقدار داده پیشنهادی: 2 گیگابایت داده خام/نمونه
(1) کنترل کیفیت داده توالی: توزیع نوکلئوتید، توزیع کیفیت پایه، ارزیابی نسبت rRNA.
(2) تجزیه و تحلیل تراز توالی: آمار نتیجه تراز، اشباع توالی، پوشش توالی.
(3) حاشیه نویسی ژنوم مرجع (NR، Swiss-Prot، Pfam، COG، GO، KEGG).
(4) تجزیه و تحلیل بیان: توزیع بیان (با دو یا چند نمونه)، تجزیه و تحلیل بیان بین نمونه ها (تحلیل ون، تجزیه و تحلیل همبستگی، تجزیه و تحلیل PCA).
(5) تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل (با دو یا چند نمونه)؛
(6) تجزیه و تحلیل مجموعه ژن: تجزیه و تحلیل ون، تجزیه و تحلیل خوشه، تجزیه و تحلیل حاشیه نویسی تابع (COG، GO، KEGG)، تجزیه و تحلیل غنی سازی تابع (GO، KEGG)، نمودار غنی سازی تابع، تجزیه و تحلیل Ipath.
(7) تجزیه و تحلیل sRNA: پیشبینی sRNA، حاشیهنویسی sRNA (Blast، sRNAMap، sRNATarBase، SIPHT، Rfam)، پیشبینی ساختار ثانویه sRNA، پیشبینی ژن هدف sRNA.
(8) تجزیه و تحلیل ساختار رونوشت: تجزیه و تحلیل اپرون، پیشبینی مکانهای شروع و پایان رونویسی، حاشیهنویسی و تجزیه و تحلیل UTR، پیشبینی توالی پروموتر، تجزیه و تحلیل SNP/InDel (حاشیهنویسی SNP/InDel، توزیع منطقهای SNP/InDel، آمار SNP).