-
تعیین توالی ایمونوپسیتاسیون کروماتین (ChIP-seq)
ChIP-Seq پروفایل ژنومی اهداف DNA را برای اصلاح هیستون، فاکتورهای رونویسی و سایر پروتئین های مرتبط با DNA فراهم می کند.این ترکیبی از انتخاب پذیری ایمونو رسوب کروماتین (ChIP) برای بازیابی کمپلکس های پروتئین-DNA خاص، با قدرت توالی یابی نسل بعدی (NGS) برای توالی یابی DNA بازیابی شده با توان عملیاتی بالا.علاوه بر این، از آنجایی که کمپلکس‌های پروتئین-DNA از سلول‌های زنده بازیابی می‌شوند، مکان‌های اتصال را می‌توان در انواع سلول‌ها و بافت‌های مختلف یا در شرایط مختلف مقایسه کرد.کاربردها از تنظیم رونویسی گرفته تا مسیرهای رشدی تا مکانیسم های بیماری و فراتر از آن.
پلتفرم: پلتفرم Illumina NovaSeq
-
توالی متاژنومیک -NGS
متاژنوم به مجموعه ای از کل مواد ژنتیکی یک جامعه مختلط از موجودات، مانند متاژنوم محیطی، متاژنوم انسانی و غیره اشاره دارد که حاوی ژنوم های میکروارگانیسم های قابل کشت و غیرقابل کشت است.توالی‌یابی متاژنومیک ابزار مولکولی است که برای تجزیه و تحلیل مواد ژنومی مخلوط استخراج‌شده از نمونه‌های محیطی استفاده می‌شود که اطلاعات دقیقی در مورد تنوع و فراوانی گونه‌ها، ساختار جمعیت، رابطه فیلوژنتیکی، ژن‌های عملکردی و شبکه همبستگی با عوامل محیطی ارائه می‌دهد.
سکو:پلتفرم Illumina NovaSeq
-
متاژنومیک توالی یابی - نانوحفره
متاژنومیکس یک ابزار مولکولی است که برای تجزیه و تحلیل مواد ژنومی مخلوط استخراج شده از نمونه های محیطی استفاده می شود که اطلاعات دقیقی در مورد تنوع و فراوانی گونه ها، ساختار جمعیت، رابطه فیلوژنتیکی، ژن های عملکردی و شبکه همبستگی با عوامل محیطی و غیره ارائه می دهد. پلتفرم های توالی یابی نانوحفره اخیراً معرفی شده است. به مطالعات متاژنومیکعملکرد فوق العاده آن در طول خواندن تا حد زیادی تجزیه و تحلیل متاژنومی پایین جریان، به ویژه مونتاژ متاژنوم را افزایش داد.مطالعه متاژنومی مبتنی بر نانوحفره با بهره‌گیری از مزایای طول خواندن، می‌تواند به مونتاژ پیوسته‌تری در مقایسه با متاژنومیکس شاتگان دست یابد.منتشر شده است که متاژنومیکس مبتنی بر نانوپور با موفقیت ژنوم های باکتریایی کامل و بسته را از میکروبیوم ها تولید کرد (Moss, EL, et. al.,بیوتکنولوژی طبیعت، 2020)
سکو:نانوپور PromethION P48
-
توالی یابی بی سولفیت کل ژنوم
متیلاسیون DNA در موقعیت پنجم در سیتوزین (5-mC) تأثیر اساسی بر بیان ژن و فعالیت سلولی دارد.الگوهای متیلاسیون غیرطبیعی با شرایط و بیماری های متعددی مانند سرطان مرتبط است.WGBS به استاندارد طلایی برای مطالعه متیلاسیون در سطح ژنوم در وضوح پایه تبدیل شده است.
پلتفرم: پلتفرم Illumina NovaSeq
-
سنجش کروماتین قابل دسترسی به ترانسپوزاز با توالی یابی بالا (ATAC-seq)
ATAC-seq یک روش توالی یابی با توان بالا برای تجزیه و تحلیل دسترسی کروماتین در کل ژنوم است که برای کنترل جهانی اپی ژنتیکی بیان ژن مهم است.آداپتورهای توالی یابی توسط ترانسپوزاز Tn5 بیش فعال در نواحی کروماتین باز وارد می شوند.پس از تقویت PCR، یک کتابخانه توالی یابی ساخته می شود.تمام نواحی کروماتین باز را می توان تحت یک شرایط فضا-زمانی خاص به دست آورد، نه تنها محدود به محل های اتصال یک فاکتور رونویسی، یا یک ناحیه خاص اصلاح شده هیستون.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
زیرواحد روی 16S و 18S rRNA حاوی هر دو ناحیه بسیار حفاظت شده و فوق متغیر یک اثر انگشت مولکولی عالی برای شناسایی موجودات پروکاریوتی و یوکاریوتی است.با بهره گیری از توالی یابی، این آمپلیکون ها را می توان بر اساس قسمت های حفاظت شده هدف قرار داد و مناطق بیش از حد متغیر را می توان به طور کامل برای شناسایی میکروبی مشخص کرد که به مطالعات مربوط به تجزیه و تحلیل تنوع میکروبی، طبقه بندی، فیلوژنی و غیره کمک می کند. تک مولکولی بلادرنگ (SMRT) ) توالی پلت فرم PacBio به دست آوردن خوانش های طولانی بسیار دقیق را امکان پذیر می کند، که می تواند آمپلیکون های تمام طول (تقریباً 1.5 کیلوبایت) را پوشش دهد.نمای گسترده میدان ژنتیکی وضوح در حاشیه نویسی گونه ها را در جامعه باکتری ها یا قارچ ها افزایش داد.
سکو:PacBio Sequel II
-
توالی آمپلیکون 16S/18S/ITS-NGS
هدف توالی‌یابی آمپلیکون 16S/18S/ITS آشکار کردن فیلوژنی، طبقه‌بندی، و فراوانی گونه‌ها در یک جامعه میکروبی با بررسی محصولات PCR نشانگرهای ژنتیکی خانه‌داری است که شامل بخش‌های بسیار متغییر و بسیار متغیر است.معرفی این اثر انگشت مولکولی کامل توسط Woeses و همکاران (1977) پروفایل میکروبیوم بدون جداسازی را تقویت می کند.تعیین توالی 16S (باکتری)، 18S (قارچ) و فاصله‌گذار رونویسی شده داخلی (ITS، قارچ) امکان شناسایی گونه‌های فراوان و همچنین گونه‌های نادر و ناشناس را می‌دهد.این فناوری به یک ابزار پرکاربرد و اصلی در شناسایی ترکیبات میکروبی متمایز در محیط های مختلف مانند دهان انسان، روده، مدفوع و غیره تبدیل شده است.
سکو:پلتفرم Illumina NovaSeq
-
توالی یابی مجدد کل ژنوم باکتریایی و قارچی
توالی‌یابی مجدد کل ژنوم باکتری‌ها و قارچ‌ها ابزاری حیاتی برای تکمیل ژنوم باکتری‌ها و قارچ‌های شناخته‌شده، و همچنین مقایسه ژنوم‌های متعدد یا نقشه‌برداری از ژنوم ارگانیسم‌های جدید است.تعیین توالی کل ژنوم باکتری ها و قارچ ها به منظور تولید ژنوم های مرجع دقیق، انجام شناسایی میکروبی و سایر مطالعات مقایسه ای ژنوم از اهمیت بالایی برخوردار است.
پلتفرم: پلتفرم Illumina NovaSeq
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
پلت فرم Amplicon (16S/18S/ITS) با سالها تجربه در تجزیه و تحلیل پروژه تنوع میکروبی توسعه یافته است که شامل تجزیه و تحلیل اساسی استاندارد و تجزیه و تحلیل شخصی است: تجزیه و تحلیل اساسی محتوای تجزیه و تحلیل جریان اصلی تحقیقات میکروبی فعلی را پوشش می دهد، محتوای تجزیه و تحلیل غنی و جامع است. و نتایج تجزیه و تحلیل در قالب گزارش پروژه ارائه می شود.محتوای تحلیل شخصی متنوع است.نمونه ها را می توان انتخاب کرد و پارامترها را می توان به طور انعطاف پذیر با توجه به گزارش تجزیه و تحلیل اولیه و هدف تحقیق تنظیم کرد تا نیازهای شخصی را تحقق بخشد.سیستم عامل ویندوز، ساده و سریع.
-
PacBio-Transcriptome تمام طول (غیر مرجع)
با در نظر گرفتن داده های توالی ایزوفرم Pacific Biosciences (PacBio) به عنوان ورودی، این برنامه قادر به شناسایی توالی رونوشت تمام طول (بدون مونتاژ) است.با نگاشت توالی های تمام قد در برابر ژنوم مرجع، رونوشت ها را می توان با ژن های شناخته شده، رونوشت ها، مناطق کد کننده و غیره بهینه کرد. در این صورت می توان به شناسایی دقیق تر ساختارهای mRNA، مانند اتصال جایگزین و غیره، دست یافت.تجزیه و تحلیل مشترک با داده های توالی نویسی NGS، حاشیه نویسی جامع تر و کمی سازی دقیق تر در بیان در سطح رونوشت را امکان پذیر می کند، که تا حد زیادی به بیان دیفرانسیل پایین دست و تجزیه و تحلیل عملکردی می رسد.
-
توالی یابی بی سولفیت با نمایندگی کاهش یافته (RRBS)
تحقیقات متیلاسیون DNA همیشه یک موضوع داغ در تحقیقات بیماری بوده است و ارتباط نزدیکی با بیان ژن و صفات فنوتیپی دارد.RRBS یک روش دقیق، کارآمد و اقتصادی برای تحقیقات متیلاسیون DNA است.غنی سازی نواحی پروموتر و جزیره CpG توسط برش آنزیمی (Msp I)، همراه با توالی یابی بی سولفیت، تشخیص متیلاسیون DNA با وضوح بالا را فراهم می کند.
پلتفرم: پلتفرم Illumina NovaSeq
-
تعیین توالی mRNA پروکاریوتی
توالی‌یابی mRNA، پروفیل جامع تمام رونوشت‌های mRNA درون سلول‌ها را تحت شرایط خاص، توانمند می‌سازد.این فناوری پیشرفته به عنوان یک ابزار قوی عمل می کند و پروفایل های پیچیده بیان ژن، ساختارهای ژنی و مکانیسم های مولکولی مرتبط با فرآیندهای بیولوژیکی متنوع را آشکار می کند.توالی‌یابی mRNA که به طور گسترده در تحقیقات بنیادی، تشخیص بالینی و توسعه دارو مورد استفاده قرار می‌گیرد، بینش‌هایی را در مورد پیچیدگی‌های دینامیک سلولی و تنظیم ژنتیکی ارائه می‌دهد.پردازش نمونه mRNA پروکاریوتی ما برای رونوشت های پروکاریوتی طراحی شده است که شامل تخلیه rRNA و آماده سازی کتابخانه جهت می شود.
پلتفرم: Illumina NovaSeq X
